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在辉煌的第十九王朝之后的两个世纪，埃及仍然由本土出生的埃及法老统治。但那些法老是软弱无能的人，他们既没有资源，也没有决心与意志来掌控国家。他们的绰号证明了他们的无能：“被拯救者”“谦卑忍耐者”“盲者”，还有个最有说服力的——“无用者”。这个时代充满了悲观和沮丧。权贵们劝告不幸的人效仿过去的做法，恪守传统。僵化的传统主义取代了以前时代标志性的个人主义。现在，国家的精英受到挫败感和罪恶感的折磨。他们视他们的神为全能的，而他们自己则只是生活中的小卒。他们的口号是：沉默、谦逊和服从。后来的智慧之书进一步阐述了人类的不足，如下的箴言确认了这种不足：“神总是在成功，而人则活在失败中。人说的是一回事，神做的是另一回事。因为人只是黏土和稻草，而神是人的建造者，他每天都在拆毁或建造。只要他想，他就能造出一千个穷人，或者让一千个人成为监工。”
埃及的命运与许多成功的帝国一样。它过度扩张。它的统治者和军队不再能够控制位于西南亚、北非和努比亚的埃及边缘地区的臣民。现在，帝国边缘地区躁动不安的人民开始寻求独立，甚至复仇。此外，埃及的祭司阶层以牺牲各个政治阶层的利益为代价，重新获得了巨大的权力。他们抑制了法老的领导力和活力。即使是被埃及征服的人和被殖民的民族也对埃及的衰落感到悲哀，怀念着法老时期的政治稳定和经济繁荣。
在早期的几个世纪，埃及统治者持续监视着边境。因为他们担心外来者会试着推翻中央政府并建立自己的统治，就像喜克索斯人在之前所做的那样。因此，大约在公元前950年，一个利比亚家族开始扮演法老的角色，这是很能说明问题的。这不是因为发生了入侵。相反，作为囚犯进入埃及或为了寻找财富而迁移到这个国家的利比亚人接管了权力中心。他们的统治是短暂的，然后当地的埃及人在不长的一段时期内再次掌管了国家事务。他们在重新焕发文化活力和重建强大的国家方面并没有比他们的前辈们更成功。
在利比亚人不久之后，来自南方的人到了。努比亚是古埃及的后院，是埃及进入撒哈拉沙漠以南非洲的入口。努比亚对埃及的影响被严重低估了。部分原因是早期的学术界对非洲及非洲人为撒哈拉沙漠以北的文化所做的许多贡献持有偏见。不过，古埃及人自己也对形成这些偏见起到了推波助澜的作用。他们看不起这个地区产生的文化，经常称其为“可悲的库什”。埃及人经常无情地利用努比亚的资源，特别是其原材料和人民，俘虏和奴役努比亚人。埃及对努比亚人的传统观点与荷马的观点形成了鲜明对比。荷马对该地区及其人民给予了很高的评价。他说这些人“是最远的国家中最正直的人，是众神的宠儿。奥林匹斯山的众神去他们那里并参加他们的盛宴。在所有凡人献上的供品中，他们的供品是最受欢迎的”。努比亚人也最终对他们居高临下的北方霸主进行了报复，占领了埃及并将自己人推上了王位。埃及的第二十五王朝来自努比亚，学者们称其统治者为埃及的黑人法老。
上努比亚和下努比亚覆盖的范围从埃及的第一瀑布一直延伸到尼罗河的喀土穆地区。喀土穆是现代苏丹的首都。然而，在古代，位于第一瀑布至第四瀑布之间的土地吸引了埃及人，大量的人口集中居住在这片土地上。这里独特的文化大约与古埃及文化同时出现，也就是说，大约是6 000年前。尽管努比亚人与古埃及人有联系并吸收了埃及的许多制度和价值观，但努比亚人自己的传统并没有改变。这个地区的第一个强大国家是在克尔马（Kerma）出现的。它的起源可以追溯到公元前2400年，当时人们注意到其商人与埃及人进行贸易往来，并控制着奢侈品往北部地区的输送。克尔马的位置在第三瀑布上游大约50英里处。埃及人向该地区派遣了远征军，不过他们并没有在那里建立永久的政治机构或军事管控机构。
直到新王国时期，埃及对努比亚的统治才呈现出殖民地管理的特征。埃及人在西南亚和在努比亚采取了不同的统治方式。在西南亚，埃及人与当地的统治者结盟。在努比亚，新王国的征服者向南面派遣了自己的管理者，并建立了一个民事和军事管理体系。这种情况持续了500多年。埃及人在努比亚统治时，将一整套法老文化和埃及宗教信仰强加给当地居民。从强大勇武的国王雅赫摩斯的一系列军事进攻开始，埃及就活跃在该地区，直到公元前1100年这一切才结束。这时埃及人和苏丹人似乎都基本放弃了这片土地，它在几个世纪内变成了无人之地。直到公元前850年左右，这个地区才复苏，当时纳帕塔（Napata）有一群新的当地国王站稳了脚跟。最终，纳帕塔的国王之一皮安希（Piankhy）甚至冒险入侵埃及，并最终登上埃及王位，成为埃及第二十五王朝的创始人，这是埃及第一个，也是唯一一个由阿斯旺以南的人统治的王朝。皮安希扭转了努比亚以前的统治者的不利局面，并让自己的名字在颂诗中得到称颂：
哦，强大的统治者，哦，强大的统治者，
皮安希，强大的统治者！
你返回并夺取了下埃及，
你是永恒的，你的力量永远存在，
哦，被底比斯所爱的统治者！
公元前747年至公元前656年的近百年间，第二十五王朝的努比亚人统治了埃及，但他们最终被前来将埃及纳入亚述帝国版图的军队赶走。虽然他们离开了埃及，但纳帕塔的国王继续统治了现代苏丹的北部几百年。纳帕塔自古就被吸引到埃及的轨道上，并深受埃及的影响。努比亚国王称自己为法老，崇拜埃及的太阳神阿蒙，让自己被埋在金字塔里，并使用象形文字。然而，它距离埃及很远，而且这个地区从未被埃及完全占领，而主要是作为埃及的贸易前哨，所以埃及的影响力有所削弱。后来，为了保持他们在尼罗河谷中心地带的独立，努比亚统治者甚至进一步南迁，在大约公元前6世纪建立了麦罗埃王国。这个国家因其墓地的金字塔和首都麦罗埃所拥有的大量城市化人口而闻名于世。麦罗埃王国持续了近千年，直到公元4世纪才灭亡。
在公元前6世纪，来自波斯的阿契美尼德王朝向西扩张势力并夺占埃及，将埃及视为其珍贵的财富。最著名的阿契美尼德征服者是居鲁士二世，他从公元前559年到公元前530年执政，并将征服埃及的任务交给了他的儿子冈比西斯。冈比西斯占领了这个国家，建立了埃及的第二十七王朝（公元前525—前404）。在他去世后，阿契美尼德的王位传给了大流士一世（公元前522—前486年在位），他是历史上最强大的君主之一，也是使波斯与其西部领土形成更紧密统一体的建筑师。
对于大多数埃及人来说，这段波斯插曲并不是一个快乐的时期。尽管下一个征服埃及的民族，希腊人，夸大了波斯的残暴和压迫，但波斯人确实让埃及人想起了喜克索斯人：不愿意被埃及同化的外来征服者。埃及人对波斯人的回应与对喜克索斯人的回应没有什么不同。他们反叛了，因而再次展示了他们独特的文化身份，还表明他们不愿意臣服于蔑视他们文化的人。波斯总督雅利安德斯（Aryandes）从公元前522年到公元前517年掌管埃及，在他的统治下，对埃及习俗的不尊重达到顶峰。公元前496年，在大流士漫长统治的末期，当波斯人正为希腊人对该地区领土的觊觎和军事野心而焦头烂额时，尼罗河三角洲地区的城市发动了反抗波斯统治的起义。后来在公元前465年的一次起义中，出现了一个能团结、鼓舞民众的领导者伊纳罗斯（Inaros），他利用自己埃及人的文化身份，发起了一场反殖民主义的民族运动。这与20世纪埃及民族主义者反英国统治者的浪潮有许多相似之处。伊纳罗斯推翻了埃及的波斯统治者，但埃及的独立却昙花一现，波斯人重新建立了他们对埃及的控制并处决了叛军领袖。
唉，这就是希腊人记录的埃及。希罗多德，他关于埃及的描述影响了后来的许多代人。他在公元前5世纪去了埃及。他到达的时候埃及正处于政治动荡和内部叛乱中。创新已经让位于屈服。对老一套的一味模仿取代了大胆创新和人们对声望的渴求。希罗多德描述的某些片段揭示了一个正在倒退的埃及，它沉湎于谶言和空洞的仪式。