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1944年 6月 26日，桂林警备司令部发布紧急疏散令，新中国剧社撤出桂林，在柳州和演剧四队、九队会合。
7月 3日，新中国剧社暂时编为第四战区长官部直属怀远剧团，随长官部撤至六寨。
11月，桂林、柳州相继失守，怀远剧团撤至贵州独山。此时独山亦将不保，怀远剧团忍痛抛下新中国剧社多年积累的几十箱演出器材和社员的全部行李，步行撤往贵阳。
1945年 3月，怀远剧团征得第四战区司令长官张发奎同意，恢复新中国剧社的名号，社员分散行动，前往昆明聚集。
1945年 5月，新中国剧社在昆明会齐。
1945年 11月，新中国剧社社员对抗战胜利后剧社的生存发展发生分歧：瞿白音主张向港粤发展，建立企业化的演出公司；大部分社员主张留守昆明，条件成熟后再向上海转移。两种主张相持不下，新中国剧社因此分裂，瞿白音等 13人去往广州，汪巩等人留在昆明。
国民党励志社原副总干事侯鸣皋在《蒋介石的内廷供奉机构：励志社内幕》一书中写到了新中国剧社的这次分裂。
1945年 9月，侯鸣皋与瞿白音在昆明合办新中国文化建设公司，公司在筹组期间，新中国剧社内部因为公司董事名额分配问题发生争执，侯鸣皋主张他应该占多数名额，新中国剧社部分成员认为应由新中国剧社占多数名额。瞿白音同意侯鸣皋的主张，新中国剧社部分成员认为瞿白音被侯鸣皋收买了。由是，新中国剧社一分为二。瞿白音带领王逸、许秉铎、巴鸿、李露玲、蒋锐、兰谷、周伟、王季平等人另组“建国剧艺社”，前往广州。
1946年 9月，汪巩当选新中国剧社的理事长一年后，剧社离开昆明，辗转武汉、南京、苏州。
1946年 11月，新中国剧社到达上海，聘请欧阳予倩作为艺术顾问。
1946年 12月，新中国剧社赴台湾演出，直到 1947年 3月回到上海。
1947年 12月，新中国剧社在上海演出 9个月后，根据中共党组织的指示，解散剧社，社员分散转移。
根据演剧九队队长吕复的回忆，新中国剧社在上海解散之后，党组织将剧社人员分别安排到上海剧专、演剧九队，以及各电影公司和电影厂，对全体人员做了妥善安排。
1945年 11月，从新中国剧社分离出来的建国剧艺社抵达广州，因其新中国剧社分社的身份，演出被停止。
1946年初，建国剧艺社转移到香港。
1947年，在夏衍、章泯等人的帮助下，建国剧艺社的成员“化整为零，打入电影界”，分别参加了“大中华”“大光明”“南群”等影业公司。
1950年初，建国剧艺社从香港返回广州，参加了华南人民话剧团。
正如闻一多所说：
（新中国剧社）不但指示了中国戏剧工作的新道路，而更要紧的是表现了中国知识分子的新觉悟，因此也就真能名副其实的象征了“新中国”。今天凡是看过他们的“活报”，听过他们歌咏的人，没有不惊讶于他们的天才式的作风；凡是听过他们在桂林撤退前的工作和在黔桂线上流亡的故事的人，也没有不激动于他们的英雄式的气派的。你问：同是剧团，甚至同是中国人，“新中国”何以表现得这样卓越、这样动人？“新中国”简直是一篇传奇故事，一个神迹，这秘密究竟在哪里？我说：很简单，认识了人民，热爱着人民，觉醒了的知识分子！不但戏剧，而且“行行出状元”，只要认识人民，每个知识分子，都是一个可能的天才和英雄。
新中国剧社后来的道路也证明了闻一多的判断。新中国成立后，新中国剧社的许多社员成为新中国戏剧、电影界的骨干力量：
1943年，第四战区荣誉军人管理处需要开展慰问伤兵活动，李宗仁介绍李文钊担任管理处少将副处长，李文钊组建了管理处下属的凯声剧团。凯声剧团是西南剧展参展团队之一。西南剧展之后桂林疏散，李文钊率领荣誉军人管理处全体人员步行到贵阳。抗战胜利后，李文钊到重庆任西南学院教授兼训导长。1950年，李文钊接受广西大学的聘请担任广西大学中文系教授，1953年受聘成为广西文史研究馆第一批文史馆员。
杜宣，1949年后担任上海戏剧家协会副主席，中国人民对外友好协会上海分会副会长。
瞿白音，1949年后历任上海长江电影制片厂厂长，中央电影局导演，上海市电影局副局长、顾问。
汪巩，1949年后历任中央电影局编剧，《大众电影》副社长，文化部文艺研究院干部。
洪遒，1949年后历任珠江电影制片厂副厂长、厂长，广东省文联副主席，中国剧协广东分会副主席。
蒋柯夫，1949年后曾任上海市文化局演出处处长。
石联星，1949年以后致力于电影事业，主演电影《赵一曼》获得 1950年第五届卡罗维发利国际电影节“优秀女演员表演奖”，成为新中国第一位在国际电影节获奖的女演员。
朱琳，1952年进入北京人民艺术剧院，成为北京人民艺术剧院“第一青衣”，被誉为“中国话剧皇后”。据说，直到 90多岁，朱琳还能完整演唱当年她在桂林演出《秋声赋》时的《落叶之歌》。
刁光覃，1949年后话剧舞台上第一个扮演列宁形象的演员，长期任职于北京人民艺术剧院，1978年后曾任北京人民艺术剧院副院长。
严恭，1947年新中国剧社解散后进入电影界，1948年与赵明联合执导电影《三毛流浪记》，该影片 1983年荣获葡萄牙第12届“菲格拉福兹”国际电影节评委奖；1953年调入东北电影制片厂（即后来的长春电影制片厂），曾导演《祖国的花朵》《朝霞》《钢铁巨人》《月到中秋》等影片。
周伟，1949年参与拍摄了上海电影制片厂第一部故事片《团结起来到明天》，成功塑造了上海纱厂女工迎接解放的经典群像。1952年，调到上海科学教育电影制片厂任导演，其执导的科教片《科学与技术》荣获文化部颁发的优秀影片奖。1956年，调到初创的北京电影学院任教，曾荣获北京电影学院授予的最高成就奖“金烛奖”。
叶露茜，1949年后曾任上海市文化局文艺科长，1961年参与筹建上海戏剧学院导演系，长期担任上海戏剧学院导演系教师。
孙泽钧、孙捷、岳勋烈分别成为北京人民艺术剧院、中央实验话剧院、上海人民艺术剧院的演员，李露玲、巴鸿、陈云、韦布分别成为长春电影制片厂、北京电影制片厂、上海电影制片厂、珠江电影制片厂的演员，后分别在北京电影学院、上海戏剧学院任教，等等。