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2002年11月，党的十六大召开。十六大提出了坚持和完善基本经济制度，深化国有资产管理体制改革的任务。
党的十六大报告明确提出：“继续调整国有经济的布局和结构，改革国有资产管理体制，是深化经济体制改革的重大任务。在坚持国家所有的前提下，充分发挥中央和地方两个积极性。国家要制定法律法规，建立中央政府和地方政府分别代表国家履行出资人职责，享有所有者权益，权利、义务和责任相统一，管资产和管人、管事相结合的国有资产管理体制。”“中央政府和省、市（地）两级地方政府设立国有资产管理机构。继续探索有效的国有资产经营体制和方式。”
党中央文件如此表述已经不是原则性的，而是非常的明确。
此时，启动国有资产管理体制改革的决策非常及时和重要。当时一些国有大企业的经营状态尚好，但并不是基于体制机制的改革和结构的调整优化，而是因为其他所有制企业资本积累还有限、实力还不够强，还不足以在一些规模经济要求较高的领域对国有大企业形成直接冲击。如果再拖上几年，其他所有制企业实力增强了、规模做大了，国有大企业这条线就未必守得住，尤其是竞争性企业很可能会步国有中型企业的后尘。从改革阶段性衔接的角度，党的十六大启动国有资产管理体制改革的重大决策正当其时。
2003年3月，第十届全国人民代表大会第一次会议批准了国务院机构改革方案，国家经贸委被撤销，原有职能分别划入其他国务院相关部门，同时决定成立国务院国有资产监督管理委员会。
2003年4月6日，国务院国资委正式挂牌成立。4月25日，国务院办公厅印发了《国务院国有资产监督管理委员会主要职责内设机构和人员编制规定》，即俗称的“三定方案”。三定方案明确，国务院国资委是国务院直属的正部级特设机构，根据国务院授权，代表国家履行国有资产出资人职责，其监管范围是不含金融类企业的中央所属企业的国有资产。
国务院国资委三定方案的确定，是党中央、国务院对各部门相关职能进行了重大调整的结果。划入国资委的主要职责包括：原国家经贸委指导国有企业改革和管理的职责；原中央企业工作委员会的职责；财政部有关国有资产管理的部分职责；劳动和社会保障部拟订中央企业经营者收入分配政策、审核中央企业工资总额和主要负责人工资标准的职责；等等。国务院国资委的职责划入与对应部门的职责划出是完全对应的，是中央机构编制委员会办公室（中央编委）事先研究好的。但实际的划转过程并不很顺利，一些部门不愿意把职责划出，很多是由高层领导出面协调，才把相关的职责调整工作完成。
客观上讲，这样的划转使国资委拥有了其他部门的原有职权，属于“动了别人的奶酪”，这就会有后遗症。
上述调整组合后国务院国资委的主要职责包括：根据国务院授权，依照《公司法》等法律法规，对所监管企业履行出资人职责，对企业国有资产的保值增值进行监督，加强国有资产的管理工作，指导推进国有企业的改革和重组，推进国有企业的现代企业制度建设，完善公司治理结构，推动国有经济结构和布局的战略性调整；代表国家向部分大型企业派出监事会，负责监事会的日常管理工作；通过法定程序对企业负责人进行任免、考核并根据其经营业绩进行奖惩，建立符合社会主义市场经济体制和现代企业制度要求的选人、用人机制，完善经营者激励和约束制度；通过统计、稽核对所监管国有资产的保值增值情况进行监管，建立和完善国有资产保值增值指标体系，拟订考核标准，维护国有资产出资人的权益；起草国有资产管理的法律、行政法规；制定有关规章制度，依法对地方国有资产管理进行指导和监督；承办国务院交办的其他事项。
在这样一套职责配备下，除中组部和中纪委对53户中央重要企业主要负责人的选任、管理和查处权外，授权范围内国有企业的出资人职责基本归并到位，中国政府历史上第一次在内部实现了政资分开。这是我国国有企业改革迈出的重要一步。
国务院国资委不计外派监事会共有555名编制，在当时各政府机构中是比较充裕的。工作人员由四个方面组合而成：原中央企业工委的全部，原国家经贸委未转入其他政府部门的司局，财政部负责国有资产管理的两个司，中组部负责国有企业领导人员管理的半个局。这样的人员构成实际上并不很理想，因为相当一部分人员以往并没有真正做过经济工作，尤其是企业工作，需要逐步学习和适应。好在国务院国资委第一任主任李荣融、第一任党委书记李毅中都有长期的企业工作阅历，经验丰富，可以胜任这样的业务性质。
国资委组建时设立了18个业务司局，包括办公厅（党委办公室）、政策法规局、业绩考核局、统计评价局、产权管理局、规划发展局、企业改革局、企业改组局（全国企业兼并破产和职工再就业工作办公室）、企业分配局、监事会工作局、企业领导人员管理一局、企业领导人员管理二局、党建工作局（党委组织部）、宣传工作局（党委宣传部）、群众工作局（党委群众工作部、党委统战部）、研究室、外事局、人事局。这样的机构设置基本体现了国务院国资委的职责定位，也反映了参与组建各方的现实平衡。2003年10月，国务院办公厅印发通知，公布了纳入国务院国资委履行出资人职责的189户中央企业的名单，后来又增加到196户。
2003年5月，国务院国资委与国务院法制办共同起草的《企业国有资产监督管理暂行条例》经国务院常务会议讨论通过，并以国务院令第378号的形式正式发布实施。这个文件明确了企业国有资产管理体制的基本框架：一是在坚持国有资产由国家统一所有的前提下，由中央人民政府和地方人民政府分别代表国家履行出资人职责；二是明确要求在国务院、省级、地市级人民政府设立专门的国有资产监督管理机构，根据同级人民政府授权，依法履行出资人职责，并按照“权利、义务和责任相统一，管资产与管人、管事相结合”的原则，规定了国有资产监督管理机构的职责和任务；三是明确要求各级人民政府实行政资分开，国有资产监督管理机构不行使政府的社会公共管理职责，政府其他部门、机构不履行企业国有资产出资人职责；四是所出资企业及其投资设立的企业享有有关法律、行政法规规定的企业经营自主权，国有资产监督管理机构除履行出资人职责外，不得干预企业的生产经营活动；等等。这个暂行条例以行政法规的形式，为开展企业国有资产监督管理工作提供了法律依据，国务院国资委开始转入正常运作时期。
外界一般认为，国务院国资委是一个权力很大的机构。但实际上，国资委面对的首先是挑战，而不是权力。
第一，国有资产出资人业务性质的挑战。对国有企业进行出资人管理在中国是全新的实践。以往政府部门对国有企业都是基于报告和审批制度的行政管理，出资人代表机构应该做什么、不应该做什么，并没有可借鉴的经验。出资人监管企业，包括指导国有企业的改革，是一项专业性要求很高的工作。国资委的工作人员大都是党政机关干部出身，对企业运作的了解非常有限，人员的业务知识结构能否适应是一个很大的问题。出资人职责集中对开展工作是好事，但如果定位不准、监管不当，矛盾会表现得更加突出。
第二，国有企业改革继续深化的挑战。2003年之前，国有企业改革的主要进展是在“退”的方面，而且是在竞争失利形势下的被动退却，仍在国有体制下的大企业的改革发展问题并未解决。尤其是中央级的国有企业，由于没有地方政府的支持，很多难题自己解决不了，自身又没有受到很大的改革推动，观念和机制僵化、历史负担沉重的状态依旧。在其他所有制企业的规模和实力越来越大、市场竞争日趋激烈的大背景下，这批中央企业能不能改革好、发展好，能不能在市场竞争中站得住脚，都还有待在实践中回答。
第三，监管能力的挑战。国资委成立时归并了企业国有资产出资人的相关职责，但并不是全部。重要的中央企业，即“53户企业”主要负责人的任免和查处权并不在国资委的职责范围内。社会上有一句俗话，“谁管帽子就听谁的”
，不是完全没有道理。中央企业的负责人都不是一般人物，其眼界、能力、见识、背景和行业影响力都不容小觑。这些中央企业负责人都不是轻易能“服”谁的，他们是不是认同国资委的工作、愿不愿意接受国资委的管理，对国资委的业务水平和监管能力是一个非常大的考验。
第四，责任清晰化的挑战。我国的一些政府部门有很强的“抓权”文化，原因是这些部门的工作实际上很难说清楚责任，也没有制度化的问责机制，不承担责任的部门永远不嫌权大。在以往多头管理的格局下，国有企业改革发展得好与不好在政府层面找不到真正的责任机构，各个相关部门的压力都不大。国资委成立后，对国有企业的监管职责相对集中了，责任也随之清晰化了。如果国有企业的改革和发展状态不理想，或者出现了重大问题，国资委无法把责任推到任何一个方向。责任非常之明确，压力非常之大。