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国务院国资委组建完成后，首先要做的工作是建立一套企业国有资产管理的办法和政策，把制度框架搭建好，实现“先管起来”的目标。这套工作以往没有人做过，企业国有资产出资人应该管什么、怎样管是全新的课题。国务院国资委为此进行了一系列基础性和探索性的制度建设。
从2003年9月开始，国资委在中央企业范围内组织开展了全面的清产核资工作。为规范推进这项工作，国资委制定下发了《国有企业清产核资办法》（国资委令第1号）和《中央企业清产核资工作方案》。这两个文件对国有企业清产核资的范围、内容、程序、组织、要求以及相关当事主体和当事人的法律责任等，做出了明确规定。
清产核资的主要内容包括：账务清理，以保证企业账目全面、准确和真实；资产清查，对企业的各项资产进行全面的清理、核对和查实；价值重估，对企业账面价值和实际价值背离较大的主要资产进行重新估价；损溢认定，对企业申报的各项资产损溢和资金挂账进行认证；资金核实，重新核定企业实际占用的资本金数额。
到2005年1月底，中央企业清产核资工作基本完成。清产核资的结果是：截至2004年底，中央企业资产总额为9.20万亿元，负债总额为5.25万亿元，平均资产负债率为57%。这次清产核资清理出各项资产损失或不良资产3521.2亿元，占企业净资产总额的8.9%；也清理出企业账外资产和或有的潜盈资产343.4亿元。
通过这次清产核资，国资委清理了企业资产，核实了企业的负债和权益，初步摸清了中央企业的家底；各中央企业的资产损失或历史包袱，按照规定，基本上予以消化处理，从而提高了企业的资产质量。清产核资也使大部分中央企业初步完成了新旧会计制度的财务过渡工作，提高了中央企业的财务会计信息质量，推动了中央企业逐步建立稳健的会计核算制度，促进了中央企业内控制度的建设。
在国资委成立之前，我国的国有企业是没有经营业绩考核制度的。一家经营着数百亿、上千亿元国有资产的大型企业，经营一年下来连个目标要求都没有，听起来不可思议，但当时的情况就是如此。
国务院国资委成立后，把建立企业经营业绩考核制度作为一项重要工作抓紧推进。2003年11月，国资委下发了《中央企业负责人经营业绩考核暂行办法》（国资委令第2号），明确从2004年开始对中央企业进行业绩考核工作。2003年12月，国资委开始与中央企业负责人逐户签订年度及任期经营业绩责任书。
经营业绩考核是一项非常复杂又很重要的工作。不同行业、不同类型企业的考核指标设定应该是不一样的，不但要考虑企业的现实基础，也要考虑同行业企业间的比较。考核指标对企业是一个导向，导向出了偏差，企业的发展也会出现偏差。
国资委成立初期的考核指标分为基本指标和分类指标两大类。年度基本指标选择了年度利润总额和净资产收益率，反映企业的经济效益和资产经营效率；任期基本指标选择了企业国有资产保值增值率和三年主营业务收入平均增长率，反映企业国有资产的保值增值情况和可持续发展能力；分类指标则体现了不同行业和具体企业的特点，侧重于短板考核。考核结果分为A、B、C、D、E五档。
对上百家情况完全不同的中央企业进行简单划一的考核，很难做到科学、公正，需要在日后不断改进和完善。但这个初创的制度毕竟使企业有了一个明确的奋斗目标，激励的作用非常明显。企业的经营目标明确后，各企业大都对指标进行了内部分解并与奖惩挂钩，从而推进了中央企业内部经营责任制的建立和企业管理水平的提高。
国有企业负责人的薪酬一直是一个非常敏感的话题，很少进行公开的研究和讨论，透明度很低。国务院国资委成立时，中央企业负责人的薪酬大体上已经处于失控的状态。
当时，只有十分之一左右的中央企业负责人的收入按规定报经劳动和社会保障部批准，未报批的也无人去追究。报批的企业大都是一些比较规矩的、关系国计民生的大型重要企业，批准后的企业负责人年收入在10万元左右；大部分中央企业负责人“比照地方政策”确定自己的薪酬，水平差异很大，但与企业规模的大小、经济效益的好坏无关，年收入最高的已超过了100万元。这种局面要求国资委必须尽快进行相关的制度规范。
由于问题过于复杂和敏感，从2003年开始，国资委做了一系列基础性工作，包括对中央企业负责人的薪酬现状进行调查摸底，对地方政府出台的相关政策进行研究，听取企业、国内外专家和咨询机构的意见。在此基础上，2004年6月，国资委发布了《中央企业负责人薪酬管理暂行办法》和《中央企业负责人薪酬管理暂行办法实施细则》，由此中央企业正式开始实行年薪制。
这两个文件规定了中央企业负责人的薪酬由基薪、绩效薪金和中长期激励构成。按月发放的基薪是企业负责人的基本收入，主要根据企业的经营规模、经营管理的难度和所在地区企业的平均工资、所在行业的平均工资、本企业的平均工资等因素综合确定。绩效薪金与企业经营业绩考核结果挂钩，以基薪为基数，根据年度经营业绩考核结果确定，绩效薪金的40%要延期兑现。中长期激励办法由于更加复杂、各方面意见不一致，未能按时出台。
2004年是中央企业实行年薪制的第一年，这一年中央企业一把手的平均年薪是税前39万元。
对国有企业负责人实行年薪制是有政策依据的。1999年，党的十五届四中全会通过的《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》中，对年薪制的正式说法是“可以继续探索”，全国大部分省市政府据此已经在地方国有企业中大面积实施。所以，当时国务院国资委实行年薪制并不是一个新事物，但在中央企业这个特殊的重要群体中实施确实需要些勇气。
中央企业年薪制的实行，使一度非常混乱的中央企业负责人的薪酬问题纳入了企业国资监管机构制度化的管理轨道，实现了企业负责人的收入与经营业绩考核结果挂钩，能升能降。当然，实行年薪制也意味着一定范围的利益调整，以往一些自定薪酬较高的企业负责人的收入至少在一段时间中不会再增长，甚至会降低。但由于制度建设是规范的、一视同仁的，年薪制的推进过程并未遇到实质性阻力。
国有产权转让也是一个非常敏感的话题，涉及以往国有企业改革中争议很大的国有资产流失问题。
从静态看，任何一笔企业资产都会有一个评估价格，但一般都是基于重置成本法，其陈旧贬值程度很难准确判断；一笔资产能带来多少回报、在市场交易时到底能值多少钱，往往与评估的结果很不一致。因而，在之前的国有中小企业改革中经常出现这样的情况：如果一家企业改制后经济效益很好，就会有人反映当初资产评估评低了，是国有资产流失；如果改制后企业状态不佳、又亏损了，结果是职工群体不稳定，说当年改制时欺骗了职工。这是国有中小企业改革一直有很大争议的重要原因之一。
在国有企业改革和布局结构调整的过程中，国有经济要通过有进有退、有所为有所不为不断进行优化配置，国有资产的流动和调整会是常态。如果这个过程不进行规范化的管理、没有一个有权威的判定和说法，会给改革的推进带来非常大的争议和困难。
在深入调查研究、广泛听取各方面意见的基础上，国资委和财政部于2003年12月发布了《企业国有产权转让管理暂行办法》（国资委、财政部令第3号，以下简称“3号令”）。
3号令的要点是：企业国有产权转让经批准后，要在清产核资、审计的基础上进行资产评估；企业国有产权转让应当在依法设立的产权交易机构中公开进行；转让方应当公开披露有关企业国有产权转让的信息，广泛征集受让方，转让公告期为20个工作日；经公开征集产生两个以上受让方时，应采取拍卖或招投标方式进行产权交易；在产权交易过程中，当交易价格低于评估结果的90%时应暂停交易，在获得产权转让批准机构同意后方可继续进行；国有独资企业产权转让涉及职工合法权益的，应听取职代会的意见，职工安置事项应经职代会讨论通过；转让企业国有产权致使国家不再拥有控股地位的，应报本级人民政府批准。除此之外，3号令还对企业国有产权转让的监督管理、批准程序和法律责任进行了明确规定。
3号令是国有产权管理一个重要的基础性文件。其侧重点在于规范程序：企业国有产权转让必须进场，阳光操作、公开进行，并要引入市场竞争的机制；在程序规范的前提下，产权的最终成交价格由市场决定。这样就尽可能防止了暗箱操作、中饱私囊和侵犯职工权益等问题，也减少了大量说不清楚的争议。
3号令发布后，国资委在全国范围内认定了三家比较规范的产权交易机构，作为中央企业国有产权交易的平台。同时会同财政部、监察部、工商总局等部门，共同开展了企业国有产权管理的专项检查，使各地国有产权交易的进场率不断上升。
到2004年底，很多省市国有产权交易的进场率已超过90%，上海市则达到了100%。由于引入了市场竞价的机制，国有产权的实际成交价格比挂牌价格都有了不同程度的提高。在2004年之后，社会上对国有资产流失问题的反映已经开始减少，3号令为国有经济的布局结构调整和国有产权的流动重组解决了一个大的操作性难题。
企业的投资规划与主业选择在性质上属于企业的内部事务，出资人机构要不要介入管理、采用什么样的方式、管到什么程度，在国资委内部的意见并不完全一致。
在国务院国资委组建初期，中央企业之间这方面情况的差异很大。一部分企业的产业定位比较清楚，主要是那些以大型产业集团或大型制造业工厂为基础的中央企业；相当一部分中央企业的产业定位并不清晰，尤其是一些由原政府部门直属企业脱钩后打捆组建的企业集团，大都存在业务方向过多、经营范围过宽的问题，集团内部子孙公司之间业务关联性不强，核心竞争力不突出；还有一些中央企业为提升自己在中央企业群体中的地位和排序，急于扩大规模，通过并购、无偿划转等方式低成本扩张、多元化发展，导致经营风险很大。
在这样的现实情况下，国有资产出资人机构确有必要进行阶段性的介入，帮助企业理清发展思路、确立和提升主业意识。
2004年11月，国务院国资委发布了《中央企业发展战略和规划管理办法（试行）》（国资委令第10号）。文件明确提出，企业发展战略和规划要符合国有经济布局和结构的战略性调整方向，突出主业，提升企业的核心竞争力。
同时，国资委以《关于公布中央企业主业（第一批）的通知》的形式，公布了49家中央企业的主业。这些企业的主业确定前，国资委都与企业进行了反复的研究和协商，并达成了一致；对一些涉及业务领域较多、核心业务不够明确的企业，还组织专家进行了专题论证。中央企业的主业确定后，凡主业范围内的企业投资，国资委只对其中的重大项目进行备案管理；对企业发展规划之外的非主业投资项目和并购活动，国资委要进行核准。
国资委成立之初进行的投资规划和主业管理，实际上对中央企业进行了一次全面的发展方向梳理，也促使所有中央企业对自身的发展战略进行了一次深入的反思和研究。这项工作对日后中央企业不断优化资源配置、提高主业的核心竞争力，打下了最初的工作基础，也发挥了重要的引导性作用。
国务院国资委成立后，中央企业领导人员的管理格局有所调整。53户国有重要骨干企业的董事长、总经理、党组（党委）书记仍由中组部管理，副职由国务院国资委党委管理；原来由中央企业工委管理的143户中央企业的领导人员，也交由国资委党委管理。
2003年7月，国资委党委发布了《国务院国资委党委管理的企业领导人员任免工作暂行办法》，使中央企业领导人员的选拔使用工作初步实现了制度化和规范化。2004年6月，国资委党委又出台了《中央企业负责人管理暂行办法》，分别从中央企业负责人的任期、职数、任职条件、考评、薪酬、监督与惩戒、培训交流、免职、辞退、退休等多方面的管理进行了比较全面的规范。
在对中央企业领导班子进行全面分析的基础上，国资委通过深入考察，提拔了一批政治素质好、业务能力强的优秀年轻干部进入中央企业的领导班子，优化了班子的年龄结构和专业结构。同时又与一些大型跨国公司合作，每年定期选派中央企业的领导人员到境外进行业务培训。
国务院国资委成立后，还积极探索国有企业经营管理者选拔方式的改革。2003年9月，国资委发布招聘公告，首次组织中国联通等6家中央企业的7个职位进行公开招聘，这在社会上引起了很大反响。2004年，国资委进一步完善和规范了公开招聘的工作程序，选择了中国电子科技集团等22家中央企业的23个职位面向海内外公开招聘。在2003年至2006年的4年中，共有78家中央企业的81个高管职位进行了公开招聘。
以上几个方面是国务院国资委成立后进行的主要的制度建设。其他方面的工作还有很多，如企业国有资产监管的法规建设、加强对企业的财务监督、对企业收入分配总水平的管理、推动省市级地方国资委的组建，等等。这些工作基本是在两年中完成的，新制度研究设计好了，也实际运作了。由于不必再在众多的部门之间反复沟通协商，工作的效率明显提高。这是在企业国有资产出资人职责集中后，使职责明确、部门协调工作量减少的效应之一。
这一套制度体系的建立，初步搭建起我国企业国有资产监督管理最基本的框架。由于以往并没有做过类似的工作，这套制度体系和其中的具体政策办法必然是不够成熟的，需要在实践中接受检验，并不断改进和完善。
从具体的制度层面看，有些制度或管理办法在实践中得到了进一步的完善。如对企业的经营业绩考核日后增加了经济增加值（EVA）作为基本指标，对企业负责人的薪酬管理增加了对职务消费的规范等。有些措施没能延续做下去。如向海内外公开招聘中央企业高管的工作只进行了4年，原因应是体制内对国有企业负责人的选任和管理办法与市场化选聘的差异太大，两个方向很难相互融合。有些管理制度或办法逐渐出现了副作用。如对中央企业经营业绩考核公式中规模因素的权重过大，容易引导企业片面追求做大规模；对企业的主业管理一度缺乏弹性，非主业项目一律不准投资，客观上会影响企业进行产业结构调整的合理空间等。
但无论如何，这一轮制度建设基本实现了对中央企业的国有资产“先管起来”的目标，授权监管的企业不致再出现重大的失控性问题，接下来就能够集中精力去解决国有企业改革和结构调整中的一些重点难点问题了。