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对于不适合手术的晚期肿瘤患者，可以选择联合放化疗等综合治疗。治疗后需要对患者进行随访和再分期，尤其是接受新辅助治疗的患者，以评估是否适合手术。其中一项成像技术就包括EUS。
用于评估疗效的指标包括肿瘤范围、管壁厚度，以及局部淋巴结的数量和大小。许多研究表明，对于治疗后残留肿瘤的真实范围，EUS无法将其与纤维化和外周水肿进行区分。这些类似于肿瘤的低回声可能导致分期偏高。因此，在新辅助放化疗后，基于EUS的T分期与手术分期的相关性仅为 27%~43%。如果患者单独接受放射治疗，情况也是如此。利用EUS来评估食管癌新辅助治疗后的预后并不十分准确，其结果存在一定争议。
接受完整肿瘤切除（R0 切除）的患者术后需要定期随访。近 50%的患者出现局部复发或远处转移。在这些情况下，EUS可以检测到食管壁异常的不规则低回声区域，灵敏度超过 75%。然而由于手术原因，吻合区域的正常管壁结构被破坏，可能会漏诊早期复发。另外也存在假阳性结果，因此对于EUS发现的吻合区的结构异常，应慎重诊断。然而，在食管或胃壁附近存在局灶性管壁增厚的情况下，EUS对复发的阳性预测率接近 100%。
EUS检测局部受累淋巴结敏感性较高，但由于其特异性较低，因此仅凭回声性以及淋巴结形状和大小的改变并不能确诊。在这些情况下，有必要进行EUS-FNA以明确组织学诊断。