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芳香疗法萌芽于古埃及等文明古国。
公元前3000年，埃及古老依迪芙神殿中，莎草纸文献与石碑记载了埃及人以植物香料制成香膏、香粉、香油，应用在医疗、美容、制作木乃伊和宗教仪式中。公元前2000年，埃及埃伯斯莎草纸文稿记载了数百种芳香药用植物、配方及医疗相关文献。公元前400年，希腊医学之父希波克拉底在著作中列出三百多种药草处方，提倡芳香泡澡。
78年，希腊医师、药理学家迪奥科里斯研制出蒸馏雪松精油的模型。131～199年，罗马医师盖伦建立植物的药学理论和主要分类，并发明了冷霜。980～1037年，波斯阿维森纳《医典》中记录了超过800种的药用植物，并发明了水蒸气蒸馏法，从玫瑰花中蒸出了玫瑰油，堪称现代蒸馏法提取精油的先驱，使精油工业化生产成为可能；据记载在1500～1600年，能工业化生产170余种精油。
12世纪著名的神秘主义者和治疗师Hildegard写下了许多用芳香油涂在皮肤上治疗身体内部疾病的方法，如把紫罗兰的汁液与橄榄油和山羊的油脂混合在一起，用于治疗癌症：“在身体的各个部位都涂上药膏，也包括那些癌和病毒正在吞噬的地方。”
14世纪，黑死病大规模流行，人们在街上焚烧乳香和松树预防感染。医师则穿着特殊服装，并在面罩乌嘴处塞满鼠尾草、百里香、薰衣草等，保护自己不被感染。
15世纪，印刷术传入后，欧洲各国印制《药草志》，药商和药师会销售精油，大户人家则自备蒸馏房。1525年，英国《贝肯氏草药集》出版，记载了玫瑰浸泡油的制法与应用。现代形式的芳香疗法起源于20世纪20年代。1910年，法国工业化学家Rene.Mauriee Gattefoss（1881—1950）一次在自己家的香料实验室里不小心烫了手，在惊慌下立刻从身边瓶子里倒出薰衣草精油涂在手上，他的手很快就痊愈并且没有伤疤。他认为这是因为薰衣草精油的奇特效果，于是对香精油的医疗特性非常感兴趣，他把这一新领域命名为AROMATHERAPY（芳香疗法），并于1928年出版了他的发现成果。之后，芳香疗法开始盛行于欧洲及美国、澳大利亚，逐渐趋于成熟并得到社会的认同。法国军医瓦涅二次大战期间在越南使用精油为伤兵治疗严重的烧烫伤口，回国后便用精油进行医疗，1980年出版的《芳香疗法之临床医疗》成为法系香疗始祖。
1961年，法国摩利夫人出版《青春的本钱》，英文版为《摩利夫人的芳香疗法》，将芳香疗法应用在美容护理上，她觉得精油透过皮肤或吸闻方式进入人体最有疗效，并发展出一套按摩手法，沿用至今。
1996年，法国医师潘威尔和化学家法兰贡合著《精确的芳香疗法》，此书是他们俩自1970年以来的研究成果总结，深具学术价值。而在英国，医师巴赫创立以天然植物精华治疗身心问题的“花精疗法”。
1997年，英国按摩师和护理师滴莎兰德出版《芳香疗法的艺术》，是英语世界的第一本芳香疗法专书，成为英国香疗界的先驱。1998年，英国芳香治疗师资格作为国家认定的资格确定。在大学，芳香疗法已纳入正式教学课程。在号称芳香疗法最先进国家的法国和比利时，清淡的精油可内服和外用，其疗效被人们认可。在欧洲的主要国家，芳香医疗纳入医疗保险的适用范围，足见芳香疗法的地位和作用。
近十几年来，芳香疗法以惊人的速度发展和成长，无论是在欧洲还是在美国，越来越多的医院和诊所都开设了这种治疗。许多按摩诊所和SPA馆都提供芳香按摩治疗，而且在药房和健康食品店里许多商品的标签上，也都印上了“芳香疗法”的字样，芳香疗法逐渐走进了普通人的生活。