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根据部门的职责和国务院的要求，国家经贸委负责国有企业三年改革脱困的组织实施工作。
党的十五届一中全会正式提出的国有企业改革和脱困的目标是，“从1998年起，用三年左右的时间，通过改革、改组、改造和加强管理，使大多数国有大中型亏损企业摆脱困境，力争到本世纪末大多数国有大中型骨干企业初步建立起现代企业制度”。作为第一线的工作机构，国家经贸委需要把中央的方向性要求形成一套具体的、可以操作的工作方案。
第一是目标设定。“初步建立起现代企业制度”的目标基本延续了现代企业制度试点时的提法，是不能不说的，但很难将目标定量化；各方面更加关注的是，“大多数”需要摆脱困境的国有大中型亏损企业如何具体化。
这一问题在国家经贸委内部的争论就很大。有一种意见非常激进，提出要使国有大中型企业的亏损面下降到20%，上报国务院后没有得到答复；另一种意见认为，当时国有大中型企业不计潜亏的亏损面是39.1%，其他所有制大中型企业约为30%，要把国有大中型企业的亏损面压到比其他所有制企业还低是做不到的，目标设定要留有余地。
经过上上下下、反反复复的沟通，最后在吴邦国副总理的主持下，明确了国有企业脱困的具体目标。所谓“大多数国有大中型亏损企业”，是指1997年底的6599户国有及国有控股大中型亏损企业中的大多数。这个目标尚有一定的弹性和余地。
第二是建立工作的组织体系。为加强对企业脱困工作的组织领导，国家经贸委专门成立了一个临时机构——国有企业脱困工作办公室。由于没有行政编制，除办公室主任由企业改革司司长兼任外，其他人员都是借调的。
这个办公室的主要职责是：统一负责全国国有企业脱困的组织、指导、协调及督促检查工作，综合掌握分析全国企业脱困工作的进展情况，及时总结并组织交流企业脱困工作的典型经验，提出企业脱困工作的有关意见和建议。随之，各省市也相应成立了由省市主要领导为组长的国有企业脱困工作领导小组，在省市经贸委设立了专门的工作机构。由此形成了一套自上而下完整的工作体系。
第三是建立相关的工作制度。为把脱困工作落到实处，企业脱困工作办公室制定了几项基本的工作制度在全国范围内推行。
一是脱困工作的指导责任制度。在与地方政府、各行业管理部门和企业协商的基础上，根据企业的隶属关系，为每一户重点脱困企业明确了一个政府部门作为指导单位。地方企业由地方政府负责指导、中央企业由行业主管部门负责指导；负责指导的政府部门要帮助企业制定脱困方案，落实脱困措施。建立这项制度的主要目的是弥补国有资产出资人不到位的制度缺口，用行政的办法强化对亏损企业的督导，同时压实政府一方的责任。
二是脱困工作联席会议制度。国有企业脱困涉及多方面的政策和许多政府部门，必须建立制度化的协调机制以形成政策合力。从国家经贸委到各省市都建立了企业脱困工作联席会议制度，经贸委、财政、银行、劳动、组织、人事、税务等部门参加，定期通报情况、分析问题，研究和完善相关政策。
三是脱困工作跟踪监测和定期通报制度。为实现三年脱困目标，各省市和各行业主管部门都编制了自己的三年脱困规划，并逐级分解了责任。为及时掌握工作的进展情况，国家经贸委和国家统计局经过协商，对6599户国有大中型亏损企业的脱困进度和国有及国有控股大中型新增亏损企业的动态变化进行跟踪。国家经贸委按月将情况分析汇总报送国务院，同时向各省市通报。跟踪监测和定期通报制度可以及时掌握脱困工作的进展情况，也大大增强了各级政府和企业的责任和动力。
这样一套工作系统的建立，把中央对国有企业改革脱困的原则性要求转化成为一套目标明确、边界清晰、责任到位、进度可测的工作机制，保证了企业改革脱困工作的有序推进。
为支持国有企业三年改革脱困工作，国务院制定并实施了积极的财政政策和稳健的货币政策，创造出相对宽松的宏观经济环境。在1998—2000年的三年间，中央政府共发行了3600亿元的长期建设国债，主要用于扩大基础设施投资以扩大内需；中央银行在这期间连续降息，降低了企业的融资成本，同时也分流了部分储蓄资金进入消费，拉动了国内消费市场。1998年，国家开始严打走私、整顿市场秩序，一些受走私货冲击的商品价格逐步回升，使国内相关行业和企业的生产经营环境得到改善。上述宏观经济政策都从不同的角度支持了国有企业的改革脱困工作。
与国有企业改革脱困工作直接相关的国家政策大致可分为两种类型：专项政策和普适性政策。专项政策主要是中央政府出台的纺织压锭、行业性的企业下放、债转股、技改贴息、减员增效等，是针对特定困难行业和特定类型企业的政策。
国有企业改革脱困首先从已经连续6年全行业亏损的国有纺织行业展开。1998年2月，国务院发布了《国务院关于纺织工业深化改革调整结构解困扭亏工作有关问题的通知》，即“国发〔1998〕2号”文件（以下简称“国发2号文件”）。文件提出的主要目标是：从1998年起，用3年左右时间压缩淘汰落后棉纺锭1000万锭，分流安置下岗职工120万人，到2000年实现全行业扭亏为盈。
国发2号文件明确的支持政策主要是：对压锭企业给予财政补贴和银行贴息贷款，资金主要用于新产品开发和分流安置下岗职工；全国用于企业兼并破产的银行呆坏账准备金核销规模向国有大中型纺织工业企业倾斜；妥善分流安置下岗职工，由本企业的再就业服务中心保证下岗职工的基本生活和养老、医疗保险费用支出；企业在资产重组中被置换出的土地，其使用权在处置后的收益，可全额用于企业分流安置下岗职工和减债；等等。
1998年初，上海纺织工业敲响了“全国压锭第一锤”。到1999年底，全国纺织行业累计压锭906万锭，分流安置职工116万人，从净亏损转为盈利9.5亿元，提前一年实现了行业脱困的目标。到2000年底，国有纺织行业实现利润达到了67亿元，以纺织行业为突破口的战役取得了成功。
现在回过头去看，当时各方面对国有纺织行业面临问题的认识还不是十分清晰。当时比较普遍的看法是，国有纺织行业之所以陷入困境，主要是因为重复建设、产能过剩，因而支持纺织行业脱困的政策中提出了“坚决控制新增棉纺生产能力”的要求，包括对纺织机械的生产和销售进行控制。
这样的措施对当时纺织行业整体而言有合理的一面。但国有纺织企业更深层次的困境，在于乡镇、民营纺织企业的发展对城市同类企业造成的成本挤压。纺织行业是典型的劳动密集型产业，人工成本占总成本的比重很高。与那些使用农民工的农村企业相比，城市中的国有纺织企业富余人员过多、用工成本太高、各类负担过重，在生产成本和产品价格上完全没有竞争力，这种比较劣势几乎无法改变，虽然压锭政策可以在短期内缓解一些压力。
因此，那些曾经压了锭、减了员的城市国有纺织企业，日后都通过政策性破产的途径退出了市场。但国有纺织企业的全面退出是从纺织压锭这个突破口开始的。
为解决一些困难行业中的国有亏损企业问题，从1998年开始，国家对一些行业的管理体制进行了调整。1998年7月，国务院下发了《国务院关于改革国有重点煤矿管理体制有关问题的通知》，即“国发〔1998〕22号”文件，将原煤炭工业部直接管理的94户国有重点煤矿下放地方管理。2000年国务院又下发了《国务院关于调整中央所属有色金属企事业单位管理体制有关问题的通知》，即“国发〔2000〕17号”文件，将大部分中央有色金属企业下放地方管理。
当时受亚洲金融危机的影响，国内和国际市场的需求不足，大宗产品的市场价格持续下跌，国有煤炭和有色行业都处于全行业亏损的状态，企业的生产经营和职工的生活都非常困难。
这两个行业中都有一些规模很大的国有企业，职工人数很多，如1998年时，国有重点煤矿在职职工总数达到了320多万人。而且，这两个行业中都有一些资源已经枯竭的矿山企业，如煤炭行业的本溪矿务局、鸡西矿务局，有色金属行业的杨家杖子矿务局等。这些资源枯竭的矿山企业都是独立工矿区，不但职工人数多，而且办社会职能齐全，包括学校、医院、公安、消防、供水、供暖、物业管理等机构，每年企业都要给予这些机构大量补贴维持运转。处置这类资源枯竭型矿山企业的难度非常大，经常发生一些重大群体性事件。
把困难的中央企业下放给地方管理，多少有一些甩包袱之嫌，但也是合理的无奈之举。在处置困难企业方面，中央政府、中央企业都没有足够的能力和手段。下岗职工要由地方负责安置，办社会机构要由地方接收，维护稳定仍然要靠地方政府上手，地方政府在这些方面更接地气、更有办法。
当然，企业下放时中央政府给了地方相应的政策支持和政策优惠。如煤矿企业下放时明确：企业原享受的亏损补贴按原基数划转地方，事业单位的经费指标按原基数划转；继续执行中央财政对国有重点煤矿的亏损补贴、增值税定额返还政策；企业下放后，所得税不再上缴中央而是全额交给地方财政，企业税后利润不再上缴而是全部留给企业；等等。同时也明确了，下放后企业的安全生产、扭亏增盈、职工下岗分流、实施再就业工程及社会保障等方面的工作，要纳入地方统一安排。以后的情况表明，企业下放对于煤炭、有色行业的结构调整和扭亏脱困都发挥了积极的作用。
债转股被称为国有企业三年改革脱困的“撒手锏”政策之一。资产负债率过高是国有企业普遍存在的问题，其中部分原因是当年执行“拨改贷”政策造成的。从1981年开始，国家基本建设投资由财政拨款转为银行贷款，很多基本建设项目建成投产后成为几乎没有国家资本金的国有企业。
例如，湖北荆襄化工集团是国家重点基本建设项目，由于全部靠银行贷款建设，建成后账面的所有者权益已是负值。加上建设期间汇率、利率变化和建设工期延长等因素造成资产大幅度减值，建成后经会计师事务所评估的资产负债率已达223%，导致企业无法正常运转，一万多名职工的生活非常困难，并不断出现不稳定事件。荆襄化工集团成为湖北省企业脱困工作的重点和难点。这些新建企业的装备水平大都不太差，但债务负担沉重、财务费用过高，债转股实际是对当年“拨改贷”的一种政策补偿。
1998年底召开的中央经济工作会议决定，组建四家金融资产管理公司，依法处置四大国有商业银行原有的不良贷款，并作为投资主体，对一些具备条件的贷款企业进行债转股，以优化国有企业的资产负债结构。
债转股的操作具有潜在的道德风险，必须进行严格控制。1999年7月，国家经贸委、中国人民银行发布了《关于实施债权转股权的若干问题的意见》，即“国经贸产业〔1999〕727号”文件（以下简称“727号文件”），明确了债转股企业选择的范围、条件以及相关的操作程序。
727号文件明确，被选企业应是主要靠商业银行贷款建成投产、负债过高导致亏损，通过债转股可以转亏为盈的工业企业，以及国家重点企业中，因改建扩建使负债过重、通过优化资产负债结构可以转亏为盈的工业企业。同时要求，这些企业的产品要适销对路，工艺装备较好，企业管理水平较高，领导班子较强。在操作程序上，由国家经贸委提出企业初选名单，金融资产管理公司独立评审确认，最后报国务院批准实施。
按照文件规定的目标企业和工作程序，到2000年12月，有580户国有工业企业实现了债转股，总金额4050亿元。债转股的直接效果是每年可以减少企业利息支出约200亿元，其中80%的企业当年就扭亏为盈。
债转股对企业的短期效果立竿见影。企业的负债率显著下降、利息负担大大减轻，可以为企业争取出一段宝贵的、可以进行改革和结构调整的时间。债转股的长期效应如何则取决于多方面因素，企业自身的改革、管理和结构调整当然很重要，但企业的产业定位可能更加重要。如果债转股企业所处的行业有一个较长时间的扩张期，债转股的长期效果会非常好，有些债转股企业日后还成功上市，金融资产管理公司的退出也有保障；如果情况相反，转股企业很可能再度陷入困境，有些企业最后不得不实施了破产。
至于当时各方面批评较多的建立现代企业制度改革不到位的问题，可能也不能苛求。债转股的确给了企业建立现代公司制度的机会，但并没有提供必要的条件。
从转股企业的角度，债转股无疑是一次为脱困而减债难得的政策机遇，但让股东真正参与公司治理的意识并未确立；从金融资产管理公司的角度，机构草创、专业人员不足，又是以变现退出为目标的阶段性持股，与企业的原有股东很难协调一致。而且，当时对企业的日常管理、企业负责人的选任都还掌握在企业主管部门和组织部门的手中，企业的投资项目都要经过上级政府部门的审批，在很多重大问题上股东根本没有发挥作用的余地。在这种现实情况下，把这一轮债转股看成对特定类型企业的脱困措施，而不是建立现代企业制度的改革措施，可能更符合实际。
技改贴息也被认为是国有企业改革脱困的“撒手锏”政策之一，主要针对的是因技术改造欠账太多的国有老企业。1999年6月，国务院决定从增发的国债中每年专门划出90亿元，用于企业技改和产业升级的贷款贴息。同年10月，国家经贸委会同有关部门印发了《国家重点技术改造项目管理办法》和《国家重点技术改造项目国债专项资金管理办法》，使这项政策有了具体的工作依据。
这两个文件明确，所称的国家重点技术改造项目，是指用国债专项资金支持的、由国家组织安排的技术改造贷款项目；实施国家重点技术改造项目的企业，重点从512户重点企业、120户试点企业集团和行业骨干企业中进行选择，适当向东北老工业基地和中西部地区倾斜；技改项目要求采用国内外先进技术，对所选择企业进行系统的改造，提高工艺装备水平。文件还要求建立健全项目后评价制度，项目决策失误的要严格追究有关部门一把手和项目评估论证者的责任；凡因企业选择不准而造成项目亏损的，要追究省级经贸委和地方有关部门一把手的行政责任。
截至2000年底，国家经贸委分四批安排了重点技术改造国债资金项目880项，总投资规模2400亿元，其中国债贴息资金195亿元。国债技改贴息资金的投入调动了企业技术改造的积极性，扭转了国有企业技改投资增幅连年下降的趋势，重点行业、重点企业的技术装备水平确实有所提高。当然，由于具体企业的情况非常复杂，项目成功与否也不好在某个时点上做出判断，责任追究之事很难真正实施。
上述几个方面的专项政策都从不同的角度，不同程度地缓解了特定行业和特定类型企业的困难。除了困难行业的企业下放外，这些政策本质上都还属于传统体制下中央政府对困难企业的政策扶持。由于困难企业的数量太多，都需要给予支持和帮助，政策分解下去后的力度都很有限，短期效果肯定是正面的，但都不足以彻底解决问题，尤其缺乏体制和结构上的实质性改变。
与上述专项政策并行推进的，是面上普适性的改革和结构调整措施，主要是国有中小企业改革、国有企业的兼并破产、再就业和社会保障制度建设。这三方面工作主要是在中央政府的支持下，由地方政府负责推动和操作。与前述的专项政策相比，这些工作解决问题更加彻底，对国有企业的改革脱困更具有普遍性的意义和价值。