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当文物遗存从水下埋藏环境中被提取出来后，如果没有得到恰当处理，可能会加剧其劣化。由于水下环境的复杂性，对于出水文物的处理和保护并没有一套标准流程。在大量的实践过程中，研究人员根据不同材料特性和埋藏环境特点，对处理和保护方法进行了总结和归纳，出版了操作手册供参考 ［41-42］ 。陶瓷器被打捞出水后，研究人员通常会根据实际需要采取凝结物去除、脱盐以及加固修复等步骤对陶瓷器进行保护处理。
大部分出水陶瓷器表面通常会附着有凝结物，凝结物的种类包括石灰质、石膏质、硅质、铁锈质以及海泥、海洋生物残骸等，它们的存在对陶瓷器的外观产生了很大影响，大多数情况下也不利于陶瓷器出水后的保存，因此一般会根据凝结物的类型使用不同的方法对其进行去除。对于较为坚硬的凝结物，通常的做法是先用化学试剂对其进行软化，然后使用手术刀、毛刷等工具去除软化后的凝结物 ［43］ 。海洋生物的骨骼遗骸是钙质凝结物的主要来源 ［14，44］ ，多用稀酸类清洗剂（如草酸、醋酸、稀盐酸等）对其进行处理，也有学者用六偏磷酸钠溶液或近年来比较盛行的EDTA二钠盐溶液，机械去除方法有时也被使用 ［43，45］ ；硅质凝结物大多来源于海洋泥沙，一般会使用低浓度氢氟酸或氢氧化钠复合溶液进行处理 ［43］ ；铁锈质凝结物以赤铁矿、磁铁矿、针铁矿及黄铁矿等为主要化学组成 ［46-48］ ，源于同船装载的铁器在海水中的腐蚀产物，一般可以选择EDTA二钠盐溶液或过氧化氢溶液等予以去除 ［42-43］ ；除了化学试剂以外，也有研究者尝试使用激光 ［49］ 、微纳米气泡 ［50］ 等方式对出水陶瓷器进行处理。
对于烧结程度不高的疏松多孔的一类陶瓷器，出水以后的脱盐处理是有必要的。当它们出水以后，由于保存环境的变化，可溶性盐类可能会由于溶解度的变化在陶瓷器的孔隙中反复发生溶解-结晶-再溶解-再结晶的过程，对孔隙内壁的压力随之发生变化，从而使得它们容易发生剥釉、酥松易碎的现象 ［43］ 。目前在水下考古的实践中，最常用的脱盐方法是将出水后的陶瓷器浸泡于静态的去离子水中，并实时检测浸泡液的电导率以判断脱盐终点，有时也会结合离子色谱和电感耦合等离子体原子发射光谱（inductively coupled plasma-atomic emission spectrometry，ICP AES）等方法予以辅助 ［43］ 。此外，为了加速脱盐过程或达到更好的脱盐效果，有时也会采用加热、超声波、流动水冲洗或电渗加速法的方法，不过这些加速方法对保存状态较差的陶瓷器来说具有一定的危害性，需要避免使用 ［43］ 。