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《史记》所创设的著史体系中，“本纪”处于最重要的地位，从历史视角来说，它是以时间维度来考察历史的演进，记载重大事件的。司马迁对“本纪”的命名，显然是极其慎重的。刘知幾在《史通·二体》篇中讲：“纪以包举大端。”他又在《本纪》篇中讲：“盖纪者，纲纪庶品，网罗万物。考篇目之大者，其莫过于此乎？及司马迁之著《史记》也，又列天子行事，以本纪名篇。后世因之，守而勿失。” “盖纪之为体，犹《春秋》之经，系日月以成岁时，书君上以显国统。”刘氏在不同地方所讲，着重点有不同，合起来看，他是从三个方面讲“本纪”取名的含义：一者，纪是纲纪万物，它在全书中是专记有关国家大事。二者，“本纪”只用于天子，表示至高无上的地方，是“国统”之所系。三是，“纪”按时间纵贯记事，直接来源于《春秋》依年、月、日为序。
以上刘知幾所论，可谓颇得其实。而我们所特别注重的是，司马迁的“本纪”继承了《春秋》的记史方法，而又加以大大发展。简言之，同样是以“时间维度”记载历史，从先秦史著到《史记》，已实现了巨大飞跃，由《左传》是按春秋二百四十二年年代之先后，井然有序地作直录式记史，发展为《史记》之“本纪”十二卷，对华夏民族几千年的历史，作“通古今之变”的考察，“原始察终，见盛观衰”。司马迁对此有自觉的追求，《史记·太史公自序》作了明确表述：“罔罗天下放失旧闻，王迹所兴，原始察终，见盛观衰，论考之行事，略推三代，录秦汉，上记轩辕，下至于兹，著十二本纪。”
《史记》是记载华夏民族几千年历史的通史，司马迁所高悬的目标，是“通古今之变”，对于上起华夏民族的始祖黄帝，下迄他所生活的汉武帝时期，作贯通考察，尤其着重记述各个时代的盛衰变化，探究其中的历史动因。即是说，对每一个历史时期，都要写出它在历史长河中如何变，并回答出现历史变局的原因是什么。
那么，《史记》的“本纪”，是怎样着力体现“通古今之变”的著史目的呢？概括而言，主要运用了以下三种手法：
第一，广博地搜集、整理先秦以来各种典籍文献，“厥协六经异传，整齐百家杂语”，以及官府档案、刻石铭文，并以其本人在全国各地亲身考察的历史遗迹和采访所得的故老传说相印证，写成一部详尽的中华民族的信史。司马迁所注重的，是施政得失、帝王贤否、大臣作为、战争攻略、外交活动、民族关系、疆土拓展等。自传说华夏民族始祖黄帝，到唐尧、虞舜，因为时代久远，史料稀少，《书》缺有间，司马迁更以极大的苦心搜求排比考论史料，作成《五帝本纪》。
继之夏、商、周三代，每一朝代各立一篇，为《夏本纪》《殷本纪》《周本纪》。秦的地位特殊，先立《秦本纪》，述秦的先世事迹，崛起于西陲，累代奋发努力而成帝业，具备了统一全国的基础。《秦始皇本纪》集中记载了始皇先后兼并六国、完成统一大业，其后因实行暴政，激起全国民众的反秦风暴，导致迅速灭亡的历史。西汉建国以后，则按每一在位皇帝设立一篇“本纪”。这样，共设立十二篇“本纪”，连续记载了中华民族自远古至当世几千年的历史，构成了《史记》全书的总纲。
第二，在据实记载的基础上，画龙点睛式地正面发表议论，更加明确地揭示出盛衰兴坏之理。秦何以灭亡？汉何以兴盛？这是西汉前期上自帝王下至士庶共同关心的大问题，司马迁在《秦始皇本纪》和《高祖本纪》篇末作了中肯的回答。《秦始皇本纪》篇末“太史公曰”极其精练地概括了秦由僻远小国到统一全中国的历史：“秦之先伯翳，尝有勋于唐虞之际，受土赐姓。及殷夏之间微散。至周之衰，秦兴，邑于西垂。自缪公以来，稍蚕食诸侯，竟成始皇。”秦始皇被胜利冲昏了头脑，“而羞与之侔”，恣意妄为，把一切民生疾苦、人心向背置之度外，其结果是秦帝国在民众的反抗怒涛中顷刻覆灭。秦的兴亡教训是何等深刻！对此，司马迁不作详细分析，因为汉初政论家贾谊的名篇《过秦论》已经作了脍炙人口的论述，因此司马迁采用了特殊的手法，用“善哉贾生推言之也！”直接引用其几千字原文作为回答。贾谊文章最精警之处在于，他尖锐地提出这样的问题：一个强大的、天下无敌的秦国，为什么竟会骤亡呢？他明确回答，秦的灭亡是实行暴政的结果，并进而指出，政治成败、人心向背是比什么权位、兵器都要强大得多的东西。统一了天下的秦国比起它以前僻处雍州时岂不更强，而拿陈涉的地位、武器来说又根本无法与秦以前的对手山东六国相比，然而“成败异变，功业相反”，为什么呢？结论只能是：“仁义不施，而攻守之势异也。”政治搞坏了，再锐利的武器也抵挡不住为生存而战的千万起义的民众。那么，汉朝为何能够代秦而起，而且成为一个强盛的朝代呢？司马迁明确指出，这是由于汉高祖刘邦接受了秦亡教训，实行德政，以宽缓政治代替暴虐政治，与民休息，体现出由乱到治的客观规律性。《高祖本纪》篇末正是从汉初成功地实现了历史变局的高度发表议论：“三王之道若循环，终而复始。周秦之间，可谓文敝矣。秦政不改，反酷刑法，岂不缪乎？故汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。” “承敝易变”便是充分地肯定汉初以德政代替秦的暴政，减轻百姓负担，使饱受灾难的民众得以宽息，恢复了残破局面，为西汉的强盛奠定了基础。“得天统矣”，其主要含义，即符合客观的法则。当然其中或许还包含有若干“天意”成分，处于西汉时代的历史人物，不可能完全摆脱“天人感应”一类神秘主义的影响，这是我们不应加以苛求的。合而观之，《秦始皇本纪》和《高祖本纪》篇末两段重要议论，正是从“通古今之变”的高度而得到的宝贵认识，对以后的史家也极具启示的意义。
“文景之治”是西汉历史又一关键，由于这段时间长达三十九年实行轻徭薄赋、奖励生产等措施，西汉社会积累了巨大的财富，为武帝时的鼎盛局面奠定了强大的物质基础。司马迁深刻地认识这种历史演进的内在法则性，所以他高度评价汉文帝的政治功绩，这并非出于个人的偏爱，而是杰出学者从历史变化的趋势所总结出来的深刻见解。《文帝本纪》大量记载了文帝连续多年奖殖农桑、减轻农民田租徭役负担的有效措施，在此基础上，他赞誉文帝作为封建帝王却躬行节俭的性格，和不事征伐、务使海内安宁、以免民众烦扰的功绩；围绕自身行事、处理政务的原则和外交决策三大端，论述汉文帝治国均遵循休养生息、以德化民的方针，因而出现国家富足、社会安定的罕见局面。司马迁正是从把握汉初历史前进方向的高度，总结何以能出现“文景之治”的原因。篇末的赞语，更进一步深化篇中所论：“太史公曰：孔子言‘必世然后仁。善人之治国百年，亦可以胜残去杀’。诚哉是言！汉兴，至孝文四十有余载，德至盛也。廪廪乡改正服封禅矣，谦让未成于今。呜呼，岂不仁哉！” “仁政”是孔子极力赞美的治国的最高境界，司马迁在这里则强调汉文帝在位二十余年的作为堪称是实现了孔子的理想。总之，《孝文本纪》中的正面议论，画龙点睛，提高了全篇史实记载的价值，从总结历史盛衰变化的高度，揭示出文帝时期为西汉盛世出现奠定了强大物质基础的原因。同时，也表达了司马迁这位两千余年的史学家心目中“理想式”皇帝的标准：本身行事要恭俭勤敏，对百姓要宽厚仁爱，使其安心生产、增殖财富，对周边民族要安抚和好、不事征伐。汉文帝恰恰符合这个标准，所以高度赞誉他“以德化民” “德至盛也”！
第三，与十二“本纪”的记载相配合，《太史公自序》中又对每一篇的撰述义旨作出概括。其意图，正是帮助读者明确古今历史发展“承敝通变”的大势。对此，我们细加品味即能领会。如：
始皇既立，并兼六国，销锋铸鐻，维偃干革，尊号称帝，矜武任力；二世受运，子婴降虏。作《始皇本纪》第六。
子羽暴虐，汉行功德；愤发蜀汉，还定三秦；诛籍业帝，天下惟宁，改制易俗。作《高祖本纪》第八。
汉既初兴，继嗣不明，迎王践祚，天下归心；蠲除肉刑，开通关梁，广恩博施，厥称太宗。作《孝文本纪》第十。
汉兴五世，隆在建元，外攘夷狄，内修法度，封禅，改正朔，易服色。作《今上本纪》第十二。
总之，司马迁在先秦史学成就的基础上，加以大大发展，以十二“本纪”详载史实，为世代读者留下几千年中华民族演进无比宝贵的信史，并且明其盛衰变化之深层原因，其广泛搜集史料之勤、历史见识之高、编纂技术之精，都为后代史家树立了楷模。
在《史记》五体结构中，十二“本纪”之后紧接着十“表”，这是司马迁的匠心安排。其目的，是以“本纪”和“表”共同构成全书的纲领，显示“通古今之变”的总趋势。以往对于十“表”重视不够，我们对此应有新的看法。刘知幾曾说：“表以谱列年爵。”（《史通通释》卷二《二体》）梁启超则谓：“表以收复杂事项。”（《中国历史研究法补编》，《饮冰室合集》专集之九十九）他们都讲出了《史记》十“表”的一些特点，但十“表”还有更重要的作用。此即白寿彝先生所指出的：“《史记》十表是最大限度地集中表达古今之变的。”（《中国史学史论集》）这里，我们仅以《六国年表》为例。
战国时代，是中国历史变化的一个重要时期。在《史记》记述中，战国的特殊性在于，它属于“东周”，而从周平王东迁以后，先经春秋，是十二诸侯并立的时代，周天子已失去号令天下的地位，只相当于一国之君，进入战国，“东周君”地位更加式微。故《周本纪》的后半篇，已无法起到统领全局的作用。据此，司马迁须依靠别的篇章。他在《六国年表》之前写了一篇长序，便分明地借以起到统领战国时期历史的作用，序的结尾称：“余于是因秦记，踵春秋之后，起周元王，表六国时事，讫二世，凡二百七十年，著诸所闻兴坏之端。后有君子，以览观焉。”显然，司马迁是以《六国年表》来提挈战国七雄争战、角逐、强弱的变化，以及秦如何逐步强大、翦灭六国而统一天下。详审表中内容，秦在表中的位置，列于六国之上。表中不但记载秦事独详，而且将战国时期的异常天象如日蚀、彗星等，也都记在秦国栏目之内。与《六国年表》序中论述秦统一全中国“盖若天所助焉”，“秦取天下多暴，然世异变，成功大”等，合而观之，正可证明司马迁精心撰写此表，其主旨就是显示秦逐渐强大至最终统一海内这一历史大势。