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禅定在佛教中被作为一种认识方法与解脱之道，有其精深系统的理论为指导。佛陀及其弟子们，以古代朴素辩证法的简明原理——缘起法则为思想方法，在禅的寂定明澈之心境中进行理性思维，探究身心世界的实相，并运用由禅定所开发的潜在超常能力直观生命“黑箱”的奥秘，直观微观、宏观世界的本来面目，依其所见所证、所思所解，建立了一家内涵极为深沉丰厚的佛家学说，对哲学、心理学及其他学科所研究的世界与生命的起源、心理的结构、身心及心物关系、认识的潜能的开发等诸多重大问题，都提出了解答，构画了自以为是的宇宙模式。
当然，佛教对这些问题的解答，紧紧围绕生死问题之解决、涅槃信仰之实现而展开，由于脱离人类生产斗争的实践而专事禅思，多依禅思的体验解释世界，使得佛教哲学带有浓厚的宗教神秘主义气息。但佛教徒毕竟是极为认真地、甚至是以全部的精神心血去深思过这些问题，其思想方法颇具辩证性，最重要的是他们运用禅思内求这种为近现代科学所或缺的特殊认识方法，发掘出为近现代科学所忽视的人类潜在的超越性直觉能力，对近现代科学所知最少的心理、心身、超心理现象，进行了长期深入的、专门的探究，据以提出自家的解释。不管这些解释是否正确，作为人类思维活动的一段轨迹，是今日才起步的人体科学不可不总结、审视、检验，乃至批判地继承的宝贵文化遗产。懂一点怫学，无疑有助于科学攻关者们开拓思路、驰骋想象，突破现有理论的框架束缚，建构新的科学体系。
佛教诸乘诸宗之学，无不立足于禅观，无不在提出对身心世界的解释。诸乘诸宗之学的源流、发展、衍化、异同等关系，情况颇为复杂，理清其来龙去脉、同异开合，是佛教思想史专家的工作。本章仅从禅定原理的角度，从人体科学着眼，对佛教显密两家之学所提出的有关身心世界的理论，尤其是今天看来有价值的东西，作一粗线条的概括。