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医理，即医学道理、理论。健身气功即为导引，导引是古代中医六术（砭、针、灸、药、按跷、导引）之一，是中医医理的重要体现。“学医贵于明理，明理方能艺熟”，健身气功主要遵循的是中医医理，可体现在“整体观念、辨证施治、扶正祛邪、未病先治”等方面。
整体观念是中医认识和防治疾病的主导思想，健身气功强调的也是“身、息、心”与“精、气、神”的整体性，既重视人体自身的统一和完整，又重视人与外界客观环境的和谐统一。辨证施治是中医诊治病症的基本原则和方法，古代健身气功典籍《诸病源候论》《养生导引法》，针对各种病症所列养生导引法达数百条之多，均是中医辨证施治医理的体现。扶正祛邪即扶助机体防御疾病的能力，祛除机体内的致病因素，健身气功通过培补元气来实现扶正祛邪，元气充盈即可维持机体健康运行。健身气功作为古代中医六术中唯一的主动疗法，其核心思想是“治未病”，即通过健身气功的习练以增强体质、维持健康的身心状态。将健身气功的有效预防和中医的医药治病进行良好结合，可实现“未病先防、已病早治、既病防变、愈后防复、择时防发”的目标。
易理，即客观变化下形成的规律。易理以易经为基础，易经又以阴阳为基本符号和框架，阴阳代表万事万物的变化。明代名医张景岳曰：“医易相通，理无二致。”健身气功不仅诠释了医理，也体现了阴阳易理。如健身气功所强调的动静、虚实、松紧、开合、上下、内外、刚柔等，将古代易理体现得淋漓尽致。具体而言，在健身气功的功法选择上，通常建议体质强壮和气血充盈者习练动功，建议体质虚弱和气血不足者习练静功；在健身气功的习练季节选择上，认为春夏为阳气升发之际，应练动功，秋冬呈养阴潜阳之势，应练静功；在健身气功的习练时辰选择上，应遵循“晨起助阳、暮至养阴”之规律习练动功或静功。健身气功“三调”思想也是阴阳易理的重要体现。如调身中上下、左右、前后、俯仰、屈伸、旋扭等动作姿势与结构变化，既有阴阳之分，又可以平衡人体之阴阳。又如，调息中吐纳、呼吸、停闭等方法，纳气为阳，吐气为阴，阳盛者宜延长呼气时间，阴盛者宜延长吸气时间。再如，调心中也有意守部位、穴位、经络等阴阳之别，意念部位在上则属阳，意念部位在下则属阴；意念向上守印堂和百会为补阳，意念向下守会阴和涌泉为养阴；经络中意守阳经可助阳，意守阴经可益阴。
哲理，即关于宇宙和人生根本的原理。哲理即哲学的智慧，通过破除迷惑的假象，发现表现本质的真相，通过相互依存的有机整体，实现人与自然之间的紧密结合。
健身气功蕴含着丰富的中国哲学思想，是中国优秀传统体育文化的典型代表，其蕴含的哲理大致可以概括为“整体统一、恒动变易、重用轻体、调和致中、虚静复本”。整体统一的哲理是指将事物视为完整的、统一的和相互联系的整体，健身气功即将人体视为一个有机整体进行干预。如在八段锦中，各式虽各有针对，但又汇集成一套完整的功法，即体现整体性。恒动变易指的是注重事物的运动变化和相互对立，即事物运动存在相互对立、依存、转化和包含的关系。健身气功非常注重这种动静的和谐状态，维持着动静的对立统一，进而保持着人体的正常生命活动。重用轻体指的是注重事物的功能属性而非实质结构，即注重内在潜能而非实际存在。健身气功重用轻体的哲理体现在其对事物本质、事物真相、事物属性和事物功能的重视，而非注重事物现象、事物假象、事物实体和事物样态。调和致中指的是注重事物各种矛盾关系的协调、平衡和和谐。健身气功调和致中哲理体现在“调身、调息、调心”三调合一的境界追求上，身体、气息与精神三者融会贯通方可实现修养身心、颐养天年的目标。虚静复本指的是注重事物内因的能动性和主动性。健身气功虚静复本的哲理体现在通过精神内守来实现人体内部组织结构的正常运行，以实现人体与外部环境的和谐统一。
文理是人类社会在认识和改造世界的过程中形成的人文思想。文理，即人文哲理，是指人类文明的价值观与基本规范，重视、尊重、关怀人的文化，以及人类社会的各种文化发展规律。
健身气功在漫长的发展历程中，形成了数不胜数的人文哲理和思想，可以简要概括为“古籍传承、动以养生、医体分离、防治结合”等。古籍传承指的是通过古籍进行文化传承和文脉赓续，健身气功发展至今离不开传统养生古籍文献对功法技术的摘录与节选，健身气功的传承发展很大程度上是通过古籍文献来完成的。动以养生指的是以动为主进行养生，在健身气功发展历史上，就曾出现行气、导引、存思、守一等不同的养生方法，而以导引为主的运动养生逐渐成为主流，健身气功也就成了养生的主要方式。医体分离指的是医学与体育的分离，医只是治，体只是防。防治结合指的是将医学治病与运动防病有效结合，形成健康的生命体。健身气功与医疗气功分属不同的领域，一个主防一个主治，二者既可相辅相成、合二为一，又可泾渭分明、一分为二，可依据广大人民群众的需求和社会的发展需要而定。