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由于日本首相小泉纯一郎在任期间每年都参拜靖国神社，使中日关系的发展受到了前所未有的挑战。在这种情况下，中国政府仍然本着从中日两国长远利益出发的精神，求大同，存小异，尽最大努力维护两国关系。
（1）胡锦涛两会小泉，坚持高层对话
2004年：强调正视历史
据新华网2004年11月23日报道，刚刚参加了亚太经合组织第12次领导人非正式会议的中国国家主席胡锦涛21日晚在圣地亚哥下榻饭店会见了日本首相小泉纯一郎。
胡锦涛表示，中日邦交正常化32年来，两国关系取得了长足发展。双方在各领域的合作成果显著。中日关系能有今天这样的水平，是两国几代领导人、两国政府及各界有识之士长期努力耕耘的结果。这一局面来之不易，值得我们倍加珍惜、精心维护。
胡锦涛说，进入新世纪以来，国际形势继续发生复杂深刻的变化，人类和平与发展的事业面临难得机遇，也面临严峻挑战。中日两国作为有重要影响的国家，对亚洲和世界的和平与发展肩负着重大责任。在新的形势下，中日两国优势互补的特点不仅没有削弱，反而更加突出；双方在地区和国际事务中的共同利益不仅没有减少，反而越来越多。发展长期稳定的中日睦邻友好合作关系，今天比过去更具有重要的现实意义。中日双方特别是两国领导人应该从战略高度和长远角度出发，积极推动两国关系稳定健康地向前发展。
胡锦涛提出了实现两国关系健康稳定发展指导性意见：双方应该严格遵循中日间三个政治文件的原则，坚持“以史为鉴、面向未来”，着眼长远、善谋大局，加强交流、深化合作；在地区和国际事务中，双方应该加强协调和合作；应该进一步密切两国文化、教育及青少年交流；应该从两国的共同需要出发，我们在继续深化两国经贸合作的同时，加强在能源、环保等领域的合作。
胡锦涛强调，发展中日关系，不能也无法回避历史问题。正确对待历史，才能把历史的重负化为前进的动力。当前，两国政治关系困难的症结是日本领导人参拜靖国神社问题。我们希望日方妥善处理这个问题。这个问题拖的时间越长，对包括中国人民在内的受害国人民感情的伤害就越大，也越不利于两国关系的改善和发展。前事不忘，后事之师。作为领导人，应该本着对历史负责、对人民负责的态度，从中日世代友好和亚洲和平与发展的大局出发，妥善处理有关问题，防止两国关系受到不应有的损害。中国人民从来都认为，在那场不幸的战争中，包括被迫走上战场并失去生命的日本士兵在内的日本人民也是战争的受害者。但是，对发动这场战争的战犯，中国人民是深恶痛绝的。日本领导人在考虑参拜靖国神社的问题时，务必要考虑到受害国人民的感情，务必要考虑到中日友好的大局。
胡锦涛还阐述了中国政府对台湾问题的原则立场。他对日本政府多次重申坚持一个中国政策、不支持“台独”表示赞赏，指出维护台海和亚太地区的和平与稳定对中日关系健康稳定发展至关重要。
小泉说，他多次讲过，中国的发展不是威胁而是机遇，这个事实已被越来越多的人所接受。他希望中国继续以目前的势头向前发展，这对日本和世界都有利。日方重视日中关系，希望不断增强日中在各个领域的互利合作。
小泉表示，他重视以史为鉴。对历史错误进行反省、从中思考两国关系至为重要。日本再也不能发动类似的战争。关于参拜靖国神社的问题，他表示充分了解了中方的立场。他重申日本政府奉行一个中国政策，不支持“台独”。
两国领导人还就其他共同关心的问题交换了看法。
2005年：提出五点主张
据新华社2005年4月23日报道，23日晚，刚刚参加完亚非峰会的中国国家主席胡锦涛在下榻的饭店会见了日本首相小泉纯一郎。
胡锦涛说，从中日关系稳定发展和两国人民友好的大局出发，我愿再次同小泉首相就中日关系坦诚交换意见，希望以此为契机，推动中日关系走上健康稳定发展的轨道。
胡锦涛指出，当前中日关系面临着困难局面，需要两国领导人认真对待。中日关系出现现在这样的困难局面，是我们不愿意看到的。中日都是亚洲和世界上有重要影响的国家，双边关系搞不好，不仅对中日两国不利，还会影响亚洲地区的稳定和发展。两国领导人应该登高望远，本着对历史、对人民、对未来高度负责的态度，从维护中日友好、维护亚洲的稳定和发展大局出发，深刻反思和妥善处理。
胡锦涛表示，中国政府一贯重视中日关系，始终坚持中日友好方针，一直强调中日两国人民要世世代代友好下去，并为此做出了不懈努力。去年11月，我同首相先生在圣地亚哥就中日关系问题坦诚交换了意见。我谈到，中日邦交正常化以来，两国关系取得长足发展，这是两国几代领导人及有识之士共同努力耕耘的结果。这一局面来之不易，值得我们倍加珍惜，精心维护。我特别谈到，今年是世界反法西斯战争和中国人民抗日战争胜利60周年，对于中日关系来说是个重要而又敏感的年份。要妥善处理好一些重大问题，特别要处理好历史问题、参拜靖国神社问题、台湾问题等。但是，近一个时期，日方在历史问题和台湾问题上的一些做法违背了自己的承诺，背离了中日关系的政治基础，伤害了中国和亚洲有关国家人民的感情，必然引起中国人民和亚洲有关国家人民的不满。中国和亚洲一些国家民众的强烈反应应引起日方深思。
胡锦涛说，中日关系发展的历程证明，中日两国和则两利、斗则两害。中日关系搞不好，不仅对不起两国老一辈领导人和有识之士的长期艰辛努力，也必将损害中日两国人民的根本利益，对此两国人民不会答应。进一步巩固和发展中日友好合作，是两国人民的共同期望。尽管当前中日关系面临诸多困难，但中方发展中日友好合作关系的方针没有改变，希望中日两国坚持和平共处、世代友好、互利合作、共同发展。在当前形势下，我们应采取切实措施，尽快扭转目前中日关系面临的困难局面，推动中日关系健康稳定发展。
胡锦涛就中日关系发展提出了5点主张：第一，要严格遵守《中日联合声明》、《中日和平友好条约》和《中日联合宣言》三个政治文件，以实际行动致力于发展面向21世纪的中日友好合作关系。第二，要切实坚持以史为鉴、面向未来。日本军国主义发动的侵略战争给中国人民带来了深重灾难，也使日本人民深受其害。正确认识和对待历史，就是要把对那场侵略战争表示的反省落实到行动上，绝不再做伤害中国和亚洲有关国家人民感情的事。希望日方能以严肃慎重的态度处理好历史问题。第三，要正确处理好台湾问题。台湾问题是中国的核心利益，涉及13亿中国人民的民族感情。日本政府多次表示坚持一个中国政策，不支持“台独”。希望日方以实际行动体现上述承诺。第四，要坚持通过对话，平等协商，妥善处理中日之间的分歧，积极探讨解决分歧的办法，避免中日友好大局受到新的干扰和冲击。第五，要进一步加强双方在广泛领域的交流和合作，进一步加强民间友好往来，以增进相互了解，扩大共同利益，使中日关系健康稳定地向前发展。
小泉表示，发展日中友好非常重要，不仅有利于两国，而且对亚洲及国际社会都具有重要影响。中国的快速发展对日本不是威胁，而是机遇，这一认识已逐渐被更多的人接受。小泉说，日方愿根据胡主席提出的5点主张的精神，积极推进日中友好合作关系。在历史问题、台湾问题上，日本政府将遵循日中三个政治文件确定的原则，这一立场没有任何变化。他还表示完全同意胡主席的建议，通过对话解决日中间存在的分歧。
胡锦涛最后表示，希望双方以此次会晤为契机，采取切实措施，化解分歧，克服困难，努力使中日关系健康稳定发展。
会晤结束后，胡锦涛会见了中外记者，介绍了他在会见中就中日关系发表的意见和原则立场。
（2）吴仪访问日本：改善中日关系
2005年5月17日至24日，中国国务院副总理吴仪出访日本。作为一段时间以来出访日本最高级别的中国领导人，吴仪副总理的到访受到了日本新闻界的普遍关注。有日本媒体评论说，吴仪副总理此间各种场合的表现，展示出了一个大国政治家的亲和力。
吴仪副总理18日首先出席了在名古屋举行的21世纪都市发展论坛。她在论坛上发表演讲，肯定了日本城市建设的经验值得中国学习。此后，吴仪分别同日本产业经济大臣和国土交通大臣举行了会谈。吴仪表示，中日经贸合作是支撑中日关系发展的重要因素。日本的资金、技术、设备和管理经验与中国广阔的市场和丰富、优质的劳动力相结合，结出了双边经贸合作的丰硕成果。当前，中日经济关系正在向新的深度和广度拓展，日益形成互利双赢的利益格局。这是两国关系所以能够历经各种风雨考验，不断向前发展的重要物质基础。
据新华社报道，吴仪副总理在会谈中提出了关于中日经济合作的六项具体建议，其中包括尽快启动中日双边自由贸易区进程等内容。经济产业大臣中川回应说，目前已有超过两万家日企在华投资，而且日方仍将继续重视同中国的合作，特别是能源和环保领域。
另外，吴仪副总理与国土交通大臣北侧的会谈也在友好和善的气氛中进行，北侧主动提出降低大陆访日团体游客的签证要求，并将不再限制游客的户口所在地。
次日，吴仪在爱知世界博览会长久手会场中国馆致辞，祝贺世博会中国馆日开幕。吴仪在讲话中高度赞扬了“日本人民的智慧和创造力”，并承诺“中国政府将致力于构筑与自然共存的社会环境”。会后，吴仪和随行官员还向参观中国馆的游客赠送了2008年北京奥运的纪念衫。
据悉，吴仪访日的最后一站为日本首都东京。日本首相小泉纯一郎将在这里欢迎吴仪的到访。
日本媒体评论认为，“人们从吴仪副总理的态度中，读到了中国政府积极处理中日关系的真诚意愿。”
（1）吴仪拒绝会见小泉，提前结束访日
本来，中国国务院副总理吴仪访问日本，是为了改善濒临低谷的两国关系，然而，就在吴仪副总理访日期间，日本领导人继续发表不利于两国关系的言论，导致无疑副总理取消与小泉首相会谈的计划，提前结束访日回国。
据《北京青年报》5月25日报道，5月23日，中国国务院副总理吴仪结束了17日开始的对日本的访问，返回北京。由于日本媒体表示，吴仪因“紧急公务”临时取消与日本首相小泉的会晤，提前回国，这引发了日本方面的猜测。日本官方否认事件与小泉坚持参拜靖国神社有关。
日本共同社报道说，日本官房长官细田博之在23日上午的记者招待会上宣布，原定于当天傍晚举行的日本首相小泉纯一郎与中国副总理吴仪的会谈应中方要求而突然取消。据称，中方表示：吴仪副总理接到本国指示，因国内出现紧急公务，必须在下午回国。
虽然取消了下午与小泉的会面，但吴仪当天早晨仍出席一个商界演说。吴仪在演说中没有解释取消会面的原因，但谈到了中日关系问题。
吴仪强调，希望中日两国共同努力改善关系。她表示，如不尽快扭转这种局面，不但影响双方的互利合作，也会令中国国民的感情受到伤害。
日本首相小泉纯一郎则表示，不知道中方取消会谈的原因。被问及今次取消会面，会否对两国关系造成影响，小泉表示，会尽量避免造成负面影响。
日本东京电视台引述政府消息称，吴仪希望避免与小泉在会面中商讨参拜靖国神社的问题。
中国国家主席胡锦涛5月22日在北京会见日本自民党干事长武部勤和公明党干事长冬柴铁三等人。据外电报道，胡锦涛在会见时强调，日本政界必须停止参拜供奉甲级战犯的靖国神社，以免危害中日关系。日本放送协会引述胡锦涛的话说，中方不想再见到同样的参拜活动，又说发展中日关系好像兴建房屋一样，要将砖块逐一砌上去，但只需一瞬就会毁坏。
较早前，小泉纯一郎对自己参拜靖国神社一事辩称：“各国有自己的方式追悼战殁者，其他国家不应该干涉我国采用何种方式追悼战殁者，我并不能理解所谓的不能参拜靖国神社的理由。”被问及今年会否继续参拜时，小泉说：“何时参拜将作出适当的判断。”暗示他有可能会再次参拜。
23日上午，吴仪在东京会见了日本众议院议长河野洋平。吴仪说，她此行的目的之一是与日方探讨落实两国领导人雅加达会晤达成的共识，推动两国关系尽快克服目前困难，重新走上正常发展轨道，希望日方妥善处理历史问题，不再做损害中日友好、伤害中国人民感情的事。
另据报道，中国副总理吴仪突然取消原定与日本首相小泉纯一郎的会谈而提前回国，小泉不耐烦且冷淡地表示“没有必要见不愿来会面的人。”对此，日本共同社昨日刊发署名文章称，他们虽无意为中方的行为进行辩解，但是有必要明确一点，即导致这一局面的原本就是小泉的言行。
文章称，因为小泉在众议院的答辩中明确表示：“不明白不能参拜靖国神社的理由是什么。他国不应进行干涉。”并说“什么时候去参拜，将进行适当的判断”，表示今后将继续参拜。
在小泉的这个答辩中，特别令人注意的是关于甲级战犯合祭的问题。小泉说“‘憎其罪，不憎其人’是孔子的话。参拜不是为了某一个人”。虽说是孔子的话，但并非出自《论语》。在孔子的九世孙孔鲋的著述中，作为孔子所言记有“古之听讼者，恶其意不恶其人”，这句话虽被日本人所喜欢，但在中国并非脍炙人口。小泉的答辩中引用这句话只不过是想吸引日本人的心情而已。
文章还质疑说：更重要的问题是，小泉真的是“憎其罪”吗？根据小泉发言的语境，这里的“罪”应该是指从9·18事变到战败的15年中计划并进行了战争、给日本国民和亚洲人民造成严重灾难的重大战争犯罪。但是小泉对甲级战犯们的“罪”是如何认识的，我们完全不清楚。
文章说，有人指出，由于日本国民自身没有能够对战争责任者进行审判，使得战前与战后的价值观转换没有能够得以彻底完成。日本在获得独立的旧金山和约中接受了远东军事法庭的审判结果。如果小泉明确承认这一立场，坦率地说出来也就没事了。但小泉的答辩并没有站在承认甲级战犯所犯罪行这一基本立场上，而是以引用孔夫子的话从中国那里“高明地赢得了一分”，而似乎正在那儿沾沾自喜的窃笑。
（2）舆论矛头直指小泉
东方网2005年5月24日消息：中日关系的发展势头时好时坏，一波三折，备受人们关注。对中国国家主席胡锦涛日前会见来访的日本执政党两干事长和中国副总理吴仪出席日本爱知世界博览会两起重大事件，分析家们认为，这是中国为修复磕磕绊绊的日中关系所作的努力。但日本首相小泉在参拜靖国神社问题上的僵硬态度，对修补刚出现转机的中日关系泼了一盆冷水。
中日关系脱离了困境，但仍非常脆弱
观察家们注意到，小泉自上台以来，每年都参拜靖国神社，令中日两国关系跌至冰点。上月，中国国家主席胡锦涛与小泉在雅加达会面，胡锦涛要求小泉以两国关系大局为重，停止参拜。小泉当时表示对参拜一事作出“适当的”决定。但小泉出尔反尔，伤害了中国人民的感情。
《日本经济新闻》就胡锦涛在会见武部勤和冬柴铁三时严厉批评小泉参拜靖国神社等行为发表评论说，这是因为中国想再次督促日本方面采取慎重态度。它凸显了日中关系虽说脱离了最糟糕的时期，但却仍然非常脆弱的现实。
评论说，4月在雅加达举行的中日首脑会谈中，胡锦涛主席指出：不想在这里讨论具体的问题，希望为正确认识与对待历史而采取实际行动。胡锦涛主席虽然避免使用直接的措辞，但却敦促首相重新进行考虑。
据报道，日本执政党的两位干事长在会谈中，向胡锦涛主席转达了小泉“认真回应（胡锦涛主席的五点主张）”的口信。在雅加达的中日首脑会谈中胡锦涛主席提出了要求日本“反省侵略战争”的五点主张。自民党干事长武部勤在会谈结束后与随行记者团的恳谈中还表示：将研究首相参拜靖国神社的问题，并作为执政党向首相提出打开僵局的措施。
但是，研究中日关系问题的分析家认为，小泉在16日的众议院预算委员会会议上就参拜靖国神社问题时振振有辞地声称：“他国不应进行干涉。”他的这种僵硬态度，无疑会大大伤害中国的感情。
是小泉给中日关系泼了冷水
舆论普遍认为，包括中国在内的东亚国家要求小泉不要再参拜供奉日本甲级战犯的靖国神社，甲级战犯要为日本的侵略战争负责，战争受害者提出这种要求也是理所当然的。
日本媒体十分关注中国副总理吴仪19日出席日本爱知世界博览会，并认为，这体现了日中交流的重要性。《日本经济新闻》报道说，吴仪是上海世博会的总负责人。从她的“世博外交”中，可以领会到中国政府寻找修复日中关系突破口的诚意。
中日关系问题专家认为，考虑到不久前发生在中国的反日示威和敌意，日本现时急需修补与中国日趋疏离的关系。至少应与吴仪等高级官员恢复接触。但小泉16日的“靖国神社论”为修补关系刚出现的转机泼了一盆冷水。
（1）中日智囊会诊两国关系：日本对中国出现战略误判
2005年7月30日，新一届中日友好21世纪委员会第三次会议在昆明召开，13名中日两国知名学者就两国关系现状以及改善关系的途径等问题进行了探讨。
这个由中日各领域顶级专家和友好人士组成的委员会虽然是民间机构，但委员们各自向本国政府建言献策，颇具影响力。日方委员来华前，拜见了首相小泉纯一郎和外相町村信孝，会议第一天中国国务院总理温家宝发来贺信，足见两国政府对该机构的重视和借助民间行动改善关系的决心。
中日关系处在困难时期
要给中日僵局开一个有效的药方，首先要对现状有一个清晰的判断。
沿着中日关系史的轨迹画一道曲线，2005年无疑是一个低点：日本首相连续5年参拜靖国神社，右翼教科书影响力有扩大之势，日本涉足台海问题，争当安理会常任理事国，钓鱼岛、东海争端不见缓和，中国发生反日游行示威，两国国民互不喜欢程度增强……中日之间在历史、现实、未来等各层面的矛盾都暴露出来。与此同时，两国之间贸易额却继续增长。鉴于此，“政冷经热”成了形容中日关系最流行的一个词。然而，令人担心的是，“政冷”会不会导致“经冷”，使两国关系进一步恶化？
郑必坚，中方首席委员，原中央党校常务副校长。他在致开幕词时说：“对‘政冷’如不及时遏制，有可能形成‘政经双冷’，事实上，苗头已经出现。”
这意味着，中日之间的僵局还没到最低点，还有可能继续恶化。博鳌亚洲论坛副理事长蒋晓松先生说，“现在是相对最坏时期”。
证明蒋晓松判断的有两个例子：7月26日，中国旅游局局长带队访问日本，日方组织500多人参加大型宴会，94名国会议员出席；28日晚，东京举办中日两国共同走向繁荣画册展览，中方国务院新闻办主任赵启正和驻日大使王毅出席，日方出席者包括参众两院议长、内阁官房长官等人。这从侧面说明尽管“政冷”是事实，中日之间各种形式的交流依然在继续。
也许是从民间交流的角度出发，日方委员、作家石川好先生认为中日关系比较好。他认为中日之间出现误解，把误解澄清之后才会更好地相互理解。
坦诚交换意见后，双方委员达成共识：中日关系处在困难的、严峻的时期。
日本对中国出现战略误判
“如果小泉首相不去参拜靖国神社，中方会不会改变对日态度？”日方委员、庆应义塾大学政治学教授国分良成问中方委员。“中国不敢保证。”中方委员、中国社科院亚太所所长张蕴岭回答道。他认为，参拜问题应放在中日关系的大框架下考虑，日本是在大的利益、大的战略定位上出了差错。
中方首席委员郑必坚和张蕴岭所持观点基本相同。他认为，日本在战略思维上出现了“危险的误判”，导致东北亚合作走上不健康的道路，并和中韩两国发生种种摩擦。
清华大学国际问题研究所所长阎学通认为，小泉参拜靖国神社只是一个标志，即使他不去参拜，也还有历史教科书题、日本右翼官员的言论等问题。“但是，如果小泉不去参拜，有可能给双方关系的好转创造机会”。
关于靖国神社问题，日方委员也带来了值得深思的信息：在媒体大量报道后，越来越多的日本百姓反对首相参拜靖国神社，公开讨论首相是否应该参拜靖国神社在过去是不多见的。然而，与此同时，越来越多的人不喜欢中国。
国分良成教授透露，在2005年4月中国发生涉日游行后，日本纷纷议论该怎么认识中国，一般老百姓对中国的看法发生混乱，他们对中国的走向表示担心。对此，郑必坚指出，20世纪80年代到90年代，中国经济迅速发展，而日本是失去的10年，日中经济比重从10比1变成3比1，对此，日本反思是正常的，但如果偏离正确轨道就很危险。
阎学通为中日关系开出的“药方”只有8个字：耐心等待，创造机会。阎学通说，如果类似1997年亚洲金融危机事件发生，中日会不会合作？“9·11”前，美国把中国视为战略竞争对手，双方矛盾突显，然而“9·11”后中美两国从对抗走向合作。如果东亚地区受恐怖分子威胁，中日会不会合作？环境保护、能源问题等方面是否带来合作的机会？
阎学通还提出“非政治化”，即不要把所有问题都和政治挂钩，在政治出现僵局的情况下，开展文化、体育交流，寻求科技合作的共同点。
张蕴岭先生认为，对中日关系不可太乐观，也不可太悲观，“两国可能需要相当长时间的磨合期，要有足够的心理准备。”张先生认为，中日之间需要一个认识对方、接受对方、找到双方利益共同点的过程。
从两个方面改善两国关系
两天的讨论后，中日两国委员达成采取行动、改善关系的共识，决定在两方面采取行动。第一，促进战略大局往好的方向发展；第二，在各层面展开交流、增进了解。
会议决定设立两个小组。一是中日关系中长期发展研究小组，目标是形成关于这个问题的研究报告，提交两国政府；二是设立文化交流小组，每年组织一两次体现委员会宗旨的、民间喜闻乐见的、有广泛影响的、双方互动的文化交流活动。
1983年，胡耀邦出访日本时与中曾根首相确定设立“中日友好21世纪委员会”，多年来，委员会的工作对中日两国人民之间加深友谊、增进了解都发挥了积极的作用。
新一届中日友好21世纪委员会于2003年7月正式成立。委员会由两国政治、经济、学术、新闻等各界知名人士组成，分别由中央党校原常务副校长郑必坚和日本经济同友会总干事、富士施乐公司会长小林阳太郎担任双方首席委员。
（2）“北京-东京论坛”：调查民意
2005年8月23-24日，中国日报网站、北京大学国际关系学院与日本的“言论NPO”组织于北京共同举办中日关系论坛。作为该论坛核心内容的一部分，自2005年5月至8月，中国日报网站、北京大学国际关系学院与日本的“言论NPO”组织分别在中国和日本大中城市组织了数千份针对普通民众和专业人士的问卷调查。以下为双方民意调查所反映的基本情况：
1、对于中日关系对本国的重要性，双方被调查者均表示认同
近八成的日本被调查者认为中日关系对现在和将来的日本都很重要。这个数据给中日关系在将来逐步得以改善带来某种期望。然而，6成日本被调查者认为美日关系是日本外交的准绳，中日关系发展要服从于美日关系的需要。
2、中日各阶层对于两国关系的现状有一致的认识
约55%的中国城市居民和78%的大学生意识到目前的中日关系相当困难。有近八成的日本人觉得中日关系“不好”。
3、对于中日关系的低靡，两国民众均不认为本国应承担主要责任
中国90%的民众和学生表示责任在日方。日方民众感到责任在日本方面的仅为14.4%。精英阶层认为中日双方应各负一半责任，比普通日本人的观点相对中立。
4、相互认识的不足和差距是中日关系改善和发展的瓶颈
“文化大革命”成为日本人对中国20世纪重大历史的主要记忆。而中方问卷的数据亦显示，中国民众对于日本的了解也比较有限、间接和初步的。同时双方调查均显示，中日双方民众缺乏相互间感性的认识。
5、日本媒体对于中日关系的影响力不可忽视
问卷调查显示，日方80%以上的民众和精英阶层是依靠本国的电视、报纸和网络媒体了解中国的消息。媒体的报道内容和评价的倾向性在很大程度上左右了日本人对中国的认识。
6、在日本被调查者看来，历史认识问题也是阻碍中日关系发展的主要原因
近八成的日本被调查者有这样的认识。而分别有约半数的人认为是中国政府对待反日情绪、反日运动的态度以及领土问题。精英人士的回答亦持此倾向。
7、日本民众认为解决历史认识问题非常棘手，精英阶层对此相对乐观
此外，对于历史认识问题的内容，中日被调查者的认识存在差异。除了对历史的认识和反省、参拜靖国神社和教科书问题外，日本方面认为，历史认识问题还包括“中国的反日教育，中国的教科书内容和中国媒体所做的日本方面报道”等。多数日本人在历史认识问题上有着中日双方都存在问题的这一强烈意识。
8、对于首相参拜靖国神社，日本各阶层反应较为理性
日本精英阶层认为“应该建立新的国立追悼设施”和“任何情况下都不应参拜”的反对参拜论超过了半数；而日本大众虽多数对参拜持肯定态度，但是持“参拜是日本内政，只要首相有这个愿望就应继续”强硬观点的民众只有三成。
9、对于中国对日本入常的态度，日本被调查者普遍表示理解
此外，日方多数认为对于要想成为联合国安理会常任理事国，日本应努力取得中国的支持。
10、对日本对中国的经济援助，中日双方民众均存在认识上的模糊
对于日本为什么在向中国提供经济援助（ODA），一般日本人在判断上显现出了犹豫不决和意见分散。这表明日本国内就日本政府为什么对中国进行经济援助的概念认识和定位不明确，尤其是年轻一代。在这种背景下，有将近三成的被调查者认为“可减少援助额度”，其次是“也可停止”，二者加起来将近60%，这60%的被调查者就今后对中国实行经济援助的必要性持怀疑态度。
而中国77.8%的市民不知道日本对华经济援助。尽管76%的中国大学生表示知道，但对ODA的目的和是否继续的问题上，存在多种认识。
11、中日关系的未来，迷茫和悲观是日方的普遍心态
近六成被调查者认为“不知道会向好的方向还是向坏的方向发展”；近六成的日本精英阶层认为中日间的具体交流虽然将得以切实促进，但横亘于两国间的课题却难以解决。
总之，尽管小泉内阁时期的中日关系处于中日复交以来的最低谷，但中日友好是民心所向。中日两国人民都不希望两国关系继续恶化下去。由于小泉内阁对中日关系的影响，中日两国的有识之士都把改善中日关系的希望寄托在小泉的继任者身上。
小泉内阁时期中日关系评述：
2001年4月——2006年9月，小泉内阁执政5年零5个月（1980天），他担任首相的时间在日本历史上排在第5位，在内阁更迭如走马灯似的日本政坛，小泉算是日本少有的“长命首相”。
小泉纯一郎不仅在执政时间上赫赫有名，而且在破坏中日关系方面也是臭名昭著。这主要体现在他在担任首相期间不顾中韩两国及国内外舆论的反对，一意孤行地坚持每年都去参拜靖国神社（共6次），进而使中日关系陷入邦交正常化以来的最低谷。这一时期的中日关系，除了“参拜靖国神社问题”外，还有2003年因日本政府“租借”钓鱼岛引发的中日纠纷和2005年中日之间的“东海之争”，使本处于低谷的中日关系雪上加霜。尽管胡锦涛主席于2004年和2005年在出席国际会议期间两会小泉，试图改善中日关系，但由于日本领导人的一意孤行，两国关系并未因此而有所改善。甚至出现了吴仪副总理访日期间提前结束行程回国的“外交特例”。“政冷经热”成为概括小泉内阁时期中日关系的最热词汇。