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中国古代对疫病的记载和研究成为中国历史文献的重要内容之一。据邓拓先生在《中国救荒史》一书中统计，我国在两周时期，仅有1次疫病流行的记载，秦汉时期13次，三国两晋时期17次，南北朝时期17次，隋唐五代时期17次，两宋金元时期32次，明朝64次，清朝74次，民国时期6次。以上仅为见于正史的记载，局部性的疫情多不见史载。瘟疫可以说是与人类的历史并存的社会现象，不受种族、地域、国家、时代的限制，每次瘟疫流行都会给人类带来深重灾难和巨大损失。
关于疫病的防治，《黄帝内经》中已明确提出：“不治已病，治未病。”应重视未病先防，提出了许多预防瘟疫的有效措施，如避瘟、净秽、普济等。
避瘟可分有疫时避瘟和日常避瘟两种。
1.疫时避瘟 在《睡虎地秦墓竹简·法律答问》中记载，秦代已设有疠人坊，专收麻风病人，进行隔离。《汉书·平帝纪》记载汉代有“民疾疫者，舍空邸第，为置医药”的隔离疫疠措施。南北朝范晔的《后汉书》记载：汉桓帝延熹五年（162年），陇右军中大疫，死者十三四，当时就设有“庵卢”（野外传染病院），对疫病患者实行隔离。《晋书·王彪之传》云：“永和末（356年）多疾疫。旧制，朝臣家有时疫染易三人以上者，身虽无疾，百日不得入宫。”说明晋代对传染性疾病的隔离要求更加严厉，只要接触患者，均需采取隔离措施。明代萧大享《夷俗记》说：“凡患痘疮，无论父母兄弟妻子，俱一切避匿不相见。”清代熊立品在《治疫全书》中提出瘟疫流行时节的“四不要”原则：“瘟疫盛行，递相传染之际……毋近病人床榻，染其秽污；毋凭死者尸棺，触其臭恶；毋食病家时菜；毋拾死人衣物。”通过隔离病人，可以防止传染病的扩散。由此可见，历代都有对烈性传染病采取隔离措施，首选隔离的方法要比服药更为有效。
2.日常避瘟 首先要正气强盛，《黄帝内经》云：“正气存内，邪不可干，避其毒气。”古人重视内求，认为正为本，邪为标。预防瘟疫，防病于未然的关键即正气充足。其次是讲究卫生，从秦朝就非常注意环境的卫生，甚至有刑罚规定“弃灰于道者”要被处以罚款或鞭刑。
汉·张仲景《金匮要略》中说：“六畜自死，皆疫死，不可食之。”强调了食材要新鲜、干净。
唐·孙思邈在《备急千金要方》中指出：“常习不唾地。”提倡人们不随地吐痰。宋·庄绰在《鸡肋篇》中说：“纵细民在道路，亦必饮煎水。”明·李时珍在《本草纲目》中说：“凡井水有远从地脉来者为上，有从近处江湖渗来者次之，其城市近沟渠污水杂入者成碱，用须煎滚，停一时，候碱澄乃用之。”强调了用水要卫生，应当沸腾之后再饮用。清·尤乘在《寿世青编》中说：“人卧室宇，当令洁净……即一身亦尔，当常令沐浴洁净。”提到个人要经常洗澡。最后注重驱害虫、驱蚊防蝇。后汉已使用蚊帐，南宋已使用防蝇食罩。宋代还用艾蒿等药物驱赶蚊虫以预防瘟疫。如北宋刘延世《孙公谈圃》说：“泰州西溪多蚊，使者行按左右，以艾熏之。”这也是非常有效的防疫手段。到了清代，防蚊方法已很成熟，如《松峰说疫》逐蝇祛疫法：忆昔年，入夏瘟疫大行，有红头青蝇千百为群，凡入人家，必有患瘟疫而亡者。后传一法，用铁盆不拘大小，纳白矾四两，用滚水倾入盆内，令满，将矾化开，次以口含火酒，连喷三口于盆内，又取桃核一枚，割两头，令通去仁，用纸包枪药少许，塞桃核空壳内，用红线绳一根，穿入核内，将红线为弦，取桃枝缚作一弓，安于铁盆中。凡水内，弓背在下，弓弦向上。再用桃木作箭三枝，插于盆外，青蝇自当远避，举家即免瘟病。其盆随便安于宅之僻处，经岁莫动，相传极效。
在古代，古人日常更有熏衣的习惯，东晋·葛洪《肘后备急方》中有六味熏衣香方；唐·孙思邈的《千金翼方》《千金月令》中都记载了熏衣、香体的香方。熏过的衣服具有防虫、净身清净空气的效用。另外，古人很重视艾灸防疫，如孙思邈提出：“凡人吴蜀地游宦，体上常须两三处灸之，勿令疮暂瘥，则瘴疠、温疟毒气不能著人也。”这是用灸法来预防瘟疫感染。在疾病暴发的区域，会使用醋或者石灰进行处理，说明中医在古代就已经有消毒的意识了。在敦煌石窟中保存着一幅《殷人熏火防疫图》，描述了殷商时代以火燎、烟熏方法来杀虫、防疫的情景。据秦代出土的竹简记载，凡来秦国的宾客，入城时，其乘车和马具要经过火燎烟熏以消毒防疫。明·李时珍《本草纲目·服器部》记载：天行疫瘟，取初病患衣服，于甑上蒸过，则一家不染。清·罗世瑶在《行军方便便方》言：“将初病疫气人贴肉布衫，于蒸笼内蒸一炷香，久则全军不染。”
普济是指内服药物抗外邪，中医预防瘟疫久经考验的方药很多，采用多种方法来调理阴阳，虚者补之，实者泻之，寒者温之，热者清之，郁者散之，以平为期。具体可参考《历代疫病中医防治试效方》一书。
综上所述，古代疫病防治虽不成体系，但历朝历代避瘟、净秽、普济方法众多，在当时有着不可或缺的作用，部分方法在今日仍然有效，参考意义重大。