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CT在评估纵隔和腹腔淋巴结是否为转移不够精确。EUS能够检测到多达 90%的受累淋巴结，但仅凭图像特征，包括回声性、边界、大小（＞ 1 cm）等标准来判断转移与否，其特异性并不高。
在EUS检查进行分期时，如果检测到的淋巴结需要组织学诊断，可以经纵隔行EUS引导下细针穿刺。这种方法的准确率与CT引导的经胸穿刺活检相当，但后者的并发症发生率为 9%，包括 7.7%气胸（其中 1.6%需要引流），以及 1.3%出血。此外，小于 1 cm的淋巴结经胸穿刺活检的准确性较低，并且不能在靠近大血管的部位进行。EUS-FNA是一种较新的组织诊断方式，替代了经胸穿刺活检。只要视野不受空气阻碍，该方法可用于消化道 5 cm范围内的所有淋巴结（见图4.10）。在食管癌中，所有位于后纵隔的 3 mm及以上的病变及腹腔淋巴结，都可以在超声引导下实时观察和穿刺活检。
由于来自气管的空气干扰，无法进入气管前区和前纵隔进行操作。可选择肿瘤近端或远端的淋巴结进行穿刺，但如果淋巴结刚好在原发肿瘤后方，只能穿过原发肿瘤进行穿刺。不过，应尽量避免这种操作，因为穿刺针可能被原发肿瘤的癌细胞污染，导致淋巴结细胞学假阳性（68%）。大约 20%的食管癌患者有腹腔淋巴结转移（见图4.11）。
EUS-FNA能提供细胞学证据，从而评估肿瘤的病理类型以及判断是否为其他原发灶（如乳腺癌、肾癌或肺癌）的转移。从技术上讲，对纵隔和腹腔淋巴结行EUS-FNA检查的要求不高，尤其是与胰腺肿块或胰周淋巴结的细针穿刺相比。超声内镜是直的，淋巴结则紧靠食管或胃壁，直行穿刺易于操作。彩色多普勒可以识别附近的血管，通过内镜和超声可以实时看到穿刺针的行进，因此这种穿刺比较安全。EUS-FNA用于淋巴结穿刺并发症极为罕见，有报道超声内镜强行通过食管狭窄时，造成食管穿孔。
图4.10 超声内镜引导下细针穿刺示意图
图4.11 腹腔干旁进行超声内镜引导下细针穿刺
纵隔淋巴结EUS-FNA穿刺成功率为 89%~96%。在一项对 125 例有淋巴结受累食管癌患者行EUS-FNA检查的大型前瞻性研究中，其比CT更敏感（83%对 29%）、更准确（87%对 51%），也比单独的EUS更准确（87%对 74%），导致 77%的患者改变治疗方案。
最近几项研究比较了多种分期策略的医保成本和有效性，其中EUS-FNA和/或CT+EUS-FNA是最经济的选择，并提供了最优的生活质量调整寿命年数。因此，EUS FNA和/或CT+EUS-FNA可作为食管癌分期的首选策略。