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为了更准确地理解人类进化的机制，首先必须理解进化的一般运作方式。1790年的时候，康德还认为，希望有朝一日会有一个“牛顿出现，他按照不是任何意图所安排的自然规律来使哪怕只是一根草茎的产生得到理解”
，这样的想法是“荒谬的”。而仅仅69年之后，查尔斯·达尔文的《物种起源》就问世了，这再一次表明，今天看来不可能的事情，明天就可能成为现实。
生命世界是有意识干预的结果，这样的印象乍看之下是令人难以抗拒的。眼睛的存在是为了看，心脏的存在是为了跳动。猎豹身形敏捷、行动迅速，因而是天生的好猎手。鸟儿能飞，所以……如此等等。进化论消除了这种印象，将其揭露为一种目的论的幻觉。生命只是表面上看起来有目的，实际上，它遵循着无计划的突变和选择趋势。
事实上，智能设计的假象来源于一个渐进的过程，在此过程中，变异体出现的频率在外部的选择压力下（如因为流行病、气候变化等）于数百万年的时间里发生波动。进化总是发生于“有变化的继承”当中（达尔文的原话是descent with modification）。它基于多种因素的综合，如变异、差异繁殖的成功和遗传。随机突变造成了变异。由此产生的变异体之间相对繁殖成功的差异通过遗传导致下一代重新洗牌。这个过程就叫作自然选择。
所有这一切都是“盲目地”发生的，也就是说是“无计划的”。没有人指挥调度这一过程，正如哲学家丹尼尔·丹尼特所说，这个过程是“按算法”
进行的。算法是一种决策过程，当正确、重复地运用它时，会机械地产生特定的结果。通过变异和选择的反复交替，进化产生了适应性——从长远来看，造成了新物种的出现。
自然选择并非决定种群构成的唯一机制。除了随机的基因突变，性选择也起到了一定的作用。然而，性选择是不是自然选择的一个变种还存在争议。在性选择的过程中，生物体（更准确地说是它的基因）的繁殖成功与否并不取决于自然的要求，而是取决于另一性别的任性的偏好。
或许很少有科学术语看起来如此容易理解，却又经常被误解。适应这个概念引出了拉马克的错误结论，他认为环境的影响可以导致原有生物体在表型上发生变化。例如，依照他的理论，长颈鹿的脖子变长，是因为它试图够到特别高的树顶端的叶子。而与之相矛盾的事实是，后天获得的性状（除了少数表观遗传的例外）不能被遗传，且某些性状根本不能被获得。然而，一个更为根本性的误解在于，它假设进化是发生在个体身上的过程。事实上，进化的概念应当从种群统计学的角度来理解，它涉及种群中某一性状分布的代际变化，即某一性状的出现频率如何从一代到另一代发生变化。脖子长的长颈鹿有更多的后代，因此其后代中就会有更多脖子长的长颈鹿。
进化是适者生存的过程，这一表达并非达尔文本人提出的，而是在《物种起源》出版5年之后由英国哲学家、社会学家赫伯特·斯宾塞提出的。这句话表明，存在着与进化无关的适应标准，进化的过程随后就会找到这些标准。事实上，所谓的“适者”就是那些繁殖成功率最高的个体。适应的概念似乎是同义反复的：谁能生存？那些适者。谁是适者？那些存活下来的。这些适者是谁，是大还是小，是强还是弱，是狡猾还是愚蠢，对进化来说都是无关紧要的，只要它们能够生存并产生后代。
某个性状具有适应性——这总是只在回看时才变得明显，而不会预先显现——并不意味着它就是最适应的。例如，许多人都想知道，为什么人类仍然会得癌症。这种“百病之王”
难道不应该早就被攻克了吗？进化不是应该让我们产生免疫力吗？遗憾的是，进化对我们和我们的痛苦无动于衷。它唯一关心的是，某个性状如何影响我们的基因的繁殖成功率。大多数人早在得癌症之前就把他们的基因遗传下去了。如果根本不会得癌症就
更好
了，但这不关进化的事，因为它只对
刚刚好
的事情感兴趣。在进化的竞争中，重要的是比起竞争者要
相对而言
更能活下去
。最佳的质量并不重要。事实上，优化策略甚至是适应不良的，因为选择压力奖励的是对资源最有效的利用。完美主义者的日子不好过。
首先，并非每个性状都能归因于适应过程。除了适应之外，还有扩展适应，即某个性状的功能特征虽然最初确保了它的存续，后来却被改变了用途，或者更好的说法是功能异化了。典型的例子是鸟类的羽毛，其最初的功能是调解生物体的体温，只是后来在进化中又变成了飞行的工具。其次，种群中性状的表达往往根本不是由于功能（或功能障碍）导致的繁殖差异才改变的，而是由于随机的基因突变。例如，当某个物种经历种群瓶颈时，就会发生非适应性的突变：一场洪水或风暴消灭了群体中的很大一部分成员，只有那些偶然幸存者的遗传信息得以保留下来。
最后，某个性状是具有适应性的，即会导致相对繁殖成功这一事实，与该性状在任何其他意义上是不是好的或可取的没有关系。进化生物学和进化心理学是野蛮与淫秽行为的陈列馆，这些行为虽然往往在策略上是有用的，但在伦理上却是可疑的。在不同情况下，谋杀和误杀、强奸和盗窃、排外和嫉妒可能是具有适应性的，但这并不意味着它们在道德上是正确的。
进化论这一科学发现的重要性，再怎么强调都不为过。看似有目的的适应性可以用突变与选择之间不协调的相互作用来解释，这一观点是人类历史上最伟大的见解之一，仅有其他三四个具有类似地位的发现可与之相提并论。尼采曾断言：“当你凝视深渊时，深渊也在凝视着你。”
事实证明，“达尔文的深渊”
比想象中的更加深邃。丹尼特恰当地将进化论描述为一种“万能酸”，它吞噬了我们的每一个传统概念、观念和理论。
无论什么样的世界观接触到它，都会发生根本性的改变。许多思想体系根本无法在这种接触中幸存下来。