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国有大企业之前所经历的改革，主要是建立现代企业制度的全国性试点。这项试点的规格很高、范围很大，从中央到地方各个层面倾注了极大的努力、寄予了很高的期望，企业层面的操作也非常认真，但未能取得实质性的预期效果。
在试点中，企业都按照《公司法》进行了改制，建立了董事会、监事会、经理班子等公司法人治理结构，运作方式也按《公司法》的要求进行了规范。但是，由于企业国有资产出资人不明确、不到位，公司治理机构完全由企业内部人员组成，而且成员高度重合。国有资产出资人缺位使企业由内部人控制的格局依旧，没有人代表国家股东对企业提出要求、进行督导，因而企业的行为没有实质性变化；规范运作要求较严时还经常“叠床架屋”，同一批人开完了董事会再开总经理办公会，角色转换非常困难，而且降低了工作效率，以致有一段时间有关方面曾要求国有企业撤销董事会。
对于国有大企业而言，由于改制后仍是国有或国有控股企业，仍在国有的体制框架内，政府和企业的关系就成为一个绕不过去的问题，也是一直让人非常纠结的难题。
从计划经济转向社会主义市场经济，“政企分开”是主导的方向。此前的改革在这个方向上进行了大量探索，力度不可谓不大，一些地方甚至进行了“无上级企业”的改革试点，以彻底消除行政干预。政企不分、政府不放手，企业就难有活力；政府放手了、政企分开了，又会带来内部人控制问题，这又使政府难以接受，因为守护国有资产是政府的责任，而且国有企业一旦出了乱子仍然要由政府来收拾残局。
放开了失控、收紧了管死的反复循环，促使人们的认识逐渐深化。国有企业经营的是国有资产，国有企业与政府的关系不可能完全切断；完全切断了国有企业和政府的关系，企业国有资产就真正成为无人管理、无人负责的“无主资产”，国有资产流失不可避免，企业本身也会出现大的问题。因此，对国有企业而言，实现政企分开的前提是政府内部的政资分开，使政府的社会公共管理职能与企业国有资产管理职能相分离，这是国有企业实现政企分开唯一可行的途径。
所以，“政府和企业要分开、国有资产出资人要到位”，应该是国有企业构建政企关系唯一合理的框架。得出这个结论我们大约用了20年时间。
国有资产管理问题中央有关文件提出的很早。在1991年4月通过的《中华人民共和国国民经济和社会发展十年规划和第八个五年计划纲要》中，在强调继续坚持和完善企业承包经营责任制的同时提出，加强国有资产的管理，逐步建立与社会主义有计划商品经济相适应的国有资产管理体制和管理办法。
1993年11月，党的十四届三中全会通过的《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》讲得更加明确：“对国有资产实行国家统一所有、政府分级监管、企业自主经营的体制。按照政府的社会经济管理职能和国有资产所有者职能分开的原则，积极探索国有资产管理和经营的合理形式和途径。加强中央和省、自治区、直辖市两级政府专司国有资产管理的机构。”提出如此明确的要求，显然与之前国家国有资产管理局（简称国资局）的开创性工作和一些地方政府进行的探索有关。
1988年3月，第七届全国人大批准了国务院机构改革方案，建立归口财政部的国家国有资产管理局，这是中国第一个专司国有资产管理的政府职能机构。国资局最初的管理职能比较宽泛，1994年再次进行了明确：“按照建立社会主义市场经济体制的要求，国家国有资产管理局要加强国有资产的综合管理，重点是对各类企业占有、使用的国有资产进行宏观管理，配合有关部门共同进行国有资源性资产的管理工作，加强对地方国有资产管理工作的指导、监督。”
国资局成立后，在国有资产管理方面进行了大量开创性工作。一是在全国范围内组织开展清产核资，不仅包括经营性国有资产，还涵盖了资源性国有资产和行政事业单位占用的国有资产；二是研究制定了比较完整的国有资产基础管理的政策体系，包括产权管理、产权界定、产权交易、资产评估、清产核资、国有股权管理、国有资产统计等。这些方面的工作奠定了中国国有资产管理最初的基础。
由于国资局的职责定位是对企业占有、使用的国有资产进行“宏观管理”，以及当时对国有企业实际管理的既定格局所限，国资局实质上是一个国有资产管理的政策制定部门，而不是一个企业国有资产的出资人代表机构。因为“政资分开”的改革当时还没有提上日程，很多党政部门还都拥有某一方面“资”的职能。
国资局在国有资产管理政策制定方面所做的工作意义重大，但对一家具体的国有企业而言，国资局仅仅是当时可以参与管理的众多政府部门之一，而且是一个相对不太重要的部门。当时国有企业最直接的管理主体是行业主管部门，企业领导人员的选任、投资管理、薪酬分配、改革指导等职权都由其他部门掌控。在多头管理的既定格局下，国资局能够发挥的作用十分有限，这一点在国有中小企业改革时对国有资产未能进行有效管理的情况中看得很清楚。国资局一旦想发挥更积极的作用，就会与其他党政部门发生直接的摩擦和冲突；这种情况发生过多次，可能是当年国资局最为苦恼的事情。
在中央提出探索国有资产管理及经营形式的任务后，一些中心城市政府率先进行了这方面的探索。其中在全国影响较大、最为典型的是上海市和深圳市的做法。
这两个城市最初都研究构造出三个层次的国有资产管理和经营的构架：第一个层次是专司国有资产管理的行政机构，第二个层次是国有资产经营公司，第三个层次是国有独资、控股、参股企业。两个城市第一和第三个层次的差别不大，第二个层次的组建方式不一样，结果则完全不同。
深圳市于1992年、上海市于1993年分别成立了市级国有资产管理委员会，由市委、市政府的主要领导同志牵头，各有关党政部门的主要负责人参加，作为市级国有资产管理的最高机构，之下设立国资办作为常设办事机构。国资办的组建意义重大，使原由各部门分散行使的国有企业管理职能初步实现集中化和一体化，可以理解是日后市一级国资委的雏形。
上海的国有资产经营公司最初由各工业局改建。这些工业局原先就是一层管理实体，内部有一批行业人才，与下属国有企业有长期的管理关系。这种背景下的改建以及母子公司体制构造比较自然和顺利，日后通过进一步的调整和改革，行业特征和行政色彩逐步淡化，最终成为大型企业集团。上海的模式实际上演变成两层结构：国有资产出资人代表机构直接面对大型企业集团。
深圳是一个新兴城市，原来并没有很“实”的行业管理部门，最初的三家国有资产经营公司是由政府新建的。但公司成立后与各方面的矛盾不断，向上与市国资办在权力、责任、管理范围方面纠结不清、摩擦频发，向下对企业收权、搞审批、直接干预过多，最后不得不在2003年撤销，重新构造出两层结构。这些城市的探索，都为以后企业国有资产管理体制改革提供了宝贵的实践基础。
稽察特派员制度也是想使国有资产出资人职能到位的一种尝试。在朱镕基总理的主导下，1998年国务院进行了一次力度很大的机构改革，冶金、机械、化工等9个国家工业部被撤销，改组为由国家经贸委管理的国家工业局，这次改革中最大的变化是国家工业局已不再具有管理企业的职能。撤销行业管理部门是我国政企分开改革迈出的重要一步，但行业部门撤销后对原直属企业出现了两个管理上的缺口，一是对企业负责人选任和管理的缺口，二是对企业监督的缺口。干部管理的缺口由同年成立的中央大型企业工委承接，监督管理的缺口则由同年建立的稽察特派员制度来承担。
1998年3月，第九届全国人大通过了《国务院机构改革方案》，决定由国务院向国有重点大型企业派出稽察特派员，负责监督企业的资产运营和盈亏情况。稽察特派员由国务院任免，一般由部级、副部级国家工作人员担任。国务院为此专门设立了稽察特派员总署，工作机构设在国家人事部。稽察特派员制度在中国的国情条件下是一种力度很大、见效很快的监督方式，派出后发现并查处了一批违法违纪案件，其威慑的效果使得国有企业中的腐败问题、财务失真问题开始减少。加强监督是企业国有资产管理的一项重要职能，但仍难以涵盖企业国有资产管理职能的全部。
在2003年之前，政府对国有大企业管理最突出的特点是政企不分基础上的多部门共管，许多党政部门都有某一方面的管理权限，有时在一个方向上还不止一个部门在参与管理。
多头管理在不同时期略有差异。大致的格局是：重要企业主要负责人是组织部门选任和管理，副职早期由行业主管部门、机构改革后由中央企业工委选任；企业的基本建设投资由国家计委审批，技术改造投资由国家经贸委审批；企业国有资产管理的职能在国资局，1998年国资局撤销后由财政部直接负责；国有企业的收入分配由劳动部门管理，包括企业负责人的工资标准和企业的工资总额；国有企业改革在国家体改委撤销后由国家经贸委负责，国家计委负责行业改革和计划单列企业集团的试点工作；对国有企业的外部监督由人事部稽察特派员总署负责，中央纪检委和审计署也有很大的监督检查权力。
这种管理格局就是当年被广泛诟病的“五龙治水”“九龙治水”的格局。多头管理造成的问题是多方面的。
一是政企不分、责任不清。由于政府部门对国有企业的管理大都很具体，企业的自主权有限，企业出了问题自身要承担什么责任说不清楚；同时，由于众多部门都从不同方向在实施管理，政府层面的管理责任也说不清楚。当年一些国有大企业出了问题，国务院要求查清责任，但几乎无一能够查清真正的责任者或责任机构。
二是政策方向不一致，企业无所适从。参与管理的各个部门职责不同、价值取向差异很大，对改革的认识也不一样。各个部门都按照自己的想法向企业发文件、提要求、进行检查，政策方向不一致难以避免。“上面多条线、下面一根针”，政策矛盾都集中到了基层；党政部门都是领导，企业听谁的、不听谁的都很为难。
三是部门协调的难度很大。对国有大企业的管理权分散配置于不同的机构，任何一个部门的权限都不足以推动企业的整体工作，而部门之间又很难合作，除非高层领导出面，否则谁也协调不动谁。尤其在企业出现重大危机时，任何一个部门的权限都解决不了问题，只能把最高层推到第一线，这是个运行成本极高的体制。
对于国有企业而言，政府必然要代表国家对企业行使特定权力，单方向强调“分开”，国家所有权就“虚置”了，结果只能是内部人控制。但国家所有权如何体现、如何组织，特别需要深入研究和探索。国家所有权组织合理、行使有效率则效应是正面的，反之效应是负面的。因此，国家所有权如何组织好、行使好，是国有企业改革一个基本的逻辑起点，之后才谈得上企业层面的改革问题。
多部门分权管理无疑也是国家所有权行使的一种具体形式，但这种形式既不科学，也不合理，企业的自主权无法保证，国家所有权的行使也没有效率，而且部门之间协调过程中的内耗太大。如果不改变这种不科学、不合理的管理体制，国有大企业要想改革好、发展好非常困难。
政企不分、多头管理、无人负责的体制弊端显而易见，但想改变并不容易，对任何一个实权部门而言这都是个敏感话题。国有企业困难的时候矛盾小一些，贸然介入有可能招来麻烦；国有企业状态好的时候问题会非常突出，谁都希望对优质资源具有影响力。涉及部门的既有权力大家都不会主动退让，这几乎是所有行政机构一个本能的行为；即使部门的领导能从大局出发想放掉某些权力，下面也会有很大阻力。这一点大家心知肚明，但都讳莫如深。解决这种问题需要中央领导下大的决心，推动大力度的改革。