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同病异治是中医临床重要的治疗原则，指的是同一疾病或病证，由于病因、病机、个体体质、发病季节气候的差异，或所处的疾病阶段不同，采用不同治疗方法的临证原则。同病异治在《黄帝内经》中已有论述，《素问·病能论》中云“有病颈痈者，或石治之，或针灸治之，而皆已，其真安在？岐伯曰：此同名异等者也”，即所谓同病异治也 ［15］ 。《简明中医辞典》释为：“同一病证，可因人、因时、因地的不同，或由于病情的发展、病型的各异、病机的变化，以及用药过程中正邪消长等差异，治疗上应根据不同的情况，采取不同的治法 ［16］ 。”仲景等医家在其治疗经验的记录当中，均有体现同病异治这一观念。如《金匮要略·水气病脉证并治》“诸有水者，腰以下肿当利小便；腰以上肿当发汗乃愈”，表明同为水气病，腰以下肿，则其病位在下，需使用利小便之法，使在内之水从小便排出，而腰以上肿，则其病位在上，非下法可解，当发汗而令在表在上之水随汗液而出。再如《金匮要略·痰饮咳嗽病脉证并治》：“夫短气有微饮，当从小便去之，苓桂术甘汤主之，肾气丸亦主之。”痰饮病者，若其心下逆满、纳少、眩晕者，为脾阳虚之证，当用苓桂术甘汤温脾阳以化水饮；若兼腰膝酸软、畏寒肢冷等，则属肾阳虚证，当以肾气丸温肾阳以化水饮。
再以张景岳治疗感冒为例，针对脏腑气血之不同，或平散，或寒散，或温散，或从肝血，或从气虚，或从中气不足，内在病机差异，决定组方遣药之变化，有正柴胡饮、一柴胡饮、二柴胡饮、三柴胡饮、四柴胡饮、五柴胡饮之别。其中，正柴胡饮以柴胡为君，防风为臣，解表邪而散风寒，佐以陈皮疏调气机、芍药调和营卫、生姜助行药力、甘草调和诸药，主治气血平和之人的外感风寒轻证；一柴胡饮治以寒散，于方中加入生地黄、黄芩，主治以阴虚外感，内兼火邪为病机的感冒；二柴胡饮治以温散为主，加入半夏、细辛、厚朴散寒除湿，治疗四时外感，“寒邪外盛而内无热证”者；三柴胡饮则主治阴分不足，或肝经血少而偶感风寒者，如病后、产后感冒，以正柴胡饮加当归或熟地黄，养血散寒并重；四柴胡饮主治元气不足而感风寒者，故加入人参，治以益气散邪；五柴胡饮则治疗中气不足，气血亏虚而感受风寒者，以当归、熟地黄、白术培补气血并逐风寒。
为什么会出现同病异治这一现象呢？或有说临床表现不同，或有说中医证候不同，究其根本，乃是由于其根本病机的不同。《简明中医辞典》指出，“病机指病因、病位、证候、脏腑气血虚实的变化及其机理”，病机综合了病邪、病位、病性、病势、正邪对比等病理要素，同时又以正邪斗争为轴，反映了疾病发生、发展、传变及预后转归整个病程的病变规律。例如，慢性肾脏病常见水肿、少尿的临床表现，从六经传变切入，可见太阳病之麻黄连翘赤小豆汤证、阳明病之猪苓汤证、少阳病之小柴胡汤证、太阴病之理中汤证、少阴病之麻黄附子细辛汤证，以及厥阴病之大黄附子汤证等多种不同证候表现，随证治之常能获得较好的临床疗效。再如2型糖尿病患者，自身体质偏于脾肾素虚者容易发生浮肿、蛋白尿，素体肝火旺盛者多伴发糖尿病眼底病变，而血瘀、阳虚之人多伴发糖尿病血管病变及周围神经病变，充分体现了疾病病机中体质病机对于疾病演变的影响。
再者，同一疾病在发展过程中，亦会衍生出不同的衍生病机，体现出不同的预后转归。如慢性肾小球肾炎的病程中，湿热与瘀血病机的出现对其发展转归形成重要影响。湿热证在慢性肾小球肾炎中广泛存在，湿热之邪缠绵难去，常常是疾病反复发作或迁延不愈的主要原因；而瘀血作为一种有形病理产物，区别于“气化”这一功能异常，代表着“形质”发生改变，同样是慢性肾小球肾炎病情进展的重要因素。故在辨机与辨证相结合的治法之下，选用同病异治的方法往往可产生更有针对性的治疗方案，且这种治法也得到西医学的认可。如在慢性肾小球肾炎以湿热病机为主导的患者中，使用清热利湿药物，被证实具有改善机体免疫功能的作用，从而改善肾病的进展。而对偏于瘀热病机的慢性肾小球肾炎患者而言，活血化瘀的中药，同时也具有扩张肾脏动脉、提高肾脏血流灌注、改善局部微循环、促进组织修复与再生、延缓肾脏损伤的作用。
此外，同病异治的产生，与对疾病认知的局限性有关。传统中医的疾病命名，很大一部分是以突出的临床症状作为疾病名称，如“腰痛”“水肿”“头晕”等。随着西医学对疾病认识的不断加深，一个完整的疾病概念涉及了病因、病理变化、临床表现、诊断依据、疾病分期等，我们发现很多中医的病名实际上包括了西医学中的多种疾病。如水肿病，可由于慢性肾脏病、心功能不全、肝硬化晚期、营养不良等多种病因造成，这些不同疾病的治疗方法、预后转归皆有明显不同，这就需要探求其发生、发展与变化背后的机理与本质，即是病机所在。
在临床中，多数疾病特别是慢性病的病机复杂。不同医生从不同角度、基于不同辨证体系可能得出不同病机，但治疗效果却不尽如人意。因此，我们需要厘清不同病机之间的主次关系，上溯其源，中究其情，下察其变，以实现最佳的临床疗效 ［17］ 。