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阴阳平衡是生命活力的根本保证。《黄帝内经·素问》曰：“阴平阳秘，精神乃治，阴阳离决，精气乃绝。”健身气功锻炼的一个核心指向便是让习练者趋于动态阴阳平衡的状态。如易筋经，不仅动作左右对称，上下、前后、俯仰、屈伸都趋于平衡。“动静结合”“外动内静”的健身气功练功要求利于达到阴阳平衡的状态。最有“动”感的五禽戏功法，要求“肢体之动，绝不是纯粹、盲目的动，其一招一式必要合乎五种动物运动规律之辙……心神只有专注五禽神韵，才能做到动而不妄动，专一而不杂。”
健身气功的呼吸吐纳方法利于达到阴阳平衡。六字诀的发声大与小、吐与纳、升降与开合，处处体现着阴阳互补关系。总之，健身气功锻炼可以平衡阴阳，能够改善和消除阴阳失调导致的各种病症。
先天元气，是人体最基本、最重要的气，是人体生命的原动力，敛藏于肾精之中，具有推动人体生长发育、温煦激发脏腑经络的功能。健身气功的编创以元气学说为理论指导，其“培补元气”的方式主要表现于以下几个方面。第一，腰部的自我按摩。如八段锦的“两手攀足固肾腰”，十二段锦的“背摩精门”，六字诀的“吹字诀”，马王堆导引术的“引腰”，等等。第二，刺激肾经之穴位。足少阴肾经分布着很多穴位。健身气功练习通过刺激足少阴肾经上的穴位达到滋阴补肾的作用，其中被刺激最多的穴位就是涌泉穴。导引养生功十二法中刺激涌泉穴的动作较多，如“纪昌贯虱”“犀牛望月”。第三，旋腰俯身刺激腰肾。健身气功主要通过腰部绕矢状轴、冠状轴、垂直轴的运动由表及里地刺激腰肾部位，代表性动作有五禽戏的“鹿抵”、易筋经的“掉尾势”、导引养生功十二法的“躬身掸靴”等。第四，后凸命门松腰敛体。健身气功练习中尤其强调对命门的锻炼，命门后凸就是常常提到的动作要领，如五禽戏的“鹿奔”、马王堆导引术的“引背”等。
中医学认为，经络是人体周身气血运行和输布的通道，是把人体各部分联结成统一整体的重要系统。《灵枢·经别》曰：“夫十二经脉者，人之所以生，病之所以成，人之所以治，病之所以起”。《医宗必读·心腹诸痛》：“近世治痛有以诸痛属实，痛无补法者；有以通则不痛，痛则不通者；有以痛随利减者，互相传授，以为不易之法。”经络系统保持通畅，人体的气血才得以正常运行，生命才得以正常活动。
健身气功的编创以经络学说为理论指导，在疏通经络方面，主要体现于以下两方面。第一，动作的屈伸开合多是根据经络的走向设计的。八段锦的“左右开弓似射雕”、六字诀的“呬字诀”、五禽戏的“鸟飞”等都是疏通肺经的动作。第二，“意守”的方法和部位多在经络的重要穴位上，如“印堂”“膻中”“神阙”“气海”“涌泉”，健身气功要求将注意力集中于这些腧穴，既能有效帮助习练者调心入静，又可以疏通经络。
五脏六腑是人体生命运行之内核，与人的健康关系非常密切。《灵枢·天年》曰：“五脏坚固，血脉和调，肌肉解利，皮肤致密。……六腑化谷，津液布扬，各如其常，故能长久。”韩愈《张中丞传后叙》亦曰：“人之将死，其脏腑必有先受其病者。”
健身气功功法创编、锻炼都围绕脏腑学说展开。健身气功调和脏腑的作用主要体现在以下方面。第一，动作直接对应脏腑，如六字诀、五禽戏、八段锦，每个动作对应一个脏腑。第二，所有健身气功功法和动作都强调调心的重要作用。“心”，即五脏之一，君主之官。调心时，“意守”下丹田、腰间、涌泉，又有调和肾脏的作用。第三，健身气功的调息法对肺和肾具有重要的调和作用。如《类证治裁》中所说：“肺为气之主，肾为气之根，肺主出气，肾主纳气，阴阳相交，呼吸乃和”。这说明细匀深长的调息，虽可排出体内浊气，纳入天地清气，但还有赖于肾气的摄纳。
生理健康，即人体生理方面的健康，包括机体的各个器官、关节活动、体液调节、应激反应及肌力都达到正常的水平。健身气功锻炼是一个运用心理的能动性影响生理功能的过程，通过“三调”所产生的生理作用，改善机体自我调节功能，增强神经-体液系统的调节作用，增强自愈能力，达到健身的效果。健身气功对生理健康的促进，主要体现在以下几个方面。第一，对神经系统的良性影响。现有的健身气功功法都以成套动作的形式出现，成套动作不是简单的反射性运动，也不是形式化运动，而是复杂的意向性运动，运动时要启动各级运动中枢和外周感受器，可以促进神经体液的调节和整合。站桩、预备势等“静功”，可将身体保持在适宜的姿势，放松肢体，调整呼吸，使大脑有序化入静，降低交感神经的紧张性。第二，对内分泌系统的良性作用。长期习练健身气功，可促使内分泌功能通过一系列适应性变化而产生应答性反应。八段锦的有关实验数据证明，长期习练八段锦确实能够改善衰老对性激素水平的影响，调节中老年人的新陈代谢过程，达到延年益寿的作用。第三，对心血管系统的良性促进。习练健身气功时讲究“三调合一”，能使人体进入放松入静状态，使心率、心排血量和血压等得到调整。第四，对呼吸系统的良性影响。健身气功的特殊呼吸方法和呼吸要求可以促进人体肺活量的提高，改善呼吸系统。第五，对消化系统具有促进作用。习练健身气功时，在入静状态下交感神经紧张性降低，迷走神经紧张性相对提高。由于消化系统主要受迷走神经控制，因此习练健身气功可使胃肠蠕动频率提高，胃排空时间缩短，各种消化腺分泌的消化酶增加，肠鸣音增强，食欲增进，消化和吸收功能增强。第六，对免疫系统和机体衰老具有抑制作用。
心理健康，即心理的各个方面及活动过程处于一种良好或正常的状态，包括性格完好、智力正常、认知正确、情感适当、意志合理、态度积极等。健身气功锻炼对心理健康具有良好的促进作用，主要体现在以下两方面。第一，促进智力、注意力、想象力等认知能力的发展。健身气功习练者长期进行意、气、形的锻炼，大脑得到了温和的刺激，致使脑细胞供血充足且处于适度的兴奋状态，避免了用脑过度和过度兴奋所致的功能紊乱，增强了智力使用的间歇性、稳定性和脑细胞活力。健身气功习练时的入静状态，有别于一般的清醒状态，也不同于一般的安静状态，而是一种心平气和、情绪安定、舒适惬意的练功状态。长期习练健身气功可以锻炼排除干扰的能力，从而提高注意力。如在习练五禽戏时，要求习练者心中首先意想五禽的神态，再进行动作练习，长期进行此类锻炼，能充分调动脑细胞，有效提高想象力。第二，健身气功锻炼可以调节人的情绪。人生活在社会中，总会不断体验到“喜怒忧思悲恐惊”等各种情绪状态。研究发现，情绪与健康有着非常密切的关系，良好的情绪状态有利于人的身心健康，而在过度激烈的情绪状态下，身心之间将产生巨大的张力，身体的各个系统，如从呼吸系统、消化系统、循环系统到内分泌系统，都会发生一系列明显的变化，这种变化很容易诱发身体功能的失衡。健身气功习练者在“松静平和”的练功状态下，既可以释放生活中的过激情绪，又可以慢慢提高控制情绪的能力。五禽戏之“戏”、导引养生功十二法之“平沙落雁”的美好境界、细匀深长的呼吸法等，都具有疏导和调控情绪的良好作用。
人类学的研究表明，在人类进化历程中，聚族群居所形成的人类社会性，已经内化于人的生命而成为人类的本质属性。人际交往是情感、情志、情绪等萌发之源。健身气功这种通过内向性运用意识，以生命整体性认识为基础，以调心为主导，提高身心整体功能的修炼方式，在培养习练者社会性方面具有天然的优势。首先，健身气功习练者“三调合一”的练功追求，会不断提升习练者身心健康程度、和谐程度、修养境界。通过长期的习练内化，形成中正平和的君子人格。其次，健身气功习练者可把通过健身气功修习的君子人格，应用于和他人、社会、自然的对话之中，通过在日常生活中加强对心性的磨砺，不断巩固健身气功修炼的成果，注重修心养性、以德为重、内守中和，恰如其分地处理各种人际关系，进一步提升自我生命的境界。