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光绪十四年（1888年）康有为以诸生上书，吁请变法，这在清朝二百多年的历史上是非常罕见的事件。尽管他多方设法，四处奔走，但始终未能奏效，反而使谤议沸腾，“群疑交集”
。这位满怀壮志豪情的青年书生，只好于光绪十五年八月十九日（1889年9月13日）离京南下。
他在《己丑上书不达出都》一诗中写道：
海水夜啸黑风猎，
杜鹃啼血秋山裂。
虎豹狰狞守九关，
帝阍沉沉叫不得。
这首诗真切地反映了康有为忧危时局，慨叹国运，以及对阻挠变法的守旧势力无可奈何的惆怅情怀和他壮志未酬、报国无门的痛苦心境。
然而，初次谋求变法的挫折，并没有使他消沉。正如其弟子陈千秋所说的那样，康有为“思圣道之衰，悯王制之缺，慨然发愤，思易天下。既绌之于国，乃讲之于乡”
。严酷的现实使康有为认识到，在变法的时机尚未成熟之前，唯一正确的出路就在于进一步深化、完善自己的变法理论，并以此造就一批有志于为改革献身的“新国之才”，只有做到这一步，方足以言救国。这就是康有为从《上清帝第一书》的挫折中总结出来的经验教训。
光绪十六年（1890年）春，康有为移居广州城的云衢书屋，开始了他的讲学生涯。最先来学的弟子是陈千秋。千秋又名通甫，字礼吉，原在学海堂肄业，读书甚多，且能考据。在初次接触中，康有为即告陈以“孔子改制之意，仁道合群之原。破弃考据旧学之无用”
。这些道理使陈千秋耳目一新，深为折服，于是率先来学。同年八月，陈千秋在学海堂的好友梁启超亦闻风而至。当时，梁启超以少年中举，对于当时流行的词章之学，颇有所知，故时“沾沾自喜”，而康有为尚无功名，但是，初次见面，康即“以大海潮音，作狮子吼，取其所挟持之数百年无用旧学，更端驳诘，悉举而摧陷廓清之”。梁启超多年以后回忆这次长谈的情形说：“自辰入见，及戌始退，冷水浇背，当头一棒，一旦尽失其故垒，惘惘然不知所从事，且惊且喜，且怨且艾，且疑且惧，与通甫联床，竟夕不能寐。明日再谒，请为学方针，先生乃教以陆王新学，而并及史学、西学之梗概。自是决然舍去旧学，自退出学海堂，而间日请业南海之门。生平知有学自兹始。”
从梁启超上述回忆中，不难看出康有为如何以自己崭新的维新思想和具有感染力的言辞来征服那些立志向学的青年人。不过，倘仔细玩味，就会发现梁启超的回忆与康有为在《自编年谱》中的记载亦稍有差异：梁启超这里并未曾提到康有为一见面即告以“孔子改制之意”。依情理推断，康有为传授孔子改制之意似乎应稍晚些。
光绪十七年（1891年），随着前来就学的弟子日益增多，康有为把讲学场所移到广州长兴里万木草堂，稍后，又移到卫边街邝氏祠和府学堂仰高祠。康有为在这里培育了大批维新人才。除了陈千秋、梁启超、徐勤之外，还包括韩文举、梁朝杰、曹泰，以及王觉任、麦孟华等人。康有为手撰《长兴学记》以为学规：“与诸子日夕讲业”
。《长兴学记》的开首即谓：“二三子以踸踔之志，斐然之资，荡涤污泽，噬肯来游，鄙人无以告焉。然尝侍九江先生之末席，闻大贤之余论，谨诵所闻，为二三子言之。”
据此可知，康有为授读是参照朱九江在礼山草堂的规划而设计的。但是，万木草堂的学习，从内容到形式，都要比朱九江的礼山草堂生动活泼得多。从内容上来讲，康有为主要从变法的实际需要出发，来安排讲授的课程。授课内容，贯彻以孔学、佛学、宋学为体，以史学、西学为用的方针，其教旨“专在激励气节，发扬精神，广求智慧”
。从形式上讲，则增添了音乐及兵式体操等科目。所有这些，都堪称中国近代教育史上的创新。
在万木草堂的四年多时间里，康有为花费了大量心血。每天在讲堂的时间长达四五个小时，他敞开思想，无所忌讳，启发学生同自己一道探求救中国之法，寻觅摆脱危机的途径。“每论一学论一事，必上下古今，以究其沿革得失，又引欧美以比较证明之。又出其理想之所穷及，悬一至善之格，以进退古今中外，盖使学者理想之自由，日以发达。”
万木草堂也成了康有为传播大同思想的场所。康氏的大同思想形成较早。据《自编年谱》记载，在光绪十年（1884年）中法战争期间，省城戒严，他还乡独居澹如楼，“万缘澄绝，俯读仰思，至十二月，所悟日深，因显微镜之万数千倍者，视虱如轮，见蚁如象，而悟大小齐同之理”
，并由此浮想联翩，反复求索，“以三统论诸圣，以三世推将来，而务以仁为主，故奉天合地，以合国、合种、合教，一统地球”
。这是康有为头脑中最初产生大同思想的雏形。从此之后，康氏便“日日以救世为心，刻刻以救世为事，舍身命而为之”
。第二年，他就开始手定大同之制，名曰“人类公理”。在万木草堂授课实践中，康有为继续充实完善大同思想，使之逐渐趋于成熟。梁启超后来在《三十自述》中回忆道：
辛卯（光绪十七年，1891年）余年十九，南海先生始讲学于广东省城长兴里之万木草堂。……先生是时方著《公理通》《大同学》等书，每与通甫商榷，辨析入微。余辄侍末席，有听受，无问难，盖知其美而不能通其故也。
梁氏所述生动地再现了在万木草堂，康有为与其最亲近的弟子互相切磋，共同探讨大同之学的真实情景。康有为正是以自己所构想的变法理论，熏陶培育了一代维新志士。1927年梁启超又写了《南海先生七十寿言》，以祝贺康有为七十岁生日，文中对万木草堂时期难忘的学习生活有更为具体的描述：
吾侪之初侍先生于长兴也……皆天真烂漫，而志气踸踔向上，相爱若昆弟，而先生视之犹子。堂中有书藏，先生自出其累代藏书置焉。有乐器库，先生督制琴竽干戚之属略备。先生每逾午则升坐，讲古今学术源流，每讲辄历二三小时，讲者忘倦，听者亦忘倦。每听一度，则各各欢喜踊跃，自以为有所创获。退省则醰醰然有味，历久而弥永也。向晦则燕见，率三四人入室旅谒，亦时有独造者。先生始则答问，继则广谭，因甲起乙，往往遂及道术。至广大至精微处，吾侪始学耳，能质疑献难者盖鲜有之。则先生大乐益纵，而所以诲之者益丰。每月夜吾侪则从游焉，粤秀山之麓，吾侪舞雩也，与先生或相期，或不相期。然而春秋佳日，三五之夕，学海堂、菊坡精舍、红棉草堂、镇海楼一带，其无万木草堂师弟踪迹者盖寡，每游率以论文始，既乃杂遝泛滥于宇宙万有，芒乎沕乎，不知所终极。先生在则拱默以听，不在则主客论难锋起，声往往振林木。或联臂高歌，惊树中栖鸦拍拍起。於戏！学于万木，盖无日不乐，而此乐最殊胜矣！……先生虽以乐学教吾侪乎？然每语及国事杌陧，民生憔悴，外侮凭陵，辄慷慨欷歔，或至流涕。吾侪受其教则振荡怵惕，懔然于匹夫之责而不敢自放弃，自暇逸。
康有为在万木草堂，正是用这种生动活泼的方式启发学生，以民族的深重苦难去激励学生，以崭新的改制理论去陶冶学生，使之完全抛弃了八股课艺、词章训诂之学的困扰，把一个个埋头于帖括之学的封建士子，造就成为关心国家民族命运的热血青年。
康有为在万木草堂授读期间，除每日在堂宣讲之外，还发愤著书。特别值得一提的是，他于光绪十七年（1891年）秋七月刊印了《新学伪经考》一书。这是一部宣扬康有为变法理论的著作，关于这部书的内容，梁启超曾给予了扼要的概述，其要点为：
第一，西汉经学中并无所谓古文者，凡后世流传的古文，皆刘歆伪作；
第二，秦王焚书并未厄及六经，汉朝十四博士所传下来的，皆孔门足本，并无残缺；
第三，孔子所使用的文字，即秦汉间的篆书，即以文论，亦无所古今文之别；
第四，刘歆为了掩盖其作伪痕迹，因在校订藏书时，于一切古书多所羼乱；
第五，刘歆作伪的目的，是辅佐王莽篡汉，因此他首先湮没搞乱了孔子的微言大义。
康有为在《新学伪经考》中，严格地划分了古今文经的界限，并通过大量考订，力图证实千百年来被人们奉若神灵的《左传》等古文经典，乃是刘歆帮助王莽篡权而伪造出来的。而古文经的根本要害问题，又在于它们重在“记事”，并非“明义”，从而湮没了孔子托古改制的微言大义。由于康有为否定了古文经学，从而也就根本上动摇了当时在思想界和学术界占主导地位的宋学与汉学。他在序言中宣称：“凡后世所指目为‘汉学’者，皆贾、马、许、郑之学，乃新学，非汉学也；即宋人所尊述之经，乃多伪经，非孔子之经也。”
在《史记经说足证伪经考》一篇中，他更明确地指出，凡当今所争之汉学、宋学者，又皆都是刘歆的“绪余支派”
。
康有为在这部著作中，将“阅两千年岁月日时之绵暖，聚百千万亿衿缨之学问，统二十朝王者礼乐制度之崇严”的神圣经典，统统斥为一文不值的伪说，这在学术界引起的轰动是可想而知的。康氏指出：这些经过刘歆改篡的伪经，贬抑孔子，把孔子改制的圣法，“而目为断烂朝报”
，明确地显示了康氏撰写此书的目的，是要从思想上和学术上为变法维新制造理论根据。表面上看，康有为痛加驳斥的是“述而不作”的古文经学，实际上鞭挞的是那些政治上固守祖宗成法的守旧派，其用心真可谓良苦矣。尽管《新学伪经考》在考订上“往往不惜抹杀论据，或曲解证据，以犯科学家之大忌”，甚至牵强附会把出土的钟鼎彝器，也说成是刘歆“私铸埋藏以欺后世”
，然而，这部著作在政治思想上产生的影响，则大大超过了它在学术上的价值。这是康有为在第一次上书遭到挫折后，经过几年的苦苦探索，提出的崭新的变法理论。对于高踞于封建庙堂之上的传统经典，千百年来，“无一人敢违背，亦无一人敢疑者”，咸为瞀惑，虔诚信奉，而康有为却冲破了这种对传统理论迷信的羁绊，“摧廓伪说，犁庭扫穴”
，这需要多大的勇气和魄力，需要多么深刻的理论思维及深厚的经学基础。不管《新学伪经考》在政治上会带来什么样的后果，它的出现，毕竟显示了康有为的变法理论已进入一个新的境界。
《新学伪经考》一经刊出，即产生了很大的反响。尤其是它的抑古尊今、排抵宋汉的观点，在社会上引起了一场轩然大波。它的深刻影响集中体现在两个方面：其一，使清学正统派的立脚点根本动摇；其二，对于“一切古书，皆须从新检查估价”
。这无疑在当时的思想界刮起了一阵强大的“飓风”。
光绪二十年七月初三日（1894年8月3日）给事中余联沅上书清廷，指责康有为以诡辩之才，“肆狂瞽之谈”，以异端邪说，煽惑后进。余联沅还指出：六经如日月经天，江河行地，自汉儒表章，宋儒注释，而经学愈以昌明……康有为“乃逞其狂吠，僭号长素，且力翻成案，以痛诋前人”。余联沅认为康比“言伪而辩，行僻而坚”的华士、少正卯有过之而无不及，如不及早“遏炽焰而障狂澜，恐其说一行，为害伊于胡底”，因此，他建议清廷立即销毁《新学伪经考》，严惩康有为。
长期以来，几乎所有关于戊戌变法史的论著，均将弹劾《新学伪经考》奏片的作者，说成是安晓峰，这其实是一种误解。此事甚关紧要，不可不辨别清楚，谨将理由罗列如下：
其一，康有为《自编年谱》光绪二十年（1894年）对此事原委记载颇详。
七月，给事中余晋珊劾吾惑世诬民，非圣无法，同少正卯，圣世不容，请焚《新学伪经考》，而禁粤士从学。沈子培、盛伯熙、黄仲弢、文芸阁有电与徐学使琪营救，张季直走请于常熟，曾重伯亦奔走焉，皆卓如在京所为也。以电文“伯熙”字误作“伯翊”，徐花农疑为褚伯约之误也。时褚方劾李瀚章，而予之奏实乡人陈景华贿褚为之。
康有为这里讲得很清楚，弹劾他是余联沅，字晋珊，这里丝毫未涉及安晓峰。
其二，据中国第一历史档案馆藏光绪二十年《早事档》与《随手登记档》所载，七月初三日（1894年8月3日）给事中余联沅曾递有一折三片，其中一片即为《广东南海县举人康祖诒刊有〈新学伪经考〉书，请饬查禁片》，另一奏片则为《请饬广东学政徐琪认真录余片》。
清档中并未有任何安晓峰弹劾《新学伪经考》的记载。同日光绪皇帝颁谕称：“有人奏广东南海县举人康祖诒刊有《新学伪经考》一书，诋毁前人，煽惑后进，于士习文教大有关系，请饬严禁等语。著李瀚章查明，如果康祖诒所刊《新学伪经考》一书，果系离经叛道，即行销毁，以崇正学而端士习，原片著钞给阅看。”
清档进一步证明了弹劾康有为者乃余联沅。
其三，《翼教丛编》的初刊仅载目次，而无正文，再刊本始将此奏片内容补入。并于文末注曰：“此折从两广总督署抄出，上谕亦未见奏人姓名，初传安晓峰太史上，后太史自戍所寄书葵园师言，疏劾康逆学术悖谬，正值倭事日棘，稿具未进，询知此疏为今上海余晋珊观察联沅所上。谨附订于此。”
显然，《翼教丛编》一书的编者苏舆后来在接到安晓峰的来信订正后，已发现弹劾《新学伪经考》的是余联沅，并非安晓峰。按：清季故事，为防止官吏对弹劾人员的打击报复，另生枝节，故朝廷寄谕每以“有人奏”开头，而将弹劾者姓名省略。因此，从两广总督署传出的奏片自然不知作者是何许人。文中的“葵园师”，系指王先谦。苏舆在收到安晓峰的订正后，已发现误植，而又未能及时将书中此片标题改正，以至讹传至今。
余联沅此弹章十分尖刻，说康有为“自号长素，以为长于素王，而其徒亦遂各以超回、轶赐为号”，以至于比“言伪而辩，行僻而坚”的华士、少正卯都有过之无不及。
其用心可谓狠毒，它说明了康氏《新学伪经考》在一些封建知识分子中引起了强烈的反感。这一弹章曾使康有为的处境非常狼狈，于是，通过其弟子梁启超在京四处奔走。《梁启超年谱长编》光绪二十年末对此事亦略有记载：
是年七月，南海先生的《新学伪经考》为余晋珊、安维峻等参劾。那时候先生在京，多方奔走，结果是两广总督谕令自行焚毁。
由上述记载可以看出，《梁启超年谱长编》的编者对其中原委并不甚明晰，故将余联沅与安维峻二人并列为弹章作者，至于梁启超如何“多方奔走”亦无下文。其实，在该书光绪二十年（1894年）前半部分，编者曾辑录了梁启超给夏穗卿的两封信，极其重要，参酌前引康氏《自编年谱》，很显然与余联沅弹劾《新学伪经考》一事有关。第一封信略谓：
昨日嘉兴致花农一电。今日小湘乡致合肥一电。惟闻花农监临，重伯又非甚重之人，仍恐未得当耳。前仆已面托通州君，若相见时可再托之。但得常熟允致电（待此间自行电去），其电语或由本人自定，或仆处代拟亦可耳。
第二封信又谓：
前仆已面托通州君，若相见时可再托之。
这两封信中所提及的嘉兴，即指沈曾植，字子培，浙江嘉兴人；花农，系徐琪的字，时为广东学政；小湘乡，系指曾广钧，字重伯，湖南湘乡人；合肥，李鸿章；常熟，翁同龢；两函均言及通州君，则是“南通张季直先生謇”
。
由上述函件中，可清楚看出，梁启超曾为此案在京师四处托人缓颊，甚至通过张謇做翁同龢的疏通工作。正因为有如此众多的京内外要员，向广东大吏求请，李瀚章于光绪二十年十一月二十一日（1894年12月17日）向清廷递上《查明举人康祖诒参款折》，才使得这场喧闹一时的参案得以平息。李氏的查覆折略谓：
伏查举人康祖诒溺苦于学，读书颇多，应举而得科名，舌耕以资朝夕，并非聚徒讲学，互相标榜。其以长素自号，盖取颜延年文弱，不好弄长实素心之意，非谓长于素王。其徒亦无超回、轶赐等号。所著《新学伪经考》一书，大致谓秦世焚书，但愚黔首，而博士所职诗书，百家自存，后世诵习者中，有刘歆所增窜，泛引《史记》《汉书》，曲为之证，以歆臣新莽，故谓其学为新学。其自序有刘歆之伪不黜，孔子之道不著等语。本意尊圣，乃至疑经，因并疑及传经诸儒。自以为读书得间，不为古人所欺。揆诸立言之体，未免乖违，原其好学之心，尚非离叛。其书于经义无所发明，学人弗尚，坊肆不鬻，即其自课生徒，亦皆专攻举业，并不以是相授，虽刊不行，将自澌灭，似不致惑世诬民，伤坏士习。惟本非有用之书，既被参奏，奉旨饬查，自未便听其存留，臣以札行地方官谕令自行销毁，以免物议。
至该举人意在尊崇孔子，似不能责以非圣无法，拟请毋庸置议。……
李瀚章此折对康有为多方庇护，极力开脱，无疑是受了京朝人士的嘱托而上，目的在于息事宁人。时清廷正忙于对日作战的筹划，亦未予深究，李氏折递上后即奉旨“知道了”
。而此折对康有为则起了重要的保全作用，从而为康有为在“粤城谤不可闻”的情况下，抽身来到广西桂林，继续为传播变法理论、培训变法骨干而努力活动创造了条件。