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辨证论治的思想起源于《伤寒论》，书中整体以“辨某病脉证并治”为标题，讨论诸多病证。此后医家在此基础上传承发扬，提出诸如“见症施治”“脉因证治”等不同说法，直到明代周之干在《慎斋遗书》中提到“辨证施治”，清代章虚谷在《医门棒喝》中提出“辨证论治”一词。然此时的辨证论治仍停留于一个模糊的概念层面，并未形成如今的理论体系、诊治体系，尚未成为中医学的最大特色与优势。张效霞先生曾在《辨证论治的由来》一文中指出，“辨证论治”这一中医专用术语主要是在新中国成立之后才形成的。如1921年出版的《中国医学大词典》里，还不曾有“辨证论治”的条目。干祖望、王玉川等老先生也都曾撰文表示，“我们这批老中医，在新中国成立之前，根本不知道什么是辨证论治、辨证施治”，可以说是在新中国成立后，“辨证论治”才开始被中医界普遍接受 ［3-4］ 。
1955年，任应秋先生先后在《中医杂志》上发表了两篇文章，正式提出“辨证论治”这一概念，他指出，“祖国医学几千年来在临床治疗上能够解决问题，主要就是由于‘辨证论治’治疗体系的建立”，“辨证论治，是中医临床上不可缺少的基本知识” ［5-6］ 。随之，秦伯未先生也认定了“辨证论治”在中医临床中的价值，指出“‘辨证论治’是中医普遍应用的一个诊疗规律，从认识证候到给予适当治疗，包含着完整的极其丰富的知识和经验” ［6］ 。首届国医大师邓铁涛教授回忆道，时任卫生部副部长的郭子化提出应把辨证施治之精神写入中医教材之中。后来，《中医学基础》第四版将“辨证论治”作为中医诊疗的特色之一编入教材，赋予了其全新的含义，使其成为中医学的基本诊疗模式与最大优势。
有关辨证论治的意义，秦伯未教授在1957年首先解释道，“辨是鉴别、分辨，证是证据、现象，论是讨论、考虑，治是治法、治疗方针”。证和治是客观的；辨和论是灵活的，是要通过分析和思考来实现的 ［7］ 。在现代中医诊断学中，“证”是指在疾病发展过程中某一阶段，机体病理的概括，包含病因、病位、病性及邪正关系，反映了疾病发生发展过程中某一阶段病理变化的本质。但在临床实际情况中，辨证结论不能代表疾病全貌，只是临床思维模式之一。现代有越来越多医家认为辨证论治存在一定的局限性，其内涵常常被教条化、简单化，存在背离个体化治疗、失去传统中医的神韵等问题 ［8］ ，临床中应卸下“辨证论治”的负担 ［9］ 。
辨证论治的局限性主要表现在以下几方面：在诊断的环节容易被其他病证所干扰，在治疗的每个环节容易出现不确定性；常常出现治疗方法比较宽泛，与疾病本身联系不紧密的情况；方剂及药物的选择主要针对症状，而非疾病本身。辨证论治在中医的临床研究中也存在一些问题，比如在对于糖尿病人群进行中医证候研究时，纳入的人群可能会合并高血压、高尿酸血症、高脂血症等多种疾病，这就在临床研究的结论中造成了混杂因素，得出的结论可能含有这些疾病所产生的症状、证候。此外，辨证论治的思维模式对于目前的中医教育也产生了很大的影响。中医内、外、妇、儿等各科教材的编写多偏重于内科的辨证论治思维，弱化了各科的特色，导致中医教育陷入了辨证论治的框框。
辨证论治之所以存在诸多不足，究其根本在于偏重疾病客观表象，而忽视其核心本质。自古以来，中医治病都是针对病机开展的。《素问·至真要大论》记载：“知其要者，一言而终；不知其要，流散无穷。”中医传统辨治七大思维，包括病、证、症、理、法、方、药，以理（病机）贯穿其中。如佛家经典《楞严经》所言：“如人以手指月示人，彼人因指当应看月。若复观指，以为月体，此人岂唯亡失月轮，亦亡其指。何以故？以所标指为明月故。”证候与病机的关系，亦如“以手指月”，证是表象，机是本质。如此临证时容易聚焦在证候的辨识上，常常忽略对病机的思考，导致治法方药不够精准。
因此，辨证论治的思维模式在临床中虽有不容忽视的作用，但切不可局限于辨证论治，认为其是至高无上的唯一的模式。要知道中医学的发展，从古以来就建立在各学科的百花齐放之上，这样才能使诊断治疗更加精准，效如桴鼓，立起沉疴。
辨证论治和辨机论治是中医临床思维的两种方式，二者相互补充，互相促进。辨证论治广义上包含了辨机论治，而本书所提出的辨机论治也涵盖了辨证论治的思想——对证病机，二者之间既有共性，亦有差异。二者本质的差异在于认识问题的方法不一样，立足点不一样。辨证论治强调的是“证候”，辨机论治强调的是“病机”，是中医诊疗“病、证、症、理、法、方、药”七个要素中的“理”。而我们研究证候的目的也是要上升到对病机的认识，但证候却不是认识病机的唯一手段。随着西医学的发展，很多疾病是依靠西医学技术手段（B超、X线、抽血化验等）明确的，常常没有明显临床症状，存在很多无证可辨的情况，辨机理论弥补了这一不足，且临床中更容易掌握和操作 ［1］ 。
总之，病机是证候的决定因素，证候是内在病机的外部客观征象，辨证论治是辨机论治的基石，辨机论治是辨证论治的精髓，构建辨机论治诊疗模式是提高临床疗效的有效手段。