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辨病论治是随着人们对疾病的认识逐步形成的，其思想初步成型于《黄帝内经》，如“咳论”“痹论”“痿论”“疟论”“厥论”等，均是论述疾病的专篇，书中所记载的“内经十三方”，也多为辨病论治的专病专方，如《素问·病能论》“有病怒狂者……以生铁落为饮”等，突出了辨病治疗的重要性。汉代张仲景的《伤寒杂病论》不但奠定了“辨证论治”的基础，也开启了“辨病论治”的先河，在篇名中以某病脉证并治，突出辨病的首要性，进而才辨相应的证治。如先有太阳病提纲以辨病，后分中风、伤寒相应的桂枝汤证、麻黄汤证，又如治疗狐惑病的甘草泻心汤、治疗百合病的百合地黄汤等，皆为辨病论治的临床应用代表。东晋医家葛洪言，临床应“分别病名，以类相续，不先错杂”，亦强调辨病论治能更有条理地治疗临床复杂病证。宋代陈无择著《三因极一病证方论》，其言“因病以辨证，随证以施治”，提出临证时先辨病而后辨证的思维过程。清代名医徐大椿在《兰台轨范》中直接指出辨病作为治病之首要，“欲治病者，必先识病之名，能识病名，而后求其病之所由生。知其所由生，又当辨其生之因各不同，而病状所由异，然后考其治之之法”。同时代的医家张璐在《张氏医通》中总结出内、外、妇、儿诸科专病专方，说明清代从病论治具有一定的普遍性。著名经方大师岳美中教授提出，“现代中医界流传着一种只重证不重病的错误倾向，理由是凭借八纲的阴阳、表里、寒热、虚实所表现的不同症状，施以治疗，就可以解决各种不同的疾患，我认为这是把辨证论治理论探讨庸俗化了。病是基本矛盾，证是主要矛盾，各有自身的特殊性” ［10］ 。可见，从古至今，辨病论治是中医临床治疗疾病的一个重要思维模式。
辨病论治就是辨识疾病，基于疾病的生理病理改变的共性规律予以治疗。临床中，无论中医、西医均强调辨识疾病的重要性，但是二者对疾病的认识角度存在较大的差异。中医对疾病的认识和命名多是根据临床观察所得，如黄疸、水肿等根据临床症状和体征命名，而中风、消渴等则根据病因病机命名，命名方式存在一定的多样性和模糊性的弊端，从而对疾病的客观认知常过于浅显。相比之下，西医对疾病的诊断主要依靠现代技术，通过理化检查、病理检测、症状病史等综合分析，对于疾病病理认识更为深入细致。如中医“水肿”一病，或称“水气病”，乃以头面、眼睑、四肢，乃至全身浮肿为临床特点，表现虽大致相近，在西医中实际涵盖了心源性水肿、肾源性水肿、内分泌失调、营养不良等多种疾病，其根本病因病机大相径庭，治疗方法、手段也不尽相同。即使同为肾源性水肿，究其病理亦有膜性肾病、IgA肾病等不同类型，西医治疗可有激素、免疫抑制剂等不同治疗方案，中医遣方用药时也必然有所针对，差异用药。因此，通过辨西医之病有助于从病理生理、转归预后等诸多方面把握疾病的根本矛盾，从而使中医治疗更加精准有效。
但是，即使以中西医结合的方式进行辨病论治，也只是针对疾病共性的认识，处以大致的治疗原则和方药，面对不同的病患个体时，疾病的临床表现可能纷繁复杂，往往不够典型，导致误辨误治；或者对于诊断明确的疾病，仅仅通过辨病论治给予专方专药治疗，而不考虑患者体质差异、节气影响及患者当下病机特点，治疗则往往失于精准，疗效各异。
辨病论治和辨机论治是中医辨治思维的两个重要模式。辨病在于从疾病的特点去发现共性规律，是对复杂疾病鉴别的重要手段。辨病论治在明确疾病诊断的同时，也在鉴别其他类似疾病，是疾病精准化治疗的基础。此外辨病过程亦是对疾病基本病理改变的分析过程，例如黄疸病，《金匮要略》从其脉证特点，总结其基本病机为“脾色必黄，瘀热以行”“黄家所得，从湿得之”，对黄疸病“脾虚、湿、瘀、热”的基本病机有了一定认识。辨机论治则包含了辨病论治，是在疾病共性病机基础上，又结合患者体质、当前证候等多重特点提炼的核心病机，进一步予以治疗。因此，辨病是辨机的前提和基础，辨机是辨病的凝练和聚焦，二者相辅相成。