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正如同人类的身体是进化的产物，人类的心智也是进化的产物。这是我通过黑猩猩研究，逐渐产生的切身体会。若是要对人类身体的进化进行研究，大概首先会去挖化石吧。只要看到化石，就能弄清楚某个器官是什么形状，身体长成了什么样子。但是，不管如何在地下挖掘，也挖不出人类心智的残余。心智是受脑这个器官掌管的，而脑是软组织，不会留下化石。
要探究人类心智的历史，与其去寻找心智的化石，不如把人类和现存的其他生物进行比较。在种属上有近缘关系的两种生物，若是在心理功能上有什么共同特征的话，便可以稳妥地得出推论，这些特征来自其共同祖先。
例如，人类和黑猩猩都会使用工具，这种技能便可以追溯到二者的共同祖先；而发出声音、用语言交流是人类特有的，便可以认为语言是人类从共同祖先分化之后，在进化成为人的过程中获得的。
通过比较现存的物种，就能明白人类这种生物进化的历史，尤其是能了解心智进化的基础。比较认知科学的研究目标就这样确立了。
现代人中只有智人生存下来
如果直立人能存活至今，我们就应当研究直立人。又或者，如果大约3万年前的尼安德特人能存活至今，尼安德特人就会理所当然地成为比较认知科学的研究对象。
把时间拉到离现在更近的年代。到了1.8万年前，在印度尼西亚的弗洛勒斯岛上，住着名为弗洛勒斯人的人类。弗洛勒斯人身高只有1米左右，大脑容量和黑猩猩差不多，是会使用工具、会生火的人类。如果弗洛勒斯人存活至今，我多么希望能做现代人和弗洛勒斯人的比较研究啊！
然而，不论是弗洛勒斯人、直立人还是能人，除了现代人以外的所有人属物种都已经灭绝。南方古猿也已灭绝。因此，我们能做的就是，把现代人与同现代人最近缘的黑猩猩属（包括黑猩猩和倭黑猩猩）进行对比。
在这里有一点要事先强调，现在仅有我们智人一种现代人存在，这在历史进程中是非常罕见的情况。通常，在同一时代，总是有几个不同的人类物种同时存在（见图1）。
图1 人类的亲缘关系系统
有个与此相关的误解，也想在此澄清。教科书上虽然写着猿人、原人、旧人、新人，说是由猿人进化成原人、原人进化成旧人、旧人进化成新人，但实际上人类并不是这样沿着一条直线进化的。猿人和原人是同时存在的人属物种，旧人和新人也曾经生活在同一时代。不同的时代生存着其他人类物种，但最后相继死亡灭绝，现在只剩下了我们——现代人，也就是晚期智人。
与进化近亲比较，与相似者比较
比较认知科学的研究方法大致可以分为两种。
其一，基于同源的比较。这种方法是将进化起源相同的生物与人类进行比较，据此探究人类心智进化的基础。人类与黑猩猩的共同祖先，大约出现在500万年前。
其二，基于相似性的比较。同为生物，一定在某个时代有着共同的祖先，哪怕是在非常遥远的过去。我们也可以把在进化过程中早已分化的两种生物，比如鸟类和人类进行比较。众所周知，乌鸦、鹦鹉、冠蓝鸦都非常聪明，那么它们到底是如何进化而来的呢？
鸟的大脑并不像人的大脑一样具有大脑皮层，甚至连最基本的构造都不一样。但是，我们依然能够研究它们的心智。从进化起源来说关系相当遥远的生物，着眼于其相似性而进行研究，这就是第二种研究方法。
我采用的研究方法是第一种：着眼于同源性，以现存物种中和人类在进化上最近缘的黑猩猩作为研究对象，研究黑猩猩与人类哪里相同、哪里不同。