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1997年，中共中央、国务院对中国人民银行职能进行较大调整，并对组织机构体系进行改革。1998年，中国人民银行撤销省级分行，根据地域关联性、经济金融总量和金融监管要求，设立9个跨行政区域的一级分行，以强化中央银行的垂直领导和实施货币政策的独立性。同年12月18日，人行南京分行成立，管辖江苏、安徽两省的金融业务，履行总行授权的各项职责。具体包括：1.贯彻执行国家有关法律、法规和方针、政策，依据总行的授权，对辖区内金融机构（证券、保险机构除外）的业务活动进行全面监督管理；2.依法查处辖区内金融违法、违规案件；3.对辖区内金融风险进行分析研究，防范和化解区域金融风险；4.分析、研究辖区内经济金融形势，为总行的货币政策决策提供政策建议和依据；5.负责管理中央银行资金、存款准备金、再贴现、利率和现金管理等有关货币信贷政策业务工作；6.协调辖内中心支行的国库经理、支付清算、现金发行、金融统计、金融科技和安全保卫等业务；7.对辖内外汇、外债和国际收支进行管理和监督；8.管理辖内金融监管办事处和中心支行的人事教育、财务会计工作；9.对辖内金融监管办事处和中心支行进行内审检查；10.领导管理并直接经办分行所在省的各项中央银行业务和外汇管理工作；11.承办总行交办的其他事项。
2003年，根据《关于深化行政管理体制和机构改革的意见》和第十届全国人大常委会批准的国务院机构改革方案，中国人民银行对商业银行、金融资产管理公司、信托投资公司及其他存款类金融机构的监管职能被分离出来，与中央金融工委相关职能进行整合，成立中国银行业监督管理委员会。同年10月，江苏银监局成立。根据中央精神和《中国人民银行办公厅关于切实做好当前管理体制改革工作有关问题的通知》以及《关于印发〈中国人民银行分行、营业管理部、省会（首府）城市中心支行、副省级城市中心支行职能配置和内设机构调整意见〉的通知》，人行南京分行制定《中国人民银行南京分行主要职责、内设机构和人员编制调整方案》，得到总行批准。根据总行批复，人行南京分行对银行业金融机构的监管职责划出，由银监会相应机构承担。强化的职责包括：货币信贷政策的执行、分析预测及跟踪研究；对银行间同业拆借等金融市场的监督管理，对系统性金融风险的防范和化解，维护地区金融稳定；外汇管理、反洗钱资金监测、征信管理等职责。
2008年，国务院批准中国人民银行新的“三定”方案，强化中国人民银行宏观调控职能、对金融业的宏观管理职能、维护金融稳定和国家金融安全的职能、征信管理职能。根据新“三定”方案，区域金融形势研究、区域金融稳定评估和区域金融协调职责交给中国人民银行分行，地方中小法人机构差别存款准备金率的实施、存贷款基准利率和浮动利率执行的监测、地方国库集中收付代理银行资格的认定等职责交给中国人民银行分支机构，从而进一步明确总行与分支机构的职能划分。
1998年成立时，人行南京分行内设17个职能处室、3个党群工作机构和1个直属单位。17个职能处室分别是：办公室（含《金融时报》驻江苏记者站）、银行监管一处、银行监管二处、非银行金融机构监管处、合作金融机构监管处、货币信贷管理处、统计研究处、会计财务处、支付科技处、内审处、人事教育处、货币金银处、国库处、保卫处、外汇管理处、国际收支处、离退休干部管理处；3个党群工作机构分别是：工会办公室、纪委（监察专员）办公室、机关党委办公室；1个直属单位为中国外汇交易中心南京分中心。
2003年10月，人行南京分行内设的银行监管一处、银行监管二处、非银行金融机构监管处、合作金融机构监管处4个职能处室划转至新成立的江苏银监局。根据调整后的职责，人行南京分行内设22个职能处室、8个党群工作机构和1个直属机构。22个职能处室分别是：办公室（含《金融时报》驻江苏记者站）、法律事务处、货币信贷管理处、金融稳定处、调查统计处、会计财务处、支付结算处、科技处、货币金银处、国库处、内审处、人事处、金融研究处、征信管理处、外汇综合处、国际收支处、经常项目管理处、资本项目管理处、外汇检查处、事后监督中心、保卫处、离退休干部处；8个党群工作机构分别是：党委办公室（与行政办公室合署办公）、组织部（与人事处合署办公）、宣传部、纪检监察一处、纪检监察二处、机关党委办公室、工会办公室、团委（与宣传部合署办公）；1个直属机构为后勤服务中心。同年11月27日，人行南京分行与江苏银监局签订江苏各中心支行领导干部划转备忘录。此后，人行南京分行先后增设1个职能处室（反洗钱处）和2个直属单位（清算中心、南京金融培训中心）。
至2008年，人行南京分行共有内设机构34个，其中职能处室23个、党群工作机构8个、直属机构3个。
1998年人行南京分行成立后，下辖分行营业管理部、合肥中心支行、27个地（市）中心支行（苏州、无锡、徐州、常州、南通、连云港、盐城、淮阴、扬州、镇江、泰州、宿迁、宿州、六安、巢湖、亳州、池州、铜陵、宣城、淮北、滁州、黄山、阜阳、安庆、淮南、芜湖、蚌埠中心支行）和123个县（市）支行（江苏59个，安徽64个）。
1998年底，人行合肥金融监管办事处成立，为人行南京分行派出机构，其人事、财务和业务受人行南京分行领导。同时，成立分行营业管理部，原南京市分行撤销，其职责和原江苏省分行营业部的业务，均由分行营业管理部承担；地、市分支行基本保留。
根据《中国人民银行南京分行系统地（市）中心支行和县（市）支行职能配制、内设机构和人员编制方案》，人行南京分行所辖地（市）中心支行和县（市）支行是总行的派出机构，分别在分行和地（市）中心支行的领导下，在辖区履行中央银行的职责。其中，安徽境内地（市）中心支行在金融统计、支付清算、货币发行、国库、保卫、外汇管理等方面接受合肥中心支行的管理。1999年1月1日起，为适应中国人民银行新的管理体制，苏皖两省境内地（市）分行更名为“中国人民银行××市（所在地市名称）中心支行”。机构更名后，其原有职责、内设机构、人员编制及机构级别不变。
2008年底，人行南京分行人数为8637人。其中，分行机关413人，分行营业管理部230人，合肥中心支行421人，地（市）中心支行4086人（江苏1898人，安徽2188人），县（市）支行3487人（江苏1741人，安徽1746人）。江苏辖内职工学历、职称情况：博士研究生8人，硕士研究生254人，本科生1886人，大专生1290人；高级职称131人，中级职称2094人，初级职称1035人。