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从事中医工作要取得真知，重要的一点就是医生离不开病人，理论离不开实践，研究离不开临床。多年的临床实践使王琦教授深深感到，中医理论思维一旦脱离了临床，就成了无源之水，更难以谈新的进展。中医腹诊有着悠久的历史，《内经》奠定了腹诊的理论基础，至仲景已形成了较为完整的理论体系，但由于历史原因，腹诊没有得到更好地运用和发展，而日本医家从16世纪起开始提倡腹诊，时至今日仍广泛地运用于临床。腹诊作为中医重要的诊察手段，确有重新学习和研究的必要。因此王琦教授在临床工作中开展了腹诊的专题研究，进行腹诊的科研设计，摸索心下痞、心下痞满、心下痞坚、心下支结、胸胁苦满、腹满、腹痛、动悸、少腹急结等腹象与不同汤证的对应关系，并对胸胁、心下、少腹、脐部、大腹证等进行辨析，积累资料，写出《中医腹诊》初稿，作为研究生的专题教学讲稿。
学习借鉴前人经验，可以不断提高施治水平。仲景《伤寒论》《金匮要略》所载诸方药专力宏，法度严谨，疗效很好，被历代医家称为“群方之祖，众法之宗”，王琦教授在临床中注重经方的研究运用，取得了较好的疗效。《金匮》泽泻汤，药仅白术、泽泻两味，功能健脾利水，蠲除痰饮，主治“心下有支饮，其人苦冒眩”，治水饮之邪，上乘清阳之位所致眩晕，王琦教授常以此方加味治疗内耳眩晕症，屡获效益。又如麻黄连翘赤小豆汤，清泄湿热而兼宣透，王琦教授以本方加茜草、益母草、紫草治疗紫癜性肾炎，亦多应手。
继承老中医的经验，可使我们见到名家手眼，丰富我们的临床阅历，启迪临床思路。1976年王琦教授在全国中医研究班随岳美中、赵锡武、王文鼎、方药中等名老中医查房门诊，他们尽管学术风格各异，但均熟谙经典，擅用经方，目睹其治验甚多，常以经方起沉疴，愈顽疾，不唯理法谨严，学有渊源，且圆通活变，独具匠心。王琦教授和盛增秀等对他们的经验进行认真整理，结合自己的临床体会和近人经验写成了《经方应用》一书，由于临床实用，出版后受到了读者的欢迎。
独立思考，勇于实践。对阳痿的治疗，长期以来多从肾治，许多病人迭进温补收效甚微，甚至副作用很多。王琦教授认真调查研究了许多病例，发现此病中青年患者数量颇多，甚至是新婚不久即发病，追溯病情，多由情志不遂，肝之疏泄失司引起，并不是真正的性功能衰弱。于是王琦教授试用疏肝通络法治疗，有些病人在短期内就取得了明显效果，于是王琦教授便开展了专题门诊，总结积累了一定的病例，提出了“阳痿从肝治”的论点。又如昏迷的治疗，一般多囿于心主神明，而从心治，常以“热入心包”“痰迷心窍”概之。其实，“昏迷非独治心”。胃络通心，胃燥昏谵需通阳明；肝热神昏，可清泄肝热；另外，瘀阻脑窍也可神昏。如有一胡姓病人，女，45岁，因脑出血昏迷3天，住北京某医院，CT扫描发现脑有血肿。服了许多开窍药未能苏醒，王琦教授用建瓴汤为底方送服水蛭粉，24小时后开始清醒。
历史上许多伟大医学家成才的要素之一，就是扎根临床之中，否则难以有新理论、新技术的产生，这就是“纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行”。
知识的积累固然重要，但积累知识的目的是培养能力，形成见解。1977年王琦教授与盛增秀教授提出中医体质学说时，开始杂志社有顾虑，不同意刊登其论文。说中医只有阴阳学说、五行学说、藏象学说，哪有体质学说。学说，即在学术上自成系统的主张、理论。过去没有的学说，今天可以出现。经王琦教授他们反复解释，终于发表。
体质学说的提出，起初总有人不习惯，但王琦教授并不因此而中辍，反而在原有基础上进行充实提高，并从临床上加以观察总结。终于写出了《中医体质学说》一书，江苏科学技术出版社闻讯欣然出版，并在新书介绍中指出：“中医治病，非常重视人的体质差异，认为即使相同的病，它的发生、发展及诊断治疗，都会因人而异，因此需因人制宜，这种思想贯穿在整个中医学里，本书第一次把这一理论系统地加以整理，显要地给予提示，使之成为中医理论体系中一门新的、独立的学说。”方药中研究员在该书序中说：“深信此书既出，必将对中医学的继承与发扬产生积极良好的作用与影响。”任应秋教授指出，开展这一问题的研究，“在医学科学发展上是一个创造，对于进一步深入研究人体具有开拓意义”。周凤梧教授说：“本书作者列举禀赋强弱、年龄长幼、男女有别、疾病新久、生活优劣、地区差异等方面的因素，强调治疗时体病结合，这对指导临床确有深刻的实用价值，值得一读。”嗣后《陕西中医》《山东中医学院学报》《上海中医药杂志》《青年中医》等杂志，纷纷发表书讯、书评，该书一出，即一售而空。
10年之后的1987年，中国中医研究院研究生部与河北省中医学会共同举行了首届全国中医体质学说学术研讨会，王琦教授主持了大会。国内及日本、美国、新加坡一些著名专家、单位先后发来了贺电、贺信。会议回顾了体质学说研究的发展过程及近年来的进展，肯定了已取得的成绩。1987年王琦教授首次招收了中医体质学说研究生，并将以此作为终生研究的课题，以期使这一学说成为中医理论研究的突破口。
中医临床学科需要在实践中建设，但专门把男性病作为一个专科来研究，在国外也仅始于20世纪70年代，而有关研究表明，某些男性病将成为21世纪威胁人类繁衍的主要疾病。在这一背景下，王琦教授开展了男性疾病研究工作，开设了中医男科专家门诊，并担任了我国首部《中医男科学》的主编，该书系统论述了40余种主要男性病证的施治。男子更年期综合征、男子不育症、男性性功能障碍等，都是中医男科的重要研究对象。此外，作为研究男性生殖系统和生理结构与功能的专科，它不可能不进入一个“禁区”，即研究指导男性的性生活和性保健。1987年9月1日《科技日报》以头版显著位置，在“我国中医界着手创建男性病专科”的标题下，详细报道了上述内容。
敢于质疑，提出新见。在《伤寒论》的教学实践中，王琦教授发现许多概念与原著相背，需要重新认识和探讨，如《伤寒论》的“六经”是不是经络的经？有没有“循经传”“越经传”“首尾传”“传足不传手”？为了弄清这一问题，王琦教授反复认真地学习原著，并对皇甫谧、成无己等人著作进行考察，研究了日本和新中国成立以来探讨三阴三阳的文献，写出《六经非经》一文，指出六经当指三阴三阳六类病的划分，仲景运用三阴三阳作为对多种外感热病的归类，从而对某经配某病的逐一对应关系作了否定，并对太阳经证、腑证等概念作了澄清。《中医杂志》以头版位置全文发表后，一时间“风乍起，吹皱一池春水”，各种意见众说纷纭。然而在历届研究生的教学实践中，大多数同学都对王琦教授的观点给予肯定。他们说，这些观点在继承前人的基础上，以原著为凭，认识深化了，对一些方剂的认识，如小柴胡汤，冲破了“少阳专方”的框框。有的研究生说“这种教学有开拓精神，冲破了历代很多人云亦云的观点，而达到了‘柳暗花明又一村’的境地”。不仅如此，近些年，王琦教授先后应邀到贵州、河北、山东、安徽、河南、云南、江苏、浙江等地讲学，这些学术观点受到广泛欢迎。王琦教授认为做学问不能以传统是非为是非，对问题怎么看就怎么说。诚如但丁所说：“走自己的路，让别人去说吧。”理论不求新，就没有生命力，而治学之道贵在探索创新，故需不为成说所囿，不为众议所拘，若是陈陈相因，那只能磨灭理论的锐气，僵化人们的思想，也就不可能有新的开拓。王琦教授在《让中医学在求异思维中扬帆》一文中，表述以下思想：中医学要加速发展的进程，就必须大力提倡求异思维，从多种不同角度去思考问题，运用反常规的思路，提出同固有或流行观点不相同的见解，即标新立异。求异思维是一种崭新的探求，是开拓未知领域的犁铧，是萌生科学良知的先导，它以不同凡响的气势，激发创新的火花。然而长期以来，在中医队伍中的一些人，似乎认为求异思维大逆不道，而习惯思维才属正宗。某人某书某句话，一经流传，便成千古绝唱，凡是名人说的都对，凡是古人说的都对，这两个“凡是”，长期以来遏郁、阻碍了人们的创新思维。爱因斯坦曾说，科学不过是对日常思维的一种提炼。时至今日，时代的发展，对中医学提出了新的要求，中医理论体系和临床实践面临着新的探索和变革。中医必须在求异思维中保持蓬勃生机，这就需要胆略和勇气来探索“柳暗花明”的新天地。
王琦教授认为，需要不断地更新、优化、丰富自己的知识结构。“书到用时方恨少”“学然后知不足，教然后知困惑”，这是一点不假的。某种专业人才的知识结构的建立，与本学科理论体系和实践是分不开的。中医学是一个开放性的知识密集型学科，因此中医人才需要有一个网络型的知识结构。《素问·气交变大论》认为，一个合格的医生应该是“上知天文，下知地理，中知人事”。仅就《内经》所论，医学、哲学、天文、气象、地理、音律、象数无不涉猎，形成了医学知识、自然知识、社会知识相互交叉渗透的知识载体。许多名医的杰出成就与他们渊博的知识是分不开的。孙思邈对“大医”提出的标准是：“学者必须博极医源，精勤不倦”，“凡欲为大医，必须谙《素问》《甲乙》《黄帝针经》《明堂流注》、十二经脉、三部九候、五脏六腑、表里孔穴、本草药对，张仲景、王叔和……诸部经方……如此乃得为大医。”所谓“大医”，用现在的话说，就是高级中医人才。
历代名医之所以取得杰出的成就，具有博大精深的学术造诣，无不与他们丰富全面的知识结构有关。张景岳深究先秦诸子、宋明理气之学，通晓天文、历法、数术、律吕，主张学医必先知易，通过消化大量知识而达到了医学高峰。李时珍数十年“耽嗜典籍，若啖蔗饴”，他除了对经典著作精读深研外，举凡“子、史、经、传、声韵、农圃、医卜、星相、乐府诸家”无不博览，可见做一个一般中医尚易，成为一个中医学者则不易。
历史发展到今天，各学科之间相互渗透，边缘学科、横向学科不断涌现，中医学面临着新的挑战。随着医学模式的演变，以及人类疾病谱和研究重点的转移，中医学要跻身于世界医学之林，取得重大进展，这就需要具备知识密集型的头脑与横向通才，既具有坚实而广博的中医基础，又兼通多学科知识，形成合理的、多样化的知识结构，还要有较好的智能和科学的方法，才能使中医学得到很好的继承和发扬。
中医临床优势是显而易见的，但有些问题不能不引起我们深刻反思，如临床思维方法与时代紧密同步问题，中医学对当代临床与三五十年前中医的不同之处缺乏深入思考，对现代条件下造成的一些职业病、放射病、药源性疾病的施治缺乏规律性认识，仅仅依靠典籍的考据印证，是远远不够的；临床中由于缺乏严密的科研设计，直接影响学术发展；现代医学的诊疗技术得到长足进步的原因，就在于它与自然科学技术的紧密结合，随着科学技术的发展而不断补充更新，中医学若仅靠原有的望、闻、问、切等手段，满足不了现代临床的需要等。王琦教授从实际情况和自然科学发展的普遍规律出发，写成了《中医临床存在的十大问题及其对策》一文，在中国中医研究院第一届中医战略学术发展讨论会演讲，被评为一等奖。《健康报》以头版头条显著位置作了重点介绍，《山东中医学院学报》《中西医结合杂志》相继发表了他撰写的有关论文和讨论纪要，引起了积极反响。1987年春，王琦教授在参加“2000年中医药学继承与发展”规划专家论证会的过程中，深深感到中医药学要加速自身发展，发挥优势，并在生命科学领域取得突破，任重而道远，时代已向这一代和未来中医工作者提出了严峻的要求，现代中医要“终身求学”，不断更新优化知识结构，建立起自己的系统工程。