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公车上书后不久，康有为即会试告捷，据戊戌科新进士《引见单》记载，康有为系“二甲四十六名进士，复试三等四名，朝考二等一百二名”
。不久，即授工部预衡司主事。康有为对于考试的结局，颇不满意，“自知非吏才，不能供奔走，又生平讲学著书，自分以布衣终，以迫于母命，屈折就试，原无意于科第，况仕宦乎？未能为五斗折腰，故不到署”
。
在朝考后的这段时间里，康有为对未曾呈递的《上清帝第二书》重新进行了认真探讨，深思熟虑。他针对《马关条约》签署后危迫的时局和清统治阶级“上下熙熙，苟幸无事，具文粉饰，复庆太平”的严峻现实，有的放矢地进行了修改，草成《上清帝第三书》（又称《为安危大计，乞及时变法，富国养民，教士治兵，求人材而慎左右，通下情而图自强呈》）。
《上清帝第三书》包括了两大部分内容：一是提出了以“富国、养民、教士、治兵”为中心内容的自强雪耻之策；二是实现上述目标应采取的求人才而擢不次，慎左右而广其选，通下情而合其力等具体策略。
前一部分中富国、养民、教士之策与《上清帝第二书》所陈大体相同，而治兵一项则十分具体切实。这主要是因为中日和约的签订，康有为的民族自尊心受到很大刺激。他在《中日和约书后》一文中，惊呼：“呜呼噫嘻，万里之广土，四万万之众民，而可有此约哉？”
他认为中国之所以惨败，就在于国力太弱，“不治械修武备也”
。因此，在《上清帝第三书》中，他对军事改革的内容，重新进行了筹划。康有为提出了六项练兵措施：
其一，对清政府现有的六十营绿营兵进行整顿，裁汰老弱，另选精锐。每直省皆选万人，练成一军，使指臂灵通，兵威重振。
其二，寓兵于农，实行民兵制。按照各行省二十丁而抽一的办法，除官人及士人外，凡年自十八到四十者，皆列尺籍以为团兵，以五年选为战兵，余皆留团，有事则调遣，无事则归耕，统以绅士，每月三操，则中国有民籍四万万，可从中选择二千万“有勇知方”之团民，声势之盛，可冠四海。
其三，振兴满蒙旗兵。康有为认为，满蒙八旗均已失去昔日的威力，委顿不堪，徒糜廪禄，故应派严明大臣进行汰选，“并饷充额，与绿营兵勇一律训练，以为京营”。除此之外，还应在东三省练精骑、铁骑各三万，昼夜训练，对蒙古各盟亦应派知兵大臣，从严要求。
其四，淘汰过时的朽钝器械，改善军事装备。其重要的途径在于改变以前那种武器皆由官厂制造的老办法，而应“重悬赏格，纵民为之”。甚至可以派人出洋，入各国工厂学习讲求，“归教吾民”，则必有精器利械，足以与列强争胜。
其五，宜令各州县设立武备学堂，选士肄业，优者授以兵官，近支王公少年英迈者，亦应令入堂学习，以储备将才。
其六，水陆并练，建立海军。康有为建议在南洋、北洋及闽广建立三支海军，无事出洋巡逻，有事则还守海疆。对于海战之阵法，驾驶之将才，尤应鼓励讲求，预储人才。
康有为鉴古今之故，考中外之宜，提出了上述军事改革的具体措施，六项之中，以前三项最为关键，它涉及清政府军事体制的变动。这些军事改革的建议，有许多方面是参照了西方各国的做法，如设立民兵一项，即以欧洲诸国为借鉴。他在《汰冗兵疏》中曾经说过“外国自德之胜法，民尽为兵，各国畏之，莫不变更。俄德大国皆数百万”
。这些军事改革措施，提得十分具体，康有为认为解除危难、报仇雪耻的重要途径，即在于此。但是，在当时条件下，清政府却很难将这些措施付诸实行。因为军事制度的改革是与国家机构等上层建筑方面的改革相辅相成的。军事力量是要以一个国家的经济实力为基础的。想在不进行政治、经济改革的条件下，单纯抓军事搞练兵，那是注定要失败的。腐朽没落的清王朝本身没有力量去实施康有为所设计的改革方案。
康有为自光绪十四年（1888年）到二十三年（1897年）间，为使清朝统治者接受其变法主张，屡屡上书，均被阻隔，“曲突徙薪，既弗纳于前，见兔顾犬，复遗弃于后”
。唯独《上清帝第三书》“上达天听”，因此，此条陈在戊戌变法史研究中，占有十分重要的地位。但是，长期以来，研究康有为这一条陈，只能使用《南海先生四上书杂记》《皇朝经世文新编》《康南海书牍》等刊本。自从黄彰健先生揭出宣统辛亥（1911年）五月刊印的《戊戌奏稿》系伪作之后，《上清帝第三书》的内容是否可信，海内外史学界颇有争议。康氏原进呈本面目究竟如何，这个问题愈来愈成为戊戌变法史研究者最为关注的问题之一。为此，笔者于清档中广为寻觅，终于在《戊戌变法专题档》与《朱批档·洋务运动类》中将这件被分割为三部分的珍贵历史文献全部找齐。
现结合新发现的《上清帝第三书》进呈本，就若干有争议的问题，略予考订。
其一，《上清帝第三书》究竟何时呈递清廷？
在研究这个问题时，首先必须澄清国家档案局明清档案部编印《戊戌变法档案史料》一书所造成的误解。该书附录之二《本编未选档案史料目录》记曰：“摘录进士康有为请及时变法富国养民教士治兵呈，光绪二十四年（残）。”
查《上清帝第三书》进呈本扉页上贴有一标签，上面写有“摘录进士康有为条陈（九条）”。此处“摘录”二字，使人费解，因为进呈本为一万二千五百余字，与坊间流行各种刊本字数略同，称之为“摘录”，显然不确。被分割的进呈本第一部分，外边加一硬纸封套，墨笔书写：“光绪二十四年，残。”由纸张格式看，此封套可能系50年代整理档案人员所加。《上清帝第三书》系康有为于光绪二十一年（1895年）撰写，这里记载的时间显然是错误的。
不过，据康有为《自编年谱》记载，光绪二十四年（1898年）五月，光绪皇帝曾经向军机大臣再次索要康有为的《上清帝第三书》，“枢中再检上”
。我怀疑进呈本扉页上的标签系光绪二十四年军机大臣呈上时所贴。黄彰健先生在考订此书时认为：“惟戊戌五月，军机处检呈康第三书，恐不会多事，将其摘录。”
进呈本的发现说明了黄氏这一推断是正确的。标签称为“摘录”，疑为误书。
对第三书呈递时间，康有为《自编年谱》曾有记载，谓：“前书（按：指《上清帝第二书》）不能上，二十八日朝考后无事，乃上拒和之论而增末节，于闰四月六日递之察院，以十一日上于朝。”
乙未年为闰五月，康氏此处闰四月疑为五月之误。
徐勤《南海先生四上书记》所附《杂记》中谓：
和议既定，肉食衮衮，举若无事。其一二稍有人心者，亦以为积弱至此，天运使然，无可如何，太息而已。先生以为先事不图，临事无益，亡羊补牢，犹未为迟，中国及此速图自强，尚可拯救。于是，取公车联衔之书，乙其下篇言变法者，加以引申，并详及用人行政之本，复为一书，于五月初六日在都察院递之，十一日察院据以上闻。
查康有为进呈原折末尾所署时间为“光绪二十一年五月日”。晚清档案中，凡由都察院代呈的条陈，大多只署年月，而不署具体日期，康氏此条陈亦不例外。不过军机处档案中尚有都察院左都御史裕德、徐郙等六堂官代递康有为条陈折一件。该折略谓：“据广东进士康有为条陈善后事宜一件，赴臣衙门呈请代奏。臣等公同阅看，该呈词尚无违碍之处。既据该进士取具同乡京官印结，呈递前来，臣等未敢壅于上闻。再，原呈字数较多，若照例抄录进呈，恐致耽延时日，是以未便拘泥成例，谨将原呈一件，恭呈御览，伏乞圣鉴。谨奏。”
都察院代呈折所署时间为光绪二十一年五月十一日（1895年6月3日）。可见，康有为于五月初六日（5月29日）将条陈呈递后，都察院又经数日磋商，方以原折进呈光绪皇帝。
其二，关于《上清帝第三书》递上后的处理情况。
《自编年谱》谓：“上览而喜之，甫发下枢垣一时许，枢臣读未毕，恭邸阅至论矿务一条，以手作圈状，上既追入，旋发下军机，命即日抄四份，军机本无书手，乃调自内阁，即日抄呈，以一呈太后，以一存军机，发各省督抚将军议，以一存乾清宫南窗小箧，以一存勤政殿备览观。”
梁启超于《康有为向用始末》中则谓：此书“既上，皇上嘉许，命阁臣钞录副本三分，以一分呈西后，以一分留乾清宫南窗以备乙览，以一分发各省督抚会讥（议），康有为之初承宸眷，实自此始，时光绪二十一年四月也”
。此处梁启超所记“钞录副本三分”，与康记不同。梁氏将此书递上时间，误记为四月，应为五月。
徐勤所记与康、梁有所不同，其文曰：“初六日在都察院递之，十一日察院据以上闻，是日发下半时许，再传旨取回，留至十五日发下，有旨命钞三分，限一日钞讫，一呈懿览，二存御匣，三贮乾清宫北窗。十六日钞就，呈懿览，留览十日，廿六日乃发下。”
徐勤与梁氏均谓钞三份，与康不同；又，徐氏说，发下半时许，再传旨取回，留至十五日发下，亦与康记不同。
据军机处档案所记为：“光绪二十一年五月十一日都察院折，代递广东进士康有为条陈由，附原呈。”
“十五日另缮，同折见面带上，原呈述旨后随奏片递上。”
五月十五日又记曰：“奏片一件，本月十一日都察院代递康有为条陈呈一件，恭呈慈览由。”
“五月十九日，原折、原呈发下，堂谕另存。”
由上述可知，康有为《上清帝第三书》于五月十一日（6月3日）由都察院代递后，光绪皇帝即命另行钞录，五月十五日（6月7日）钞就，同日即将此折递呈慈禧太后，五月十九日（6月11日）发下交军机处封存。徐勤所记“十六日钞就”，太后留览十日，“廿六日乃发下”，均与军机处档案相抵触。康有为此书递上后处理情形，应以军机处档案记载为准。关于此折重抄份数，清档并无记载，依情理推之，似应以梁启超、徐勤所记较确。
其三，关于《上清帝第三书》进呈本与坊间流行各种刊本的异同问题。
康有为此书的最大争议处，即在于他在这次条陈中，究竟是否向光绪皇帝提出了“设议郎”的建议。黄彰健在其《康有为戊戌奏稿辨伪并论今传康戊戌以前各次上书是否与当时递呈原件内容相合》一文中，明确断言：“这种意见（指设议郎一事——引者注）当时都察院怎敢抄录代呈？我不相信今传康第三书与当时进呈原件内容一样。康第三书真本，据我推测，可能无选议郎等触犯时忌语句。以第二书已编入《公车上书记》，在上海印行，故康上第三书以表示他对清廷的忠诚，以免受清廷迫害。”
黄彰健这一论断，在国内外颇有影响，然而，却与历史真实不符。康有为《上清帝第三书》进呈本是这样叙述的：
伏乞特诏，颁行海内，令士民公举博古今、通中外、明政体、方正直言之士，略分府县，约十万户而举一人，不论已仕未仕，皆得充选。因用汉制，名曰议郎。皇上开武英殿，广悬图书，俾轮班入直，以备顾问。并准其随时请对，上驳诏书，下达民辞。凡内外兴革大政，筹饷事宜，皆令会议，三占从二，下部施行。所有人员，岁一更换，若民心推服，留者领班，著为定例，宣示天下。上广皇上之圣聪，可坐一室而照四海；下合天下之心志，可同忧乐而忘公私。皇上举此经义，行此旷典，天下奔走鼓舞。能者竭力，富者纾财，共赞富强，君民同体，情意交孚，中国一家，休戚与共……合四万万人之心以为心，天下莫强焉。
在“设议郎”问题上，康氏进呈原本与坊间流行的刊本，词句完全一致，并无丝毫之更易，可见，黄彰健在这个问题上的推断是错误的。
当然，康有为的《上清帝第三书》洋洋万数千言，临时草就，匆忙递上，故后来刊印时，语句更改处颇多，然其文虽异，其义实同。但也不排除康有为在刊行时，把有些语气改得十分尖刻，个别字句与进呈本有较大的出入。譬如，开头部分进呈本谓：“外患内讧，祸在旦夕，而欲苟借和款，求安目前，靡知所届矣。”
而刊印本则改为：“外患内讧，祸在旦夕，而苟借和款，求安目前，亡无日矣。”
刊印本中“亡无日矣”，在进呈本中未曾出现。又如进呈本谓：“不变法而割祖宗之疆土，驯至于危”
。刊印本则改为“不变法而割祖宗之疆土，驯至于亡”
。一则曰“危”，一则曰“亡”，更改之迹，昭然可见。可见，康有为的上书，送给皇帝看的与民间流传的，在个别语句上亦稍有不同。
在《上清帝第三书》中，康有为特别强调了实现富国、养民、教士、治兵的根本出路就在于选拔人才。而选拔人才的关键则在于拔擢不次，唯才是举。他奉劝皇帝选用那些“怀抱热血、图立功名”的草泽之士，而摒弃那些“貌托谨厚、高谈恬静”的庸懦之才。他认为对日战争的失败原因之一，就在于皇帝左右缺乏那种发愤忘身以为国事的人才。他甚至对皇帝的用人政策提出批评：“下僚庶士，怀才效忠者甚众，皇上所深知、简任者有几人？所不次拔擢者有几人？所议论咨询者有几人？所日夜钩访者有几人？”“皇上深居法宫，然未闻有进贤退不肖之大举，仍是循资格，录科举，后则大臣进其私人，乃致大辱于小夷。故谓皇上鼓舞拔擢之道有未尽也。”
康有为的激烈批评，非但没有引起光绪皇帝的反感，反而引起了其高度重视。并且在一个多月以后，光绪皇帝将康有为的这次上书与其他朝廷官员的条陈一起发交各地督抚、将军讨论。从而，在清朝统治集团中掀起了一场关于中国社会发展前途的大论战。