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在统一中原后，建安十三年（208）正月，曹操回到邺城。曹操与袁绍在官渡对决，荆州牧刘表积极联络各地诸侯反曹操。如今，曹操想趁胜“复仇”，消灭刘表，占领荆州。
为了进攻荆州，曹操做了充分准备。他下令在邺城凿玄武池训练水军；派张辽、于禁、乐进等人率军驻扎在许昌以南，为南征做相关准备；命令马腾及家属迁居邺城，以避免西北方向的威胁，随后，他下令罢黜三公，重新设置丞相、御史大夫，亲自出任丞相。
建安十三年（208）七月，曹操亲自率军南下，进攻荆州。一个月后，刘表病死，蔡瑁、张允等人拥立刘表小儿子刘琮继任荆州牧。曹操采纳荀彧的建议，率军轻装抄捷径前进，迅速占领宛城，然后相机而动。
面对曹操所率大军，蒯越、傅巽等人劝刘琮投降曹操，说：“逆顺有一定的道理，强弱有一定的形势。以臣属身份抗拒天子，是对国家的叛逆；以刚接手的荆州抵御朝廷大军，必会陷入危险；依靠弱小的刘备去对抗强大的曹操，一定会失败。这三个方面，我们都不行，拿什么迎战曹操所率大军？您要考虑一下，您比得上刘备吗？如果刘备所部挡不住曹操所部，即使投入荆州全部力量，也不足以自保；如果刘备所部挡得住曹操所部，他就不会再居于您之下了。”这番说辞明显将曹操当作代表天子的正义一方。刘琮听罢，也觉得是如此，便采纳了他们的建议，隐瞒着刘备、刘琦等人，派人去向曹操请降。
得知刘表死后，小儿子刘琮继任荆州牧，曹操心理压力一下子小了很多。他有信心打得过刘表，更有信心打得过年幼的刘琮。他一边率军继续前进，一边在琢磨处理让他心里不爽很久的孔融。
在统一北方前，北方世族门阀中始终有一部分人对曹操有偏见。四世三公名门之家的袁术是代表人物，但他已经死去。击败袁绍后，曹操成为北方实际统治者。他认为，在北方世族门阀中，看不起他宦官之后的绝不仅仅只袁术一人，便想选一个代表杀鸡儆猴，加强权威，镇住那些企图不法的世族门阀。
孔子十九世孙孔融是建安七子之一，当时的文坛领袖和道德模范。他有严重道德癖，看待一切事物，都以传统固有道德为准绳。孔融担任北海相时，被黄巾军包围，情势紧急。有人劝孔融向袁绍、曹操求救，孔融怒杀那个出主意的人。有人提出向平原国相刘备求救时，孔融立即派太史慈去搬救兵。无论是袁绍，还是曹操，势力都远远超过刘备，孔融宁可向势力小的求救，都不向势力大的求救，最重要原因是，刘备是“中山靖王之后”，是高贵的人，而袁绍是妾生的，曹操是宦官后代，都不入孔融法眼。
建安元年（196），汉献帝迁都许昌后，征召孔融出任将作大匠，不久又升任少府。每逢朝会时，孔融经常拿他所认定的传统道德做评价。无论是世族门阀子弟，还是寒门子弟，无论担任多高官职，只要被认为不符合传统道德，孔融都会毫不犹豫抨击。曹操攻下邺城后，曹丕私自娶袁熙妻子甄氏。孔融写信揶揄过曹操；建安十二年（207），曹操远征乌桓，孔融引经据典挖苦过；曹操上表请求禁酒，孔融多次写信给曹操，反对禁酒，言词傲慢无礼。曹操是宦官孙子，但通过努力奋斗，晋升到丞相。孔融一而再再而三给曹操出洋相，根本原因是从骨子里看不起他。
当时，孔融是北方世族门阀领袖。曹操担心孔融影响他的权威，妨碍他统一天下的大业。因孔融名重天下，曹操表面上容忍，暗中却寻机收拾孔融，震慑其他世族门阀子弟。郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由，奏免孔融。曹操设计挑拨郗虑与孔融关系。孔融怒怼郗虑。两人公开闹矛盾。不满孔融的人趁机列举孔融“招合徒众”“欲图不轨”“谤讪朝廷”“不遵超仪”等罪名。
建安十三年（208）八月二十九日，曹操下令处死孔融，株连全家。第二天，曹操率军到新野县，刘琮以荆州投降曹操。曹操没预料到荆州牧刘琮会闻风而降，一举奉献上荆州八郡。事情发生得太突然。曹操与将领们简单商议后，表示接受刘琮投降，让刘琮使者带路，立即率军赶往荆州各地接管城池。
曹操到新野那天，依附刘表、屯兵樊城的刘备才得知相关消息，既惊骇又气愤，无奈地放弃樊城南逃。刘备率部南逃，曹操将追击刘备当作当务之急。江陵（今湖北荆州）储存有军用物资，如果刘备所部趁乱占据江陵顽抗，那么曹操将会面临大麻烦。曹操命令军队留下辎重，轻装前进。
追到襄阳时，曹操得知刘备已向南撤走，便亲自率五千精锐骑兵加速追赶。他们一天一夜跑了三百多里，最终在当阳县长坂坡追上刘备所部。刘备不敢迎战，抛下妻子及儿子，与诸葛亮、张飞、赵云等数十人骑马逃走。曹操俘获大量人马辎重，准备进一步追击。张飞据守河岸，拆去桥梁，握着长矛，怒目而视，对曹操所部大喊：“我是张翼德，有谁敢来决一死战！”曹操见前面树林上空有扬尘，怀疑有伏兵，放弃追击。刘备得以顺利逃走。
曹操率部进入江陵城，任命刘琮为青州刺史，封列侯，此外还有蒯越等十五人被封侯爵。曹操从狱中释放韩嵩，用朋友礼节来接待他，让他品评荆州士人优劣，然后分别加以任用。不久，韩嵩被任命为大鸿胪，蒯越为光禄勋，刘先为尚书，邓羲为侍中。
接管荆州首府江陵后，曹操考虑下一步进军计划时，得知南逃的刘备已与江南的孙权结成联盟了。
原来，在曹操率军向荆州进发时，孙权就派鲁肃去荆州窥探虚实。鲁肃抵达夏口（今湖北武汉境内）时，得知曹操率军轻装南下，便日夜兼程北上。等他到南郡时，刘琮已经投降曹操，刘备已经向南撤退。鲁肃便去追刘备，向他传达孙权的意图，与他讨论天下大事。一番交谈后，刘备便采纳鲁肃的建议，率部进驻樊口（今湖北鄂州西部）。
曹操率军从江陵出发，顺长江东下。刘备的军师诸葛亮自告奋勇，随鲁肃一起去见孙权，寻求双方结盟抗击曹操。在柴桑，诸葛亮见到孙权，先用投降曹操来激起他的斗志，再展示己方势力，分析曹操所部优劣势，最后表达刘备愿意与孙权联合抗击曹操的意愿。孙权见刘备也抗击曹操，同意结盟。
这时，曹操写信给孙权：“如今，我奉天子之命，讨伐有罪的叛逆，军旗指向南方，刘琮已经降服。我统领水军八十万人，准备与将军一起在吴地打猎。”孙权把这封威胁意味非常明显的信给部属们看。他们无不惊惶失色。德高望重的老臣张昭率先做一番分析，然后提出“依我的愚见，我们最好迎接曹操，投降朝廷”。其他人纷纷响应，只有鲁肃一言不发。
孙权见此，起身去上厕所。鲁肃随即跟上去。孙权知道他有话要说，握着他的手问他的看法。鲁肃将投降曹操的利弊做了分析。孙权明确表示不想投降曹操，要跟曹操一决高下。鲁肃劝孙权把周瑜召回来，商议大计。
周瑜回来后，分析双方优劣势，主动请求率军抗击曹操。孙权有鲁肃和周瑜鼎力支持，将抗击曹操的意义进一步升华——“曹操想篡夺汉朝，只不过忌讳袁绍、吕布、刘表与我。现在，那几个英雄已被消灭，只剩下我还在。我与曹操势不两立”，然后还不忘称赞一番周瑜“你主张迎战曹军，正合我意，是上天把你授给了我”。
孙权下决心后，当着大臣的面，就势拔出佩刀，砍向奏案：“从现在开始，任何人胆敢再说投降曹操的，就与奏案一样！”
抗曹战略确定下来了。如何实施呢？为抗击曹操，周瑜早已悄悄做好准备。当天夜里，周瑜带着搜集的情报见孙权，详细分析曹操所部存在的弱点，表示他只要五万精兵，就足以制服敌军。孙权听罢，信心进一步加强，表示虽然暂时凑不齐五万精兵，但已有三万，战船、粮草及武器装备都已备齐，让周瑜、鲁肃、程普率军先行，他将继续调集人马，多运辎重、粮草，作为后援。万一周瑜在前方作战不利，他不会怪罪，将亲自率军与曹操决战。
周瑜为左都督，程普为右都督，各率一万余人，先去与刘备所部会合，合力迎战曹操；鲁肃为赞军校尉，协助筹划战略，另率一万人跟随其后。
相比孙权信心满满，从容不迫，退居樊口的刘备焦虑不安，每天派士兵在江边眺望。周瑜率军前来，刘备屈尊去见周瑜。得知周瑜只有三万精兵，刘备有些失望。不过，周瑜信心十足。刘备既惭愧，又很高兴，率关羽、张飞等两千人，跟在周瑜所部后面，一起进攻曹操。
孙刘联军逆水而上，到赤壁时，发现曹军正在训练渡江。正如周瑜此前所预料，曹军水土不服，军中已瘟疫流行。新编水军及新附荆州水军难以磨合，士气明显不足。周瑜率军出击，取得初战胜利。曹操被迫把水军撤到江北与陆军会合，把战船停在北岸乌林一侧，继续操练水军，等待良机。周瑜便把战船停靠南岸赤壁一侧，与曹军隔长江对峙。
北方士兵不习惯坐船，便将舰船首尾连接起来，人马在船上如履平地。黄盖献计用火攻，并与周瑜演了连环计。他先派人送信给曹操，谎称投降。曹操结合从间谍那里得知的消息，对黄盖投降深信不疑。黄盖约定在一个有东南风的凌晨渡江投降。他选取十艘艨艟战船，装上干芦苇和枯柴，在里边浇上油，外面裹上帷幕，上边插上旌旗，预先备好快艇，系在船尾。东南风正急，黄盖将十艘战船排在最前面，到江心时升起船帆，其余船在后面依次前进。曹操军中官兵走出营来观看。相距有两里多远时，那十艘船同时点火，火烈风猛，船像箭一样向前飞驶，把曹操的战船全部烧光。火势蔓延到陆地营寨。顷刻间，浓烟烈火，遮天蔽日，曹军烧死的和淹死的不计其数。
周瑜等人率轻装精锐士兵紧随在后，鼓声震天，奋勇向前。曹军大败。曹操率军从华容道撤退。他们遇到泥泞，道路不通，天又刮起大风。曹操让老弱残兵背草铺路，骑兵才勉强通过。周瑜、刘备联军水陆并进，一直尾随追击，但已经来不及。
此战曹军伤亡过半。曹操回江陵后，担心因赤壁失利而导致后方不稳，立即赶回北方，留下曹仁、徐晃等人镇守南郡，命令文聘镇守江夏、乐进镇守襄阳、满宠率军镇守当阳。
孙刘联军取得赤壁之战胜利后，孙权亲自率军北攻合肥，中计，被迫退兵。周瑜率军继续进攻曹仁镇守的南郡首府江陵，隔江对峙，同时另派甘宁率军袭取夷陵。曹仁分兵围攻。甘宁向周瑜告急，周瑜用吕蒙之计，留凌统守后，自己与吕蒙率军前往解救。等解甘宁之围后，周瑜撤军到北岸。吴军先锋先包围前来迎战的牛金所部曹军，反被曹仁两次突入救出牛金。在双方大战中，周瑜被流箭射中右胁，伤势非常重，不得不率军撤退。曹仁得知周瑜受伤，率军到阵前叫战。周瑜强撑起来，案行军营，激扬吏士。曹仁被迫撤退。
周瑜率军与曹仁所部鏖战时，刘备奏请刘琦为荆州刺史，并趁机率军夺取荆州南部的武陵、长沙、桂阳、零陵四郡，正式夺得立足之地。孙权任命周瑜为南郡太守，程普为冮夏太守，全柔为桂阳太守。为更好联合对付曹操，孙权将公安借给刘备，让他率军驻扎那里。
这一战，曹操失去在短时间内统一天下的可能。刘备获得立足之地，孙权的势力也获得发展。相比而言，刘备的收获最大——他的势力从此日益壮大，进而谋取益州。孙权屡次亲率军进攻合肥，数战不利，损兵折将。曹操退回北方后，决定进行休养生息，多次下求贤令，恢复和巩固力量。
曹操通过以少胜多赢得官渡之战，又被孙权刘备联军以少胜多赢了赤壁之战。这场战争留下太多令人反思的地方。历朝历代的人都站在各自立场上给予了各自褒贬不一的评价。