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本体与实体的区别：本体是相对于现象而提出的，本体是指自然存在；实体是指有形之物，是主体可直观到的本体。在本体与实体关系上，本体具有比实体更为丰富的哲学与物理学内涵。
西方哲学习惯性地将物质世界的本体归结为某种或某些实体，这种实体化本体的解构主义思想从古希腊一直传承至今并深刻地影响着物理学的发展。古希腊哲学家先后把物质世界归结为水、火、土、气等以及原子说等；在中世纪，基督教神学将世界的本原归结为“三位一体”的上帝；在17世纪，笛卡尔提出以太旋涡说，莱布尼茨提出单子论；现代一些物理学家认为物质是由振动的弦微粒组成，不同基本粒子是弦不同的振动模式。在西方哲学的本体论中，以太论最为典型且充满戏剧性：道家思想传入欧洲后，促进了西方在哲学与科学方面的发展，这一时期笛卡尔的以太说和黑格尔的辩证法不同程度地受到道家思想的影响；西方哲学先是塑造了迥异于道家思想的以太微粒说，后通过MM实验否定地球相对于以太微粒的运动，进而以科学的名义否定了以太的存在；如今，人们又试图借助以太来解决现代物理学的暗物质与暗能量难题。
与西方主流学界将物质的本体归结为某些或某个实体不同，道家思想的本体论是一元二分的。道家思想认为“万物负阴抱阳，一阴一阳谓之道；形而上者谓之道，形而下者谓之器”。这里的“道”是阴与阳对立统一的本体，“器”是指物质存在的实体。与西方哲学形形色色的机械式本体论不同，道家思想的一元二分的本体论是朴素的复合场论。对照于现代物理学，“实体”可归结为有质量的基本粒子，“本体”可归结为生成基本粒子的复合场，玻色子可看作介于本体与实体之间的存在。需要明确的是：道家思想的阴与阳本质上都不是实体，而是正负能态化的复合场；实体则是阴阳相互作用的过程与表象。把空间（场）扩展至复空间（复合场）是场论研究的逻辑必然，否则场物质与普通物质不可避免地会被混为一谈并陷入历史上以太微粒说的困境。道家思想的复合场论避免了数学物理中复合场无限发散的难题，根据物极必反的思维法则，可构建出基于正负能态的具有动力学机制的复合场论。
随着人类认识论研究的不断深入与发展，原则上自然的本体是可以被认知的。一方面，西方解构主义哲学推动了以实验为基础的科学理论的发展与应用；另一方面，随着物理学研究的深入，中国古代哲学的科学性逐渐呈现出来。如果把现代物理学视为形而上学，则道家思想属于形而上上学即科学学。正如量子力学的创始人海森堡所言“自从第一次世界大战以来，日本科学研究对于理论物理的巨大贡献可能是一种迹象，它表明在东方传统中的哲学思想与量子力学的哲学本质之间有着某种确定的联系”。