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辨体-辨病-辨证相结合是在体质、疾病、证候三者联系的前提下，根据“体病相关”“体质可调”理论，以辨体论治为核心，将辨体、辨病、辨证密切结合，进行综合临床运用的一种诊疗思想。它强调辨体、辨病、辨证相结合，对全面认识疾病本质、指导临床诊治具有重要性作用。辨体-辨病-辨证相结合的诊疗思想构建起中医临床思维的新模式，形成了对人体疾病与健康生命现象的独特认知体系。
例如王琦教授治疗一患者，田某，女，45岁。既往西医诊断有更年期综合征、高血压病。因眩晕，呕恶，呕吐痰涎，肥胖超重来诊。查苔白腻，脉弦滑。王琦教授的临床思维过程是：首先针对患者辨体，根据患者的肥胖体形及白腻苔、弦滑脉，辨此患者属于肥胖痰湿体质；再以其年龄（45岁）考虑处于更年期，结合既往的西医诊断，辨病为更年期综合征、高血压；最后综合四诊资料辨证为痰湿蒙蔽清阳。治疗选用二仙汤合化痰湿的半夏白术天麻汤加减：仙茅10g，淫羊藿10g，巴戟天10g，当归10g，黄柏10g，知母6g，葛根20g，天麻10g，钩藤10g（后下），川牛膝20g，川楝子10g，白芍15g，豨莶草15g，夏枯草15g，海藻15g，清半夏9g，陈皮10g，茯苓20g，泽泻20g。此方以针对更年期体质特征的二仙汤为主方，茯苓、泽泻乃针对其痰湿体质，清半夏、陈皮、天麻、钩藤等针对呕吐、痰涎和头晕的辨证用药。
在诊疗中，体质、疾病、证候三者反映了疾病的本质、规律与特征的不同角度和不同层面。辨体是根据体质状态与特征寻求发病与治疗的规律；辨病是全过程的病理特点与规律；辨证是某一阶段的病理特点与规律。所以，三者结合起来，相互联系，密不可分，缺一不可，构成了一个完整的综合的临床诊疗模式，体现了多元和复杂的中医临床思维。若将体质、疾病、证候三者割裂开来，则不能全面准确地把握疾病现象。
王琦教授认为，在病、证、体三者关系中，体质因素是主要矛盾，体质为本，病证为标；体质是病与证的发生背景，病是第一层次，证是第二层次。对于病与证，病规定证，证从属于病；病是整体，证是局部；病贯始终，证是阶段。在辨体、辨病、辨证三者中，辨体是核心，在疾病的发生、发展、转归中，体质起着重要作用，制约和影响着证候的形成与演变，从某种意义上说，治本即是治体，立法处方要充分考虑体质因素。
王琦教授根据清·徐灵胎《兰台轨范》中提出的“主病主方主药”思想，将主病主方的内涵界定为，一病多方中高度针对贯穿整个疾病始终的主导病机的方剂。如东汉时期张仲景论治百合病用百合地黄汤、百合知母汤、滑石代赭汤、栝蒌牡蛎散多方，其中高度针对百合病心肺阴虚内热这一主导病机的主方是百合地黄汤；明·孙志宏《简明医彀》在各种疾病后列有主方、成方及简方。所列主方多系参酌古今文献，结合个人经验体会的自订方，虽无方名，但立方缜密，遣药灵变，或附加减用法，均能切中病机，着意于探索多种疾病的规范化治疗，便于读者参酌选用。如选用当归、生地、白芍药为三消主方，对于上消加人参、麦冬、五味子、天花粉，水煎，入生藕汁、鲜地黄汁、人乳共服，中消加石膏、知母、甘草、滑石、寒水石，下消加黄柏、知母、熟地、五味子之类。这种制方思路，在主病主方的发展过程中具有典型意义。王琦教授创用黄精赞育胶囊治疗男性不育，疏肝益阳胶囊治疗阳痿，二药已获批国家新药，海内外患者皆有服用，多效。
主病主方有别于一病一方的专病专方，也异于一方可治多病的通治方。审机制方是辨病论治的精髓，是主病主方的逻辑基础。清·柯琴将审机制方作为评价，良工的依据，“因名立方者，粗工也；据症定方者，中工也；于症中审病机察病情者，良工也。仲景制方不拘病之命名，惟求症之切当，知其机得其情。”（《伤寒论翼·制方大法第七》）清·罗浩进一步指出上工审机与组方的先后顺序：“医者精于四诊，审察病机，毫无遗误，于是立法以用药，因药以配方。知此乃神圣之极功，上工之能事也。”（《医经余论》）由此可见，“审察病机”是辨病论治的关键所在，明辨病机是论治中立法遣药制方的前提。根据病机所涉及的病因、病位、病性和病势等基本要素，临床辨病论治是依据患者的信息，辨识出主病所涉及的因、性、位、势，在此基础上针对病机诸要素遣药制方。审机制方的实施思路有三：一是分清病机层次，有序遣药组方；二是揆度病机态势，把握制方法度；三是辨识复杂病机注重“无者求之”。
王琦教授常以“交通阴阳”“调肝安魂”八字作为治疗慢性失眠的纲领。
《灵枢·大惑论》云：“夫卫气者，昼日常行于阳，夜行于阴。”并指出“阳气尽则卧，阴气尽则寐。”日·丹波元简指出：“阴气虚，卫气独行于阳，故不得眠。”皆阐明了卫气出阳入阴与寤寐的关系，即卫气循行失常，卫不交阴，则致不寐。王琦教授认为慢性失眠的根本原因是卫不入阴，阴阳失交。因此交通阴阳，为治疗慢性失眠之大法。高枕无忧汤是由王琦教授通过总结其临床经验自拟而成，体现了“交通阴阳”“调肝安魂”的失眠治疗大法。方由夏枯草、半夏、苏叶、百合、合欢皮组成，其中夏枯草、半夏这一药对即是取其能够顺应天时，调整阴阳，使营卫循行有序，使阴阳得以交通而达治疗失眠之意。《本草纲目》云夏枯草为“夏至后即枯，盖察纯阳之气，得阴气则枯”，通常四月采收，五月枯，得阳而长；半夏“为五月半夏生”，农历五月间多为夏至，这是自然界开始变更阴阳二气盛衰之时，得到了初生的阴寒之气后，半夏才开始生长，可知半夏得阴而生。夏枯草得阳而长，可收卫气归入阳；半夏得阴而生，使卫气从阳引入阴，二药一收一引，使卫气得以从阳入阴，协调了阴阳之气，暗合了人体营卫循行的节律，再则肝藏魂，肝血瘀阻，则魂失藏，眠不安。王孟英谓：“夏枯草微辛而甘，故散结之中兼有和阳养阴之效，血瘀不寐者，服之即寐，其性可见矣。陈久者，其味尤甘，入药为胜。”夏枯草调肝血，肝血充则魂安神定，眠自得安。《素问·逆调论》云：“胃不和则卧不安。”半夏有和胃的作用，胃和则卧安。故半夏、夏枯草配合应用，可和调肝胃，平衡阴阳而治失眠。
高枕无忧汤中，除半夏、夏枯草之外，复加苏叶、百合、合欢皮相配，更相得益彰。盖苏叶辛温气薄，理气和营；百合甘微寒，叶橘泉《食物中药与便方》载其“治失眠不宁，易惊醒”，陈士铎的《辨证录》载有上下两济汤，则为百合与苏叶同用（全方为熟地黄、山茱萸、党参、茯神、百合、苏叶、黄连、肉桂）；而合欢皮甘平，安神解郁。三药的生长特点均为昼开夜合，具有和人类寤寐同步的昼夜阴阳消长规律，可引阳入阴，交通阴阳。综上所述，高枕无忧汤方药虽只五味，但可交通阴阳，循行营卫，调肝安魂，故临床常获奇效。
高枕无忧汤的组方思路突破了治疗失眠常用的安神定志法，亦从繁琐的辨证分型中解脱出来，以一病一主方的思路，从交通阴阳，调肝安魂入手，抓住了慢性失眠的病机特点，体现出王琦教授的独特治疗理念。
在当今，不论中医还是现代医学，失眠症的主要病因首先考虑情绪状态的不良影响。王琦教授认为：失眠主因肝失条达，魂不安藏。寤寐与魂有重要关系，《灵枢·本神》云：“肝藏魂。”“随神往来者谓之魂。”即言其在精神上有调控作用，故《血证论·卧寐》云：“肝病不寐者，肝藏魂，人寤则魂游于目，寐则魂归于肝，若阳浮于外，魂不入肝，则不寐。”现代社会竞争激烈，易致思虑劳倦过度，情志不遂，气机郁结，郁而化火，火邪伤阴，阴血不足，血不养神，神不守舍而失眠；火邪伤津，炼津成痰，痰热互结，扰动心神而多梦怪异，正如《血证论》谓：“阳浮于外，魂不入肝，则不寐。”《景岳全书·不寐》云：“痰火扰乱，心神不安，思虑过伤，火炽痰郁而致不寐者多矣。”
临床中，王琦教授治疗失眠，在交通阴阳的同时，重视调肝，对由情志所伤、肝失条达而致的肝郁血虚之失眠，常在辨体辨病的同时，加柴胡、当归、白芍之属以解郁养血；对肝郁化火所致的失眠，则加珍珠母、栀子、丹皮之属以清解肝热，宁肝安魂；对肝胃不和，痰热内扰者，则加竹茹、枳实、橘红以平肝和胃，清热化痰。