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我们扩大观之，《史记》全书的指导思想，实则都明确地贯穿了以儒家学说，尤其是孔子的言论作为价值取向的主要标准。无论是篇章的设立，对人物和事件的褒贬评价，以及取材的依据和史料的鉴别取舍，都有确凿无疑的证据。
《史记》五种体裁之开篇，都是司马迁的精心安排，都明显地以儒学作为设置或裁断的标准，以孔子表扬过的人物，或儒家典籍所载为依归。《史记》以《五帝本纪》开篇，列为十二本纪之首。战国至秦汉，学者多言五帝，“五帝”为谁？说法各不相同。司马迁断从黄帝开始，五帝为：黄帝、颛顼、帝喾、尧、舜。这是采用儒家典籍《大戴礼记》的说法，决定写上古史从黄帝开始，并整理出以儒家思想为指导的古史体系。司马迁此一以儒家思想为标准的裁制在中华文明史上有伟大的意义，两千多年来中国人世世代代普遍地以黄帝为中华民族共同的祖先。当时，司马迁面临两类史料，一类是百家杂语，另一类是《左传》《国语》《五帝德》《帝系姓》这些儒家典籍。司马迁认为，前者，“其言不雅驯”，无法印证。后者，经过他在全国范围内调查访问，采访故老传说，都能得到印证。司马迁郑重其事写了篇末论赞，强调在荒远难以确考的上古历史中，以儒家典籍的记载最足以凭信：“孔子所传宰予问《五帝德》及《帝系姓》，儒者或不传。余尝西至崆峒，北过涿鹿，东渐于海，南浮江淮矣，至长老皆各往往称黄帝、尧、舜之处，风教固殊焉，总之不离古文者近是。予观《春秋》《国语》，其发明《五帝德》《帝系姓》章矣，顾弟弗深考，其所表见皆不虚……余并论次，择其言尤雅者，故著为本纪书首。”这就清楚地表明，司马迁之“整齐百家杂语”，是以儒家典籍为标准的。他以此统一当时互相矛盾歧异的诸多说法，形成了中华民族对于最早祖先的共同认识，促进了“大一统”局面的巩固，增强了民族向心力，此项贡献是极其巨大的。
《史记》十二表，以《三代世表》为第一篇。篇前的序说：“孔子因史文次《春秋》，纪元年，正时日月，盖其详哉。至于序《尚书》则略，无年月；或颇有，然多阙，不可录。故疑则传疑，盖其慎也。” “余读谍记，黄帝以来皆有年数。稽其历谱谍终始五德之传，古文咸不同，乖异。夫子之弗论次其年月，岂虚哉！于是以《五帝系谍》《尚书》集世纪黄帝以来讫共和为《世表》。”司马迁的原则同样很清楚，若按百家杂语的谍记，黄帝以来都有年数，一概“乖异”不可信。因此他学习孔子整理《春秋》《尚书》的方法，疑则传疑，信则传信。孔子对黄帝至共和以前，不论年月，是诚实可靠的态度，为司马迁所服膺。故依据《五帝德》《帝系姓》《尚书》，作“世表”。
《史记》 “八书”，《礼书》为第一篇。其原因很显然，礼是儒家的重要部分。序中一再引用孔子的言论：“禘自既灌而往者，吾不欲观之矣。” “必也正名。”表明以强调维护君臣朝廷尊卑贵贱之序为此篇著述的宗旨。“八书”是《史记》记载朝章国典、社会生活的重要篇章，司马迁将《礼书》置于其首，正是突出了儒家礼制对于维系君臣等级和人伦关系的重要作用。
《史记》三十世家之首，是《吴太伯世家》，标准即是孔子对吴太伯的赞誉。司马迁在篇末论赞中有集中的表述：“孔子言 ‘太伯可谓至德矣，三以天下让，民无得而称焉’。余读《春秋》古文，乃知中国之虞与荆蛮、句吴兄弟也。延陵季子之仁心，慕义无穷，见微而知清浊。”首句引孔子的话，见于《论语·泰伯》。二句称“《春秋》古文”，指的是相信《左传》的记载，且上升到理论认识的高度，概括出中原民族与被视为蛮夷的楚、吴本来是兄弟的关系。说明司马迁发挥了儒家典籍中的思想精华，形成了他本人开明的、有平等色彩的民族观和著史的开阔视野。最后称赞吴公子季札（即延陵季子），说他有“仁心”，“慕义无穷”，也是根据《左传》记载，在这篇《世家》中大量采用。
《史记》七十列传之首，是《伯夷列传》。这固然是因为伯夷是第一个有事迹可记的著名人物，而重要的是由于他受到孔子的大力表彰。序中说：“孔子序列古之仁圣贤人，如吴太伯、伯夷之伦详矣。余以所闻由、光义至高，其文辞不少概见，何哉？”强调由于孔子记载、评论了吴太伯、伯夷，事迹才可考。不像尧时之许由、夏时之务光，什么传记资料也没有。篇末赞语，连续引孔子的话赞扬伯夷具有高尚的志节：“子曰 ‘道不同不相为谋’，亦各从其志也。故曰 ‘富贵如可求，虽执鞭之士，吾亦为之。如不可求，从吾所好。'‘岁寒，然后知松柏之后凋。'”分别见于《论语》中《卫灵公》《述而》《子罕》篇。最后慨叹世情，引用孔子所言“君子疾没世而名不称焉”，《周易·象辞》: “同明相照，同类相求”，“云从龙，风从虎，圣人作而万物睹”，表达太史公本人操行峻洁、发愤著述，以求扬名后世的志向；又突出伯夷、叔齐、颜渊，都是由于孔子表彰，才得传扬后世，“得夫子而名益彰”，“附骥尾而行益显”。《伯夷列传》还有一个特点，全篇以序、赞形式发表议论的部分远超过记载史实的部分，因此有的学者则认为此篇具有作为整个七十列传总序的作用。如果这样看，则司马迁在此突出保持志节、坚贞不屈这类儒家学说的精华，显然又揭示出他从此篇以下记载的众多人物事迹所恪守的重要指导原则。
不惟上述五种体裁开篇的创设体现了司马迁尊崇孔子和儒学的思想，《史记》还有许多篇章贯穿了以儒学观点作为评价政治的成败兴坏、人物事件的善恶是非的表彰。
《周本纪》记周代商而兴，全篇的主线是自周的先王以来如何实行“仁义” “德政”，因此周逐步强大，得到人民和周围小邦的拥护，这正是儒家根本思想。司马迁突出地记载周的先王后稷教民穑稼，播种百谷，公刘“复修后稷之业，务耕种，行地宜，自漆、沮度渭，取材用，行者有资，居者有畜积，民赖其庆。百姓怀之，多徙而归焉。周道之兴自此始”。至古公，“复修后稷、公刘之业，积德行义，国人皆戴之”。特别是周文王，“笃仁，敬老，慈少。礼下贤者，日中不暇食以待士，士以此多归之”。因而逐步兴盛，得到诸侯拥护。最后周武王率八百诸侯战胜了暴虐无道的殷纣王。
汉文帝是司马迁心目中理想的皇帝，他对汉文帝最集中的评价，就是“仁”这一孔子的思想道德标准。《孝文本纪》中，详细地、赞赏地记述各项德政：宽刑，纳谏，重视农业，轻徭薄赋，节俭，露台计值百金而罢建，所幸慎夫人令衣不曳地。并推崇汉文帝“专务以德化民，是以海内殷富，兴于礼义”。篇末赞语说：“孔子言 ‘必世然后仁。善人之治国百年，亦可以胜残去杀’。诚哉是言！汉兴，至孝文四十有余载，德至盛也，廪廪乡改正服封禅矣，谦让未成于今。呜呼，岂不仁哉！”所引孔子的话，见于《论语·子路》篇。评价文帝当政时期为“德至盛”，认为他真正达到了“仁”的标准。可见这篇赞典型地做到通篇以儒家观点立论。
《商君列传》的赞，则属于另一类型。司马迁的赞语，主要是对商鞅思想性格的批评，“商君，其天资刻薄人也” “亦足发明商君之少恩”。都是指责他“用刑深刻”，不施行仁义。赞语的批评，与传中肯定商鞅变法措施的巨大成效，是一个矛盾。《商君列传》中明载：“行之十年，秦民大悦，道不拾遗，山无盗贼，家给人足。民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治。”又说：“居五年，秦人富强；天子致胙于孝公，诸侯毕贺。”我们由此可得出两点认识：一者，赞语中评价的标准，表明司马迁明显地以儒家观点批评商鞅之刻薄少恩；二者，司马迁不以个人好恶歪曲或掩盖历史事实，故能克服主观好恶的影响，据实直书，这又从一个侧面说明司马迁不愧是忠实的史学家。
司马迁著史取材的依据和慎重考辨史料的态度，也是以儒家典籍为依归，以孔子为效法的榜样。他关于史料鉴别、取信的名言是：“学者载籍极博，犹考信于六艺。”这是司马迁面对各种纷纭复杂的记载，作了认真的考辨工作之后得出的结论：儒家典籍是取材的可信依据。前文所论及司马迁对有关五帝的史料即是最好的说明。司马迁实际上作了三个层次的对照印证工作。第一层是将儒家典籍与百家杂语关于上古历史的说法相对照，得出“百家言黄帝，其文不雅驯，荐绅先生难言之”的结论，而相比之下，儒家典籍则是可信的。第二层，是他以本人历年行踪所至，在全国各地探求古迹，访问故老传说，所得到的上古历史的材料，与儒家典籍《五帝德》《帝系姓》能互相印证，说明儒家古文典籍所载近是。第三层，以儒家系统的《左传》《国语》的有关资料与《五帝德》等相比照，又证明它们能互相发明。以上诸项工作，就是司马迁“考信”的基础，他撰写的《史记》就是建立在这种认真、扎实的史料基础上。两千多年前的史学家著史有这样严谨的态度，有如此明确的史料学主张，是非常难得的。《史记》这样一部中华文化史上伟大的信史所具有的高度史料价值，和儒家典籍提供的史料基础是分不开的。
司马迁“疑以传疑”这种富有理性精神的慎重考辨史料的态度，也直接受到孔子的影响。孔子修《春秋》，不仅寓含其政治理想，同时也创立了重视文献的传统。孔子生活在保存有大量宗周历史文献的鲁国，到三十多岁时，又到周王室观书，向担任守藏史（相当于王室图书馆或博物馆长）的老聃学习礼制，所以孔子对制度文献有渊博的知识。他总结一生钻研历史文献的经验，一再告诫人们：“多闻阙疑，慎言其余。”（《论语·为政》）“盖有不知而作之者，我无是也。多闻，择其善者而从之；多见而识之；知之次也。”（《论语·述而》）“君子于其所不知，盖阙如也。”（《论语·子路》）讲出了根据确凿事实才能下结论，对于并不明白的事情，就先予保留这条重要真理。《史记》中一再讲“疑以传疑，盖其慎也”，就是直接秉承于孔子所强调的原则而来的。《春秋》在史料上的可靠性恰恰证明孔子认真贯彻了这些原则。近代天文学家的研究证明，《春秋》关于日食、 “星陨”、星象的记载，许多都跟用近代科学方法推断的相符，是中国和世界天文学史上的珍贵史料，譬如《春秋》所记载的三十六次日食，经过近代天文学家用科学方法验证，基本正确可靠。司马迁在天文学上也有很高造诣，他根据西汉时代的天文学水平，对此也有正确的认识。