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根据古人及现代医学总结，疫病大致形成了时气、伤寒、温病、霍乱、疟病五类体系。
1.时气 宋代官修方书《太平圣惠方》曰：“夫时气病者，是春时应暖而反寒，夏时应热而反冷，秋时应凉而反热，冬时应寒而反温，非其时而有其气。是以一岁之中，病无少长皆相似者，此则时行之气也。”吴又可在《温疫论》中提出：“时疫之邪，自口鼻而入。”其认识到时气是实际存在的致病物质，这接近现代传染病学关于病原体入侵门户的论述。
2.霍乱 霍乱是十分古老的疾病，早在前5世纪梵语中已见到关于霍乱的描述，是一种烈性传染性疾病，历史上曾有过7次世界性大流行，造成数以百万计人群死亡。《伤寒论注释》：“问曰：病有霍乱者何？答曰：呕吐而利，名曰霍乱。三焦者水谷之道路，邪在上焦则吐而不利，邪在下焦则利而不吐，邪在中焦则既吐且利。以饮食不节、寒热不调，清浊相干、阴阳乖隔，遂成霍乱。轻者止曰吐利，重者挥霍扰乱，名曰霍乱。”刘完素《素问病机气宜保命集·卷上》曰：“故仲景曰，呕吐而利，名为霍乱。故有干霍乱，有湿霍乱。得其吐利，邪气得出，名湿霍乱也，十存八九。若不得吐利，挥霍扰乱，邪无出，名曰干霍乱，十无一生者。”
3.疟病 疟病在古代文献中早有记载，《素问·疟论》曰：“疟之始发也，先起于毫毛，伸欠乃作，寒栗鼓颔，腰脊俱痛，寒去则内外皆热。头痛如破，渴欲冷饮。”《古今医案》曰：“夫疟有一日一发，有二日一发，有三日一发……或先寒后热，或先热后寒，或单寒不热，或单热不寒，或寒少热多，或热多寒少。”现代疟疾与疟病不尽相同，是因感受疟邪，邪正交争引起的以寒甚热微，或但寒不热，呕吐腹泻，神昏谵语，苔白腻，脉弦为主要特征的传染病。现代医学中疟疾是联合国千年发展目标中重点防治的三大传染病之一，对全球经济及群众健康影响甚大。屠呦呦从葛洪《肘后备急方》“青蒿一握，以水二升渍，绞取汁，尽服之”中得到启发，用乙醚低温萃取，提取出青蒿素用以治疗疟疾。
4.伤寒 张仲景所著《伤寒杂病论》原序中述：“余宗族素多，向余二百，建安纪年以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七。”但当时对疫病的认识不充分，所以将疫病归类为伤寒。随着研究进展，大多医家认为伤寒是春夏之际，阳气由里而外达，若人体在此期间感受寒邪，阳气生发之势暴折，即发伤寒，由阴寒内盛、风寒外束引发，以发热恶寒、头身疼痛等为主症。
5.温病 明代著名温病医家吴又可著有我国医学史上第一部温疫学专著《温疫论》，提出疠气说，创立了新的病因理论。他在《温疫论》的自序里，开首即言：“夫温疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感。”在病因学上，《素问·六元正纪大论》指出：“初之气，地气迁，气乃大温，草乃早荣，民乃厉，温病乃作。”认为温疫的产生与自然界气候的反常变化直接相关。温疫传播的病源是“毒气”“尸鬼”，为外界一种传染性极其强烈的病邪，其感染途径是从“天牝”而来。“牝”指鼻，因呼吸天气，故谓“天牝”。在先秦时期就已知温疫之邪的感染途径是从口鼻而入，确属难能可贵。