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实验推拿学的研究主要包含文献研究、动物实验和临床试验三部分。应该说所有的研究都必然从文献研究开始，动物实验和临床试验的研究结果都会产生研究数据，这些数据会成为文献为后续的研究打下基础。动物实验的研究是为临床试验服务的，某些推拿试验具有无创和无毒副作用的特点，可以直接开展临床试验。
文献研究是在大量收集、阅读原始文献的基础上，经过综合、分析思考、归纳而写成的研究成果。文献综述是常见表述形式，常带有作者的评述性见解。文献研究具有以下特点。
综述是根据研究者所选的特定专题，搜集大量的资料，组织布局编辑而成。综合性要求文献检索查全。
文献综述具有时限性。其时限跨度可根据文献获取数量、难易程度、是否满足研究要求而定，如强调“新进展”则时限跨度一般为近 2～ 3 年；如着重回顾发展过程，总结经验教训，则跨度可为近10 年甚至更长。
与书籍相比较，较短的发表周期和同行专家评议制度可提高医药期刊论文信息性和权威性，定期举办的学术会议论文具有更强的时效性。从多途径搜集某一专题资料信息，可以帮助科研人员敏锐地发现前人研究的空白和不足之处。研究工作者在此基础上确立研究方向，评估研究收益和风险，制定研究策略。
综述研究既要综合归纳，又要分析探讨；既能看到学科发展的脉络，又能展望学科前景。综述可大可小，既对学科领域开展综合评述，又可针对某一点深挖做专题讨论。
由于文献综述综合性、时限性、信息性和学术性的特点，合格的文献检索基本功是综述的基石，扎实的学科专业基础知识必不可少。综述撰写者一般来说需要严格的训练，综述撰写者需要对本学科具有深厚的情感。从事推拿科研的工作人员需要持久的学术发展规划规划，经过一定时期地训练，文献综述的质量和水平会不断提高。人类活动和特定的历史背景有密切关系，文献综述不可脱离其特殊的历史背景。
临床研究以人为试验对象，以临床疗效观察、分析或对比为主，研究者通过科学设计，严格控制干预措施，进行疗效评估。临床研究一般可分为回顾性研究和前瞻性研究。回顾性临床研究是从以往临床病例资料中，选择某一时间段临床资料进行整理、分析，以从中总结经验、找出规律、指导实践的研究。回顾性临床研究的特点是对已有的临床资料按统一的标准进行整理分析。回顾性临床研究也属文献研究的范畴。前瞻性临床研究可依据研究者选题和设计而开展，要求详细记录临床资料，通过对这些资料的统计分析，得出某一结论。总之，临床研究中，前瞻性研究比回顾性研究要求高，其成果的学术水平更具有领先性。
临床试验研究需要详细的临床资料，统一的诊断和疗效判定标准。相对标准的干预措施对科学的试验结论有重要意义。推拿具有地域性特色，不同流派有自己的特色手法和操作程序，明确手法名称和手法参数，规范临床操作流程，对学科发展至关重要。
近年来，循证医学方法在临床研究日益受到重视。它重视从系统研究中获取依据，使研究的结论建立在具有说服力和充分证据的基础上，从而使临床的诊疗手段或方法更具有效性和安全性。系统研究包括基础医学科学研究，但主要是指临床上有关诊断、预防、治疗和康复措施的研究。同时，循证医学亦注重临床实践中个人经验与从系统研究中获得的科学证据、结论相结合，以提高临床医生的诊断和治疗水平。
动物实验研究能弥补临床研究之不足，能进行许多在人身上不能进行的研究（特别是创伤性研究），获得许多人体研究中无法取得的信息和认识，有助于研究向纵深发展。在动物身上可复制出人类疾病的模型进行研究分析，以探讨推拿治疗该病的效应与机制。如灌大白兔冰水造成肠易激综合征（IBS）模型，然后行腹部推拿手法治疗，观察脑内某些生化指标或形态学指标的变化及脑_肠互动来研究腹部推拿对肠易激综合征的治疗机制，从而为推拿治疗各种疾病抉择最佳治疗方案提供科学理论依据。
实验动物为科学进步做出了贡献，同时科学家也在不断研究实验动物的替代新方法，比如通过实验室里培养的动物和人类细胞替代活体动物供科学家们进行毒性测试；通过计算机模拟模型预测化合物对人体的影响；用“器官芯片”和“微器官”等 3D培养技术复制人体器官功能；用能分裂成身体任何细胞的干细胞作为动物实验的替代物等。
由于实验动物和人体之间具有较大差异，动物实验结果不能机械地、不经分析地直接推论到人体，所以动物实验不能完全取代临床实验。实验研究和临床研究相互结合、互相补充，动物实验应以临床事实开展研究设计和评估研究结果，临床试验需要动物实验的研究结果作为参考和启示。