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三峡地区四季分明，冬季阴冷，夏季炎热，垂直分带明显的气候特点，造就了当地物种多样、资源丰富的三峡生态圈。
三峡地区，植物资源丰富，具有物种多样性、基因多样性和生态系统多样性的优势，是我国不可多得的植物聚宝盆。仅收录入《中国长江三峡植物大全》中的维管植物就有5582种（包括种下等级），分属于242科1347属。当前，已被列入国家植物保护名录的有150种，珍稀濒危植物有51种。
另：
在古代，三峡地区拥有极为丰富的森林资源。川东地区曾是重要的用材林取给区，也是皇木的供给区。
当地的土特产也十分丰富，这里不仅是重要的产茶区，同时还盛产柑橘。而荔枝、辛蒟（扶留藤）、芳蒻（魔芋）、给客橙（金橘）、葵（冬苋菜）、巴戟（巴豆）、天椒（花椒）、桃枝（棕竹）、灵寿（杖竹）等，也都是古时三峡地区的著名特产。除此而外，当地出产的生漆、油桐、皮革、榨菜、桑、麻等也久负盛名。
《汉书·地理志》：“巴、蜀、广汉本南夷，秦并以为郡，土地肥美，有江水沃野，山林竹木疏食果实之饶。”
《茶经》：“茶者，南方之嘉木也。一尺、二尺乃至数十尺。其巴山、峡川，有两人合抱者，伐而掇之。其树如瓜芦，叶如栀子，花如白蔷薇，实如栟榈，蒂如丁香，根如胡桃。”
《史记·货殖列传》：“蜀、汉、江陵千树橘……”
《华阳国志·巴志》：“其果实之珍者，树有荔支，蔓有辛蒟，园有芳蒻、香茗、给客橙、葵；其药物之异者有巴戟、天椒；竹木之璝者有桃支、灵寿。”
目前，三峡地区仅收录入《中国长江三峡动物大全》中的动物就有629种。其中，兽类114种（8目23科）、爬行类57种（3目18科）、两栖类50种（2目10科），鸟类408种（17目59科）。有国家一级保护动物10种，国家二级保护动物54种。
此外，三峡地区独特的水域环境，为水生动物特别是鱼类的生存和繁衍提供了天然的处所，再加上长江多种鱼类每年冬季都要溯流而上到三峡繁殖，因此三峡的鱼类资源也十分丰富。有统计表明：三峡有鱼类140余种。三峡正是因为鱼类的多样性而被誉为我国淡水鱼类的摇篮，鱼类基因的宝库和经济鱼类原种基地。
另：
三峡地区在古代野生动物就十分丰富。三峡出“灵龟”，三峡考古中屡见龟甲。三峡产鹿，此地至今仍有许多鹿科动物。三峡出猿猴，猿声自古以来就是三峡地区的一大特色……而犀、犛（máo）、兕（sì）、象、蛇、蚕、山鸡、白雉等动物在文献中也多有记载。还有就是三峡地区曾是华南虎的重要栖息地。
《国语·楚语》：“巴浦之犀、犛、兕、象，其可尽乎……”
《水经注·江水》：“每至晴初霜旦，林寒涧肃，常有高猿长啸，属引凄异，空谷传响，哀转久绝。故渔者歌曰：‘巴东三峡巫峡长，猿鸣三声泪沾裳。’”