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中国是文明发展较早的国家之一，我们的祖先很早就有与疾病斗争的经验，从出土文物和古代文献看，早在新石器晚期，我们的先民就已经对各种疾病有了初步的认识，并开始探求其病因，总结其诊断和治疗的方法。
瘟疫相关疾病名称最早记录于商代。殷墟出土的甲骨文即有“疥、疟、痈、风”等传染病名称，并有许多关于疾病症状的记载和治疗疾病的卜辞。
“疫”从周代开始被正式作为疫病之义。《诗经》《尚书》《周易》《周礼》《礼记》等文献记录了如疫、疡、疽、风、疥等传染性疾病的名称。《诗·小雅·节南山》云：“天方荐瘥，丧乱弘多。民言无嘉，惨莫惩嗟。”郑玄笺注为：“天气方今，又重以疫病，长幼相乱而死丧甚多也。天下之民皆以灾害相吊，无一嘉庆之言，曾无以恩德止之者，嗟乎奈何。”
春秋战国时，随着人们对疾病认识程度的提高，尤其是对流行性传染病所特具的时令性认识的深化，认为违背自然规律的行为会导致传染病的流行和暴发。
秦汉时，湿气疫、温疫或疫疠之名被广泛使用，并对其症状及规律进行了比较详细的描述，《素问·本病论》曰：“民病温疫早发，咽嗌乃干，四肢满，肢节皆痛。”在《素问·刺法论》中：“帝曰：余闻五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似。”提出了“五疫”的概念。其中病死率高，危害大的疾病被称为“厉”或“疠”。《韵会》曰：“疠，通作厉。”《素问·六元正纪大论》云：“厉大至，民善暴死。”并且在《素问·本病论》中将五疫又明确分为“木疫”“火疫”“水疫”“土疫”“金疫”。这也是瘟疫最早的分类方法。
汉代非常重视瘟疫发病与节气的关系。《礼记·月令》记载，孟春之月“行秋令则其民大疫”；季春“行夏令则民多疾疫”；仲夏行秋令则“民殃于疫”；孟秋行夏令则“民多疟疾”；仲冬行春令则“民多疥疠”。
汉朝设立了防治瘟疫的专门机构。如《周礼》一书反映主管人事的“天官”中有“医师掌医之政令”，其下设“疾医”一职，“掌养万民之疾病，四时皆有疠疾：春时有痟首疾，夏时有痒疥疾，秋时有疟寒疾，冬时有嗽上气疾”，说明当时对疾病发生的季节性已有所认识。而负责各种占卜、巫术的人员，则统一由掌管祭祀活动的“春官”管理，其祭祀与占卜的内容之一是“驱疫”。当时还不可能正确认识传染病，古人认为是由于疠鬼作祟，则在“夏官”所属的“方相氏”率领下，“蒙熊皮，黄金四目，玄衣朱裳，执戈扬盾，帅百隶而时难，以索室驱疫”，即披戴假面，入室驱除疫疠。
东汉许慎《说文解字》云：“疫，民皆疾也。”可见，我国人民很早就对疫病的传染及暴发有了一定的认识。东汉末年，频频发生大规模的瘟疫。张角利用疫病的流行，建立太平道，用“咒符水以疗病，令病者跪拜首过”。张仲景在《伤寒论·序》中说：“余宗族素多，向余二百，建安纪年以来，犹未十稔，其死亡者三分有二，伤寒十居其七。”从这段描述中可以看出伤寒其病实为瘟疫之一种，而广义的伤寒更是包罗中风、伤寒、湿温、热病、温病诸疾。
晋·葛洪即沿用此意，在《肘后备急方·治伤寒时气温病方》言：“伤寒、时气、温疫，三名同一种耳，而源本小异……贵胜雅言总名伤寒，世俗因号为时行。”
隋·巢元方在《诸病源候论》中指出温病是传染性和流行性更强烈的疫病：“此病皆因岁时不和，温凉失节，人感乖戾之气而生病。则病气转相染易，乃至灭门，延及外人。”此外还有时气、热病、疫疠等名称。
唐代之前“温”与“瘟”字不分，致使后世在相当长的时间内将温病统领瘟疫。唐代孙思邈所著《备急千金要方》与《千金翼方》收载“辟疫气”“辟温气”“辟瘟疫气”方剂40余首，其中犀角地黄汤为后世治疗疫病所常用。《外台秘要》为唐代王焘所著，书中记载了天行病、温病、疟病、霍乱的诊治方法，收载了防治疫病相关方剂数十首。从先秦至唐代这一时期并没有形成完善的疫病学体系，仍处于积累阶段。
两宋时期疫病多发，《宋史》云：民之灾患，大者有四，一曰疫，二曰旱，三曰水，四曰畜灾，岁必有其一，但或轻或重耳。此时期，医家对疫病的种类认识也开始多元化，对痘疹、瘴疟、痢疾、霍乱、麻风、虫证等传染病的防治也有非常多的记载。时至宋代，“卫生”的含义逐渐扩大，包括了个人养生防疾，或以医药疗法治病以保存生命等意。诸如不饮生水、不食生食、驱杀蚊虫等，这些习惯在两宋时期已经相当普遍，这就大大减低了个人染病的机会。
宋金元时期，香药被广泛应用，医家们认识到“香能散疫气”，由此我们可以看到宋人悬菖挂艾，佩带香囊已非仅仅避邪，其中已蕴含了不治已病治未病的防疫思想，如《圣济总录》记载了10首“辟瘟疫令不相传染”方剂，有涂者，有烧者，有服者，也有佩戴者。元代危亦林《世医得效方》以苏合香丸和雄黄防疫，同时还记载有预防天行疹痘的方剂，反映了人们在探索对天花的预防方法。《太平惠民和剂局方》中的紫雪丹、至宝丹等名方，一直影响到今天，成为治瘟疫邪毒的名方。
《伤寒总病论》为宋代庞安时所著，书中较详细地论述了时行寒疫、斑痘疮和天行温病等有关温病与疫病的内容。关于疫病的治法，刘河间在《伤寒标本心法类萃》中说：“凡伤寒，疫疠之病，何以别之，盖脉不浮者传染也，设若以热药解表，不惟不解，其病反甚而危殆矣。其治之法，自汗宜以苍术白虎汤，无汗宜滑石凉服散，散热而愈。其不解者，通其表里，微甚随证治之，而与伤寒之法皆无异也。双解散、益元散皆为神方。”《东垣试效方》的普济消毒饮沿用至今，仍然是治疗大头瘟与痄腮的代表方剂。
宋、金、元时期中医学对温病与疫病的认识已较唐代以前有了长足的发展，特别是刘完素大倡寒凉清热治疗热病的学术观点的推广，为温病学派的形成奠定了基础。但是，这一时期毕竟尚无疫病学与温病学专著出现，其理论体系也未能形成，因此，在疫病学与温病学发展史上称为成长阶段。
疫病的认识在明清时期得到快速发展，瘟疫取代温疫成为急性传染性疾病的规范名称。明·吴有性《温疫论补遗·正名》中曰：“发热而渴，不恶寒者为温病，后人省‘氵’加‘疒’为瘟，即温也，如病证之证，嗣后省‘言’加‘疒’为症……要之，古无瘟、痢、症三字，皆后人之自为变易耳，不可因易其文，以温瘟为两病……”由此可见，“瘟”在一段历史时期与“温”是混用的，温疫即指瘟疫。随后疫病广泛流行，为了与温病区分，渐而“瘟”与“疫”同，用“瘟疫”作总称，指代所有疫病。“邪之所着，有天受，有传染。”清楚地阐明了疫疠之气可通过口鼻和密切接触等途径，将疫邪传染给他人。
叶天士在《温热论》开卷即云：“温邪上受，首先犯肺，逆传心包。”此即指出温热邪气感受途径、首犯部位和逆传问题。认同邪从口鼻而入的观点，提出了“伤寒之邪留恋在表，然后化热入里，温病则热变最速”。“辨卫气营血虽与伤寒同，若论治法则与伤寒大异也”。
薛生白（《湿热条辨》）尤对湿热温病进行深入研究。专论湿热病证的病机与辨证提纲，他分析湿热病证“乃太阴、阳明同病”。提出“太阴内伤，湿饮停聚，客邪再至，内外相引”而致病。明确了湿热的病变中心在脾胃。
吴鞠通（《温病条辨》）认为邪犯部位为“鼻气通于肺，口气通于胃”。其邪传次序是“肺病逆传，则为心包。上焦病不治，则传中焦，脾与胃也。中焦病不治，则传下焦，肝与肾也。始上焦，终下焦”。
王孟英的《温热经纬》是集温病学大成之作，对许多概念进行辨析。首先，王孟英明确了暑邪的概念，指出“暑与热分为阴暑、阳暑，且暑必夹湿”存在问题。其次，王孟英还阐发了温病新感和伏邪的传变规律，指出新感是由表入里、由气及血、由卫到营的过程，而伏气温病是自里出表，从血分而达气分，两者相反。
清末民国以来，西学东渐，中医受到严峻挑战，几次面临危机，中医治疗传染性疾病颇受争议。从1917年鼠疫、1919年霍乱到1955年石家庄流行性乙型脑炎，大批中医如蒲辅周、孔柏华、杨浩如运用中医药治疗疫病取得满意疗效，虽然西医辨病为同种疾病，但未能被其迷惑，仍坚持中医思维指导治疗。在抗日战争中，中医被纳入战时防疫体系。当前新型传染病多发，中医亦有不俗的表现。