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在周之前，方剂就已经出现 ［12］ ，《礼记》言“君有疾饮药，臣先偿之，亲有疾饮药，子先偿之”，提示当时出现治疗的药物是以汤剂形式呈现的。虽然对于药物的药性、毒性理解尚不深入，但已经提示方剂这种治疗方式的出现。发展至《黄帝内经》年代，已记载配伍相对简单的13个方（一说12方），其中以方剂组成的不同进行分类，称为七方，即大方、小方、急方、缓方、奇方、偶方、复方。《素问·至真要大论》云：“君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也。故曰：近者奇之，远者偶之，汗者不以奇，下者不以偶。补上治上制以缓，补下治下制以急，急则气味厚，缓则气味薄，适其至所。”《本草纲目·序例》引刘完素曰，“方有七：大、小、缓、急、奇、偶、复。制方之体用，本于药物之气味，寒、热、温、凉”，七方为随病者病位之所在、病证之性质，择药物之气味，组成而来。其中大方为药味多、药量大或疗重病的方剂，小方为药味少、药量小或治疗病势较轻的方剂，急方与缓方则分别针对病势之急缓形成，奇方与偶方指药味合在一起的数量为单数或双数的方剂，复方多指数方相合加味而成 ［13］ ，体现了初期的方剂配伍。
至仲景“撰用《素问》《九卷》《八十一难》……为《伤寒杂病论》”，其在《黄帝内经》基础上，已经发展出314个方剂（去掉重复后，未纳入附方），已经体现出非常严谨的立法用药，变换一味药物或者药量即变成另一方，包含太阳中风之调和营卫，太阳表实之发汗解表，少阳之和解，阳明之攻下，少阴之温阳急救、育阴清热，厥阴之寒热并举等在内的多种治法立方，可体现出此阶段为方剂发展的成熟时期。
至《肘后备急方》的出现，已经将《黄帝内经》《伤寒杂病论》等历代文卷中囊括的方剂收集起来，并有所发展。因《伤寒论》成书年代病邪以寒邪居多，伤人阳气，故在《伤寒论》中主要以辛温、温热之法来固护阳气。《肘后备急方》的记录中则已经出现清热药物与辛温药物的搭配，体现方剂配伍内容的丰富与发展，并且已经出现较为完备的方剂学记录。至金元四大家阶段，方剂以其治法的寒热、主治侧重不同，方剂的用药组成又进一步丰富。至《普济方》阶段已有6万余首方剂记录。
在《黄帝内经》时期，方药多以单味药或若干药物组成小方以治疗疾病，例如治疗狂证的生铁落饮、治疗失眠的半夏秫米汤等，均是药简力专的单方、小方。至《伤寒杂病论》，张仲景临证立法组方，立足病变核心，兼顾圆机活法。《金匮玉函经二注》言：“凡仲景方，多一味，减一药，与分两之更重轻，则异其名，异其治，有如转丸者。”一方面，当主证发生变化，形成新的病机，通过药味的组合加减，形成新的方剂。例如，四逆汤、甘草干姜汤、干姜附子汤，仅三味药针对不同病机组成了不同的药方。四逆汤治疗四肢厥逆，恶寒蜷卧，神衰欲寐，脉微细的少阴寒证，旨在回阳救逆；若出现昼日烦躁不得眠，夜而安静，脉沉微的阳脱之证，去甘缓之炙甘草形成干姜附子汤，以救阳固脱；若去掉附子，则为甘草干姜汤，《寒温条辨》言“此即四逆汤去附也。辛甘合用，专复胸中之阳气”，主要治疗肺痿吐涎沫的脾肺阴寒之证。另一方面，中药药味的剂量变化亦是立法组方的重要因素，针对病机的变化，调整药物剂量，则君药发生改变，形成新的处方。如大黄、枳实、厚朴三味药可因病机不同，药物剂量不同，组成三方。小承气汤以大黄五钱、厚朴一两、枳实三钱组成，主治热结阳明、腑气不通的病证；厚朴三物汤则以厚朴八两为主药，配伍大黄四两、枳实五枚，治疗因腹满寒疝宿食引起的腹痛便秘诸证；厚朴大黄汤则以厚朴一尺、大黄六两为主药，配枳实四枚以荡涤饮邪，治疗支饮胸满等病证。
而后，随着历代医家用药经验的积累，在机体脏腑虚实寒热辨治思想指导下，方剂组成更强调君臣佐使之配伍应用，即将主方用药中的药物针对其用途品类分为君药、臣药、佐药及使药，一方当中虽非一定四者俱全，确须体现方剂内的用药层次。其中君药为针对主病或主证之用药，药力为方中之首，是瞄准核心病机所在用药；臣药为助君之药，在一定程度上增强君药之药性，又可针对兼病或兼证来治疗；佐药，乃佐助之品，其作用既可配合君臣之品的用途（可与君、臣同一治疗目标，或可减弱君臣之毒性，亦可配伍与君药相反之品以防用药格拒），又可以针对夹杂的其他疾病表现进行用药，体现潜在的用药之意；至于使药，可为方中引经之品，令药至病所，亦可为调和药味药性之品。
在不断细化治法、精准用药的发展趋势之下，对药、角药等精准药物配伍的形式逐渐出现于临床。对药，系用相互依赖、相互制约，以增强疗效的两味药物进行组方配伍，如藿香配佩兰芳香化湿、香附配乌药疏肝理气、酸枣仁配首乌藤养心安神等。角药则由互相依赖以发挥最大功用的三味药组成，如陈皮、木香、砂仁，三足鼎立，合为和胃醒脾顺气之功。这些药物配伍的出现，体现出在方剂演变过程中不断提升、深化的治疗精准度。
《素问·至真要大论》有云：“审察病机，无失气宜，此之谓也。”谨守病机是治病的关键。药学专著《神农本草经》中亦强调“欲疗病，先察其原，先候病机”，可见辨明病机是临证立法处方用药的根本。张仲景以六经辨证、脏腑辨证立法，由六经、脏腑之主证、兼证、变证和夹杂证综合分析，明辨临证病机所在，通过对药味和剂量的权衡变换，进而遣药组方，如前所述。清代余景和在《余注伤寒论翼·卷四》言，“昔岐伯创七方以制病，仲景更穷其病之变幻，而尽其精微”，言明经方以七方为基础，依“证”之层次发展而来，且其中“证”之精微之处，即病机之所在 ［14］ 。随着后世医家对疾病认知的不断深入，对疾病病机的把握更为聚焦，不仅形成不同功效特色的各类方剂，也凸显了专属病机的用药处方特点。
如金元四大家中，刘完素重视“火”，李东垣重视“脾胃”，朱丹溪“相火”之论及张子和的攻下之言均体现了其对于疾病基础病机的认识。东垣学说尤重脾胃内伤病变，《脾胃论》曰，“盖胃为水谷之海，饮食入胃，而精气先输脾归肺，上行春夏之令，以滋养周身，乃清气为天者也；升已而下输膀胱，行秋冬之令，为传化糟粕，转味而出，乃浊阴为地者也”，指出气机升降失司对脾胃内伤的影响，特别是升发和生长的功能，只有脾气升发，阴火才能潜藏，故阳气不升，阴火内生是脾胃内伤的共同病机，治疗时应针对此病机补中气、升清阳、降阴火，创立升阳益胃汤、升阳散火汤等升阳系列十七方。如升阳散火汤所治阳郁阴火在于经络，方中以柴胡、升麻、葛根、防风等大量风药升发脾胃之气，以人参、炙甘草健脾益气为辅，兼以芍药、生甘草酸甘收敛，升中有补，散中有收；升阳益胃汤则重在治疗脾胃脏腑阴火内生，以益气升阳、清热除湿立法，药用人参、黄芪、白术、茯苓补中化湿，陈皮、半夏、黄连燥湿，柴胡、防风、羌活、独活升阳散火，辅以酸甘之品，虚实兼顾、散不伤正；升阳除湿汤，取“风能胜湿”之意，重用防风、升麻、柴胡、羌活等风药，兼以苍术、半夏、麦芽等化湿、健脾同行，专治脾阳不升、湿盛濡泻。
因此，病机-治法-方剂是中医辨治思路体现，分析某一时期内的方剂组成，可体现彼时对疾病病机认知状态。故在辨机论治思想指导之下，综合病-证-症前提下，审机论治，方机对应，以确立更为确切有效之用方。