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《史记》中最能集中地体现尊儒倾向的主要篇章，则是《太史公自序》与《孔子世家》。
《太史公自序》是《史记》全书一百三十篇中居于最后的总结性文字，司马迁袒露心扉，极富感情地表达本人以“继《春秋》”为己任的著史宗旨，对《春秋》及全部儒家经典给以全面的推崇。司马迁对《春秋》的看法直接渊源于孟子。孔子修《春秋》，寓褒贬、别善恶，表达孔子的政治观点和社会理想，这个特点，被儒家巨擘孟子充分地阐扬。孟子视孔子修《春秋》为最了不起的大事，其功可与“禹抑洪水而天下平，周公兼夷狄，驱猛兽而百姓宁”。他认为孔子目睹世道衰微，邪说暴行有作的局面，运用褒贬手法，是借针砭世事以垂法后人，具有极大的政治意义，所以称《春秋》是“天子之事”，并说“孔子成《春秋》而乱臣贼子惧”。（《孟子·滕文公下》）孟子还强调《春秋》所重不是史事，而是孔子加进去的“义”：“孔子曰：‘其义则丘窃取之矣！'”（《孟子·离娄下》）孟子的论述，大大提高了《春秋》在儒学总体系中的地位，阐释了《春秋》所包含的孔子的政治观点具有治理国家、纲纪社会秩序伦理的非凡作用，也说明了精深的义理乃是史书的灵魂所在这一深刻的道理。孟子的论述对后代影响至巨，首先直接影响了西汉时代的司马迁。
司马迁在《太史公自序》中非常强烈、鲜明地宣告自己直接继承了孔子的事业。他讲著《史记》以继《春秋》，是他父亲司马谈的郑重嘱托。先父把著史视为直接继承孔子作《春秋》的神圣事业，且是时代所迫切需要，临终之时已郑重地托付司马迁完成。司马迁又说：“先人有言：‘自周公卒五百岁而有孔子。孔子卒后至于今五百岁，有能绍明世，正《易传》，继《春秋》，本《诗》《书》《礼》《乐》之际？’意在斯乎！小子何敢让焉。”更确凿地表明，著史以“继《春秋》 ”，是司马迁本人责无旁贷自觉担当的重任。故此，司马迁所著书本来定名为《太史公书》，而非后人所称《史记》。司马迁的定名，说明他以效法孔子为宗旨，要提出自己的思想体系，如《孟子》《荀子》等书一样，要拿出自己的一套独立见解。
司马迁尊崇儒学的又一集中表现是：他突破《史记》著述体例的限制，破格撰写了《孔子世家》，同时撰有《仲尼弟子列传》《孟子荀卿列传》《儒林列传》，他们有机地形成系列文章，郑重地记载了儒家创立者的功绩，众多弟子和儒家巨子的生平，以及秦汉以来儒学显于世的人物事迹，构成最早的儒学史，显示出儒学繁盛的特殊地位，令其他学派黯然失色。
最为重要而确凿的事实是，司马迁立孔子为“世家”，使孔子处于突出地位，他系统地记载孔子的言行事迹和学说，并推崇他为“至圣”。老子则只列入与庄周、韩非的合传中，称之为“隐君子”。《太史公自序》中揭示出两篇传记撰写的义旨，也形成了鲜明对照。“周室既衰，诸侯恣行。仲尼悼礼废乐崩，追修经术，以达王道，匡乱世反之于正，见其文辞，为天下制仪法，垂六艺之统纪于后世。作《孔子世家》。”这是褒彰孔子的学说具有拨乱反正、作为天下统纪和社会伦理准则的价值。“李耳无为自化，清净自正；韩非揣事情，循势理，作《老子韩非列传》。”则仅以寥寥数字点出老子和韩非学说的特点而已。这一切，都被他严肃地写进《史记》这部信史之中，所以在确立孔子作为中国古代文化代表人物、古代圣人的崇高历史地位上，司马迁的历史功绩是巨大的。