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1661年，郑成功设立金台山明远堂，这是洪门立堂结社的开端。此后，蔡德忠、陈近南（二人均为传说人物）进入清占区发展组织。蔡德忠在东南发展，经重新盟誓，广泛接纳下九流人士，创办了三合会、三点会等诸多派系。
陈近南与顾炎武在西北结社，定名汉留（亦作汉流），与东南洪门遥相呼应，影响深远。此外，洪门还有水上组织安清帮，这几个结社构成了洪门派系的基本框架。
汉留的发展历程
陈近南到西北发展时，起初因当地政治、民风等因素并不顺利。当时，明朝遗民顾炎武在陕西华阴云台书院讲学，秉持民族大义，仇清亲明。陈近南抓住机会，率徒众拥顾炎武举义，顾欣然应允，仿洪门组织建立汉留。
“汉留”原意是留汉，即汉族反抗清朝，因内部以哥弟相称，有“与子同袍”之义，也被称为“哥老”“袍哥”。其内部组织和忌讳与洪门相似，但也有自身故事。
1670年，陈近南欲说服吴三桂反清遭拒后，在四川精忠山休养待机，却被叛徒方宾良（绰号“弯帽根”）出卖。建昌镇总兵马赓武率兵围捕，陈近南突围后出家为僧。此后，汉留忌四排，称叛徒为“弯帽根”。汉留力量虽一度被削弱，但仍与洪门会师并保留自身组织。
康熙、乾隆年间，河北、河南、山东一带存有汉留支系，以响马和保镖身份活动。嘉庆年间，清代盛极而衰，洪门汉留组织趁机壮大。1810年，福建范松如开发人头山；1848年，永宁郭永泰携带郑成功遗著《金台山实录》开进忠山。
此后，各省纷纷开山立寨。清道光末叶，洪秀全起义，清廷无暇顾及，汉留得以蔓延。可惜太平军囿于上帝教，不支持洪门，使其潜力未充分发挥。
左宗棠出兵新疆时，发现湘军、淮军多为洪门分子，幕僚献策让其开山堂做洪门大龙头，使洪门转为拥清。孙中山早期反清也曾借助洪门汉留力量，辛亥革命军中敢死队多由洪门会友组成，四川都督尹昌衡、湖南都督焦达峰均为洪门汉留首领。中华民国成立后，汉留反清目的达成，活动暂告一段落。
三合会、三点会及其分支
三合会、三点会留下诸多分支。天祐洪重伤后，林烈主持会务，分遣党徒到南洋各埠及内地各省发展秘密组织，如九龙山、清水会、匕首会等，均为其分派。
哥老会与潘门（庆帮）的渊源
哥老会在湖南、湖北最为兴盛，在四川、浙东、云南等地也有较大影响，最远传至新疆。它产生于太平天国时期，因洪秀全自立为主，被疑不反清复明，湖南人组湘军反他。李秀成、李世贤隐遣洪门兄弟投降湘军夺权，并避去三点、三合之称，因会党首领有老大哥别号，故而得名哥老会。
哥老会出自天地会，号洪门，自称洪家，别称洪帮（俗讹为红帮）。哥老会出现后，潘庆组织潘门，称潘家，又称庆帮（俗讹作青帮）。因潘庆是贩私盐之魁，与抓捕私盐的哥老会对立，但二者同源出洪门，所以相遇时必称“潘洪原是一家”。
三合会与哥老会的异同
三合会与哥老会既有联系又有区别。二者有类似历史传说，奉洪英为创始人，同以反清复明为目的，但礼义、隐语、暗号及组织结构有所不同。三合会有传斗师专颁职务，哥老会组织与老洪门基本一致。
白门、礼门等的异化
洪门在发展过程中，因清廷镇压等原因，还异化出白门、礼门等。礼门也称理门，因清廷对洪门防范甚严，礼门借戒烟酒、戒嫖赌之名在城市生存发展，首领通常到死前才将反清复明宗旨告知衣钵传人，故清廷允许其存在。
安清帮的由来与发展
安清帮源于洪门刚建立时，翁乾潘到北京坐探清廷消息，翁投降清廷后以部分人为基础组建安清帮。安清帮将组织关系变为师徒相传，讲究辈分，定有“谱系”。清末，革命党人又加四字。
安清帮主要任务是为清廷护运军粮，管理运河码头。洪门痛恨安清帮，视其为叛徒，二者对立明显，如谚语“由清转洪，披红挂彩；山洪转清，抽筋剥皮”。太平天国时，安清帮码头官还曾被洪门杀害。
洪门在海外的发展
洪门在国内遍及长江南北，在国外也建立了自己的组织。康熙二十年（1681年）台湾陷落，天地会人南迁，在南洋鼓吹办会。朱一贵、林爽文台湾起义失败后，重要分子逃往南洋，天地会在华人中间传播极速。
1681年后百余年间，是天地会在南洋最繁荣的时期，但后来因骚扰之事增多，声望下跌。1849年，三合会的陈正成在新加坡建立洪门组织，分支于厦门，曾响应太平天国占领厦门。典型的如洪门致公堂，主要在美洲。
洪门各派系在历史长河中历经风雨，其发展变迁反映了特定历史时期的社会风貌和人们的抗争精神。