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肯尼亚的医疗设施分为药房、私人诊所、保健中心、分区医院、地区医院、私家医院、省立医院及国立医院。肯尼亚的医疗保健系统是以循序渐进的方式构建的，以便将复杂的病例提交到更高的层次，而系统中的空白由私人和教会管理的单位填补。初级保健中心和药房提供基本初级保健。药房由登记护士和注册护士经营和管理，并由各自保健中心的护理干事为普通感冒、流感、疟疾和皮肤病等简单疾病提供门诊服务。分区、地区和省立医院提供二级护理，即综合治疗和康复护理。分区医院与保健中心类似，增加了剖腹产和其他手术的手术室。地区医院通常有资源提供全面的医疗和外科服务。省立医院是区域中心，提供专科护理，包括重症监护、生命支持和专科咨询。设在内罗毕的Moi和Kenyatta综合医院提供三级护理。
截至2020年底，肯尼亚共有注册医生12 792人，护士58 000人 ［7］ 。肯尼亚普通民众就医条件较差，儿童和婴儿死亡率分别为9.2％和6％。肯尼亚部分地区有疟疾、霍乱等传染病流行，其中疟疾是最大杀手。近年来，肯尼亚疟疾、肺结核、艾滋病等疾病致死率呈逐年下降趋势。
肯尼亚医疗法律由国民议会制定。医疗管理机构分为四级，分别为中央卫生委员会、省级医疗管理部、地区医疗管理部以及社区的药房和医疗中心。中央卫生委员会负责制订政策、管理控制、开展人力资源的协作、资源的调动以及捐助者交往等。
省级医疗管理部负责监督和支持地方、地区的活动；对医疗标准的采用与管理；对医疗系统进行监督检查；财政管理和审计；继续教育；职业培训；对地区医疗管理部计划工作的调查研究等及监控地区内的一切医疗工作；对决定的财政资源及捐助基金的开支进行监控，报告社区内的村医疗委员会，对社区医疗事业进行管理。
1.公立医疗机构 肯尼亚卫生人力资源总体较为匮乏。截至2022年，肯尼亚全国注册的卫生人员约为13.7万人，其中医生仅占9.3％（12 090人）。农村药房只有20％的人员配备率，而地区医院的人员配备率达120％。整个医疗卫生系统中卫生人力经费的25％都用于两个主要的转诊医院 ［8］ 。
公立医疗服务部门分为公立医院和卫生中心。卫生中心分为预防和治疗部门，主要为民众提供疫情预防和常规医疗服务。肯尼亚的各级公立医院由地方政府管辖和拨款，绝大部分基本药物由肯尼亚基本药品供应所（以下简称KEMSA）供应。KEMSA好比一个国营大超市，从国内外医药公司采购药品再卖给本国的公立医院。公立医院从KEMSA买药物的钱则是由地方政府派发，总体来说价格相对低廉。即使是全国屈指可数的国家级教学医院，如肯雅塔这样中东非地区最先进的医院之一，也是中等收入人群可以负担的。
2.非营利私立机构 由教会组织及非政府组织组成，其中包括教会医疗机构（医院、诊所和药房）和教会药品供应机构 ［7］ 。
3.私立营利机构 包括医疗设施、医疗分销商/供应商、药物/医疗器械制造商、卫生保障机构（例如医疗保险公司），以及医疗信息通信技术、医疗管理咨询和培训机构。
肯尼亚医疗机构包括公立医疗机构（48％）、私立非营利组织［包括信仰医院和教会医院（8％）以及当地和国际非政府组织（3％）］和私立营利医疗机构（41％）。肯尼亚目前所有医疗保险覆盖率整体为20％，覆盖人群数提高到了约960万，其中全国医院保险基金约760万人、商业医疗保险约150万人、社区医疗保险约50万人。
1.公共医疗保险 初级保健中心和药房提供基本的政府资助的公共保健。KEMSA向政府药房提供药品和医疗用品。虽然非肯尼亚本国公民仍可以享受公共医疗的服务，但他们将面临的标准远低于他们习惯的标准。居住在肯尼亚的外籍人士会发现，公共医疗设施往往人手不足，设备简陋，供应不足。中部省和内罗毕提供了最好的公共医疗设施，而东北省是最不发达的。
据国民保健署报告，2012—2013年政府保健支出占6.1％，达2340亿肯尼亚先令（占国内生产总值的6.8％），国民自付资金占26.6％。支出占比最多的疾病包括艾滋病毒/艾滋病（占资金的18.7％）、生殖健康（12.9％）和疟疾（9.8％），用于传染病、可预防疾病和呼吸道疾病的疫苗的支出占6.0％。捐助者对医疗保健资金的捐助为26％，低于2009年的35％。人均保健支出为67美元，但是仍旧有大概22.7％的保健服务需求未得到满足。
2.商业保险 私人医疗保险主要由城市地区的高收入员工购买，大多数贫困人口无力购买私人医疗保险，例如年度保费524美元的UAP保险和894美元的Avenue健康保险。据肯尼亚卫生部信息显示，1999年约87％的私人健康保险是公司为员工购买；2013年私人医疗保险仅覆盖2％以下的人口。
近年来，肯尼亚的私营医疗保健部门变得更加突出。12.7％的肯尼亚患者在生病时不寻求医疗保健，服务费用高昂是主要障碍之一。
肯尼亚的医疗保健对所有人开放，包括外籍人士、全球公民和游客，但是医疗保健质量因地点、医院和疾病类型而异，且肯尼亚的公共医疗水平普遍达不到西方标准。故许多外籍人士会选择一些大型私人保险企业，例如安联国际保险（Allianz International）。
3.医疗援助 肯尼亚在某些主要项目方面对于经济援助的依赖性较强，例如艾滋病项目，占据了所有援助经费的75％。60％的卫生类援助资金通过国际非政府组织输入肯尼亚 ［9］ 。