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先秦两汉时期，出现了以病机为核心的诊疗体系。病机一词最早出现在《黄帝内经》，其中“谨候气宜，无失病机”“审察病机，无失气宜”，都强调了以病机为核心的疾病诊治思想。《素问·至真要大论》提出“病机十九条”，是中医诊断和治疗疾病的基本准则，为后世病机的发展奠定了基础。《素问·阴阳应象大论》提出“治病必求于本”，所谓“本”指的是疾病的根本病因或病机，应围绕根本病因病机进行治疗。《神农本草经》言“欲疗病，先察其原，先候病机”，亦指出审查病因病机是治疗疾病的前提与根本 ［1］ 。
东汉末年，以张仲景的《伤寒杂病论》为辨“病机”论治的典范。无论是伤寒六经，还是脏腑病变均以“脉证”为基础，以全局的、联系的、恒动的视角分析病机。如文中示：“血弱气尽，腠理开，邪气因入，与正气相搏，结于胁下，正邪分争，往来寒热，休作有时，嘿嘿不欲饮食……小柴胡汤主之。服柴胡汤已，渴者属阳明，以法治之。”仲景先师以病机为核心，从整体的、动态的角度将由外感病邪引发少阳病的病因、病位、病性、病势逐一进行剖析，指导小柴胡汤临证运用。
隋唐时期，病机理论有了进一步的发展，当以巢元方所著的《诸病源候论》为记载病因、病机、证候学的最早专著。该书分别对内、外、妇、儿、五官等各科疾病的病因、病理和证候展开论述。其中书中《漆疮候》一篇所言“人有禀性畏漆，但见漆，便中其毒……亦有性自耐者，终日烧煮（漆），竟不为害也”，指出体质与疾病发生的关系，临证把握体质病机特点，有助于判断发病人群特点与预防患病；同时，巢氏对“乖戾之气”“蛊毒”等具有传染性疾病的传染途径、方式、致病机理、证候表现进行了系统的描述，奠定了传染性疾病的病因病机和证候学基础。
进展至金元时期，中医病机理论呈现多元化的发展态势。如在深入研究《黄帝内经》病机学说的基础上，刘完素著《素问病机气宜保命集》，提出“察病机之要理，施品味之性用，然后明病之本焉，故治病不求其本，无以去深藏之大患”，认为明晰病机是“治病求本”的首要之义，将《黄帝内经素问》病机十九条中概括的症状由36种补充为91种，并在对每种症状分析中详细论述了不同病机的性质、转归和变化规律，总结了“五志过极皆为热病”和“六气皆从火化”的病机特色理论，拓展了中医病机学说。同时，李东垣的“脾胃内伤”，朱丹溪的“相火论”等病机理论的提出，使内伤杂病的辨治更为完善，不断丰富了病机理论的内涵。
明清时期，病机理论渐趋成熟，并被广泛用于指导各科疾病的诊疗。许多综合性医学著作，对各类疾病的病机形成了系统性的论述。如清代医家赵永纂订的《病机纂要》，其中摘录《嵩厓尊生书》卷五《病机部·病机赋》描述内科杂病病机九十余条。明代医家皇甫中撰注《明医指掌·病机赋》言“病机玄蕴，脉理幽深，虽圣经之备载，匪师授而罔明”，篇中结合历代医家认识，举若干杂病分析脉证机理；并言“缘杂病绪繁无据，机要难明；非伤寒经络有凭，形证可识。临证若能三思，用药终无一失，略举众疾之端，俾为后学之式”，明确指出在内科杂病诊治过程中辨识病机对于内科杂病诊治的重要性。此外，明清温病学说的发展，涌现出了吴鞠通“三焦辨证”，论证温热病三焦的传变机理；叶天士的“卫气营血”，阐释了温热病卫、气、营、血的病机传变规律；吴又可突破前人“六气致病”之说，创立“戾气”学说，提出“戾气”和正气不足是瘟疫病发病核心病机；薛生白的“湿热论”，诠释了湿热为病的病机变化。由此，外感病病机理论亦日趋完善。
20世纪60年代，任应秋老先生将“病机十九条”中所包含的眩晕、项强、口噤等三十种病证，分别列于形体诸病十七证、脏气诸病六证、二阴诸病四种和神志诸病三种。每一证皆以“十九条”为基础，分析其虚、实、盛、衰之所在及各具体治法，把“病机十九条”纯理论的论述与临床实际相结合。伤寒大家刘渡舟教授提倡“《伤寒论》既有辨证论治的学问，也有辨证知机的奥妙，两个层次则有高下之分、精粗之别” ［2］ ，并将《伤寒论》每一方证结合临床归纳其病机特点，指导临证运用。由此可见，辨机论治有着深厚的历史源流，中医病机学说的不断发展完善是历代医家对疾病不断深入认识的过程，辨机论治是历代医家在临证实践中经验思想的结晶。