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形而上学是指研究对象是超物质、超感觉或超现象之物，在西方哲学史上是指研究宇宙根本原理的部分。形而上学为推崇理念世界的亚里士多德首创，又称为本体论、第一哲学或实体论。现代物理学中，基于少数物理现象和更多假设构建的宇宙大爆炸理论和弦理论等，都属于形而上学的哲学范畴。如前所述，西方哲学一脉相承的缺陷是“实体性的本体论”，其本体论被形形色色的单子论所取代，这从根本上制约着西方哲学和理论物理学的进一步发展。在心理学上，西方哲学本体论的实体化须要依托上帝赋予生物以精神，于是造就了身心二元论。
当然，我们也不能全盘否定西方哲学的身心二元论，西方哲学的百家争鸣对推动理性思维的发展所起到的作用远远超越了其固有价值。人类的认识论是渐进式发展的，形而上学是人类认识论发展的必经阶段，这个阶段广泛的研究成果与矛盾为辩证法研究提供了丰富的思想素材与研究方向，使辩证法的深化成为可能。辩证法与形而上学发展的方向都是基于辩证法的形而上学，这种辩证的形而上学可称为“形而上上学”。
形而上上学是“超本体论”但仍属于“本体论”的哲学范畴，它通过综合的逻辑判断对形而上学的知识进行归纳、整合与拓展，并通过对传统本体论的超越进而回归到自然与和谐的超本体论，从而将形而上学的孤立片面的知识去伪存真后纳入一个更为完备且不断进化的逻辑体系之中，以推动人类知识的统一。因此，形而上上学是关于科学的学问，是科学的上层建筑又反过来构成科学的哲学基础。形而上上学可称为“自然哲学之道”，其与形而上学的根本区别是不拘泥于实体化的本体论，由此可实现对西方传统哲学的超越。与“存在即合理”的哲学观不同，形而上上学的逻辑基础是“普遍合理即存在”。形而上上学是超经验的不能直接验证，我们只能通过对其独有推论的间接验证获得对形而上上学的信念。由于人类认知能力的历史局限性，所谓的普遍合理不是一成不变的，形而上上学同样需要在否定之否定的过程中不断发展与完善。
形而上上学是对形而上学和分析哲学的超越。传统的分析哲学主要沿袭了经验主义的观念，更多地表现为要摧毁形而上学的传统，尤其是发明出数理逻辑以后，分析哲学家主张把哲学问题还原为数理逻辑。由经验主义衍生而来的分析哲学的研究者没能深刻地认识到人类经验的局限性，尤其是相对论和量子力学都存在测量局限。人类对宇宙的终极认知不得不回归到形而上上学的基础之上，通过综合的逻辑判断对超经验的科学理论和哲学理论去伪存真。
形而上上学是辩证法与形而上学的统一。在传统哲学中，辩证法与形而上学是矛盾与对立的方法论，通俗而言，形而上学（麻烦的制造者）低头忙于做学问而辩证法（麻烦的监察者）却在一旁呵斥着这不对那也不对。为解决辩证法和形而上学的矛盾与对立，用辩证思维的方式进行形而上学的研究是唯一出路，这种研究方式可称为“形而上上学”。形而上上学基于综合的逻辑判断而不是拘泥于细枝末节的纠缠，其是在整体和谐的基础上解决局部的细节性问题。之所以强调综合的逻辑判断，是因为人类的先天经验不可避免地带有历史局限性。综合的逻辑判断须要在实践与再实践的基础上，通过辩证思维对先天经验进行逻辑上的剖析与整合，进而对先天综合判断去伪存真。综合的逻辑判断是动态发展的过程，其对推动人类认识论的深入发展起到积极的作用。