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存在不存在独立的人民政协理论，一直是思想理论界争议很大的问题。多年来，政界、学界很多人认为，人民政协没有独立的理论，它是中国共产党统一战线理论的一部分。但随着实践的发展，加强政协理论研究成为越来越多理论和实际工作者的思想共识。2004 年 8 月，全国政协召开纪念邓小平 100 周年暨邓小平关于人民政协理论研讨会，时任全国政协主席贾庆林代表中共中央发表重要讲话时，明确提出了“人民政协理论”这一概念。他指出：“半个多世纪以来的实践证明，人民政协事业的创建和发展始终是在中国共产党创立的人民政协理论指引下前进的。人民政协理论经过几代人的探索奋斗，经过实践—认识—再实践—再认识的循环往复过程而逐步形成并不断深化。这个认识过程将贯穿于人民政协存在与发展的整个历史进程中。”
同年 9 月，胡锦涛同志在庆祝人民政协成立55 周年大会讲话中强调：“要大力加强人民政协理论研究工作，为人民政协事业更好地发展提供理论指导。”
任何理论问题都源于现实问题，任何现实问题也都蕴含着理论问题。理论创新的根基是伟大实践，理论创新的使命是推动伟大实践。2006 年，中国人民政治协商会议理论研究会成立，人民政协理论研究进入了一个全新的历史时期。2023 年的《中国人民政治协商会议章程修正案》在总纲中增写一个自然段：“中国人民政治协商会议是中国共产党把马克思列宁主义统一战线理论、政党理论、民主政治理论同中国具体实际相结合、同中华优秀传统文化相结合的伟大成果，是中国共产党领导各民主党派、无党派人士、人民团体和各族各界人士在政治制度上进行的伟大创造。”
这一论述从“两个结合”的宏观视野，进一步深化了对人民政协理论根基的认识。统一战线理论、政党理论、民主政治理论是人民政协的三个理论基石，为构建和丰富人民政协理论体系夯实了基础，铺垫了广阔的背景。