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随着时空概念的转变，人的兴趣开始从天国世界转向自然世界。古典思想学派没落后，欧洲人的思想似乎陷入了超自然世界的迷雾。12世纪前后，遮蔽着欧洲人灵智的乌云开始消散。普罗旺斯的美丽文化是新秩序的第一个萌芽，但丁甚至考虑过在《神曲》中使用普罗旺斯的语言，但这个萌芽注定要受到阿尔比十字军的摧残和毁灭。
每种文化都生活在自己的梦里。基督教的梦是寓言中的天国，里面有诸神、圣人、魔鬼、小鬼、天使、天使长、基路伯、撒拉弗，还有主治的、掌权的。凡人的生活与这些千奇百怪的幻想形象交织缠绕。这样的梦弥漫在文化之中，正如梦境统治着一个沉睡之人的脑海。只要人还未醒，梦境就是现实。但是，文化也和人一样，处身客观世界。这个世界不管人是睡是醒，始终存在，有时还像噪声一样闯入梦境，改变梦境，或干脆将人惊醒。
经过缓慢的自然过程，自然世界闯入了中世纪关于地狱、天堂和永恒的梦境。13世纪的教堂里出现了让人耳目一新的自然主义风格的雕塑，显示出熟睡之人被晨光照上眼帘后第一次不安的悸动。最初，工匠对自然的兴趣表现得有些错乱。雕塑中的橡树叶和山楂花枝栩栩如生、错落有致，但同时仍有奇形怪状的怪兽、滴水兽、喀迈拉和传说中的野兽。然而，人们对自然的兴趣逐渐扩大，并日益强烈。13世纪艺术家的幼稚情感发展为16世纪植物学家和生理学家的系统性探索。
埃米尔·马勒说：“在中世纪，人在自己脑子里形成的对某件事物的概念总是比实物更真实，这说明了为什么相信神秘力量的那几个世纪没有今天我们称为科学的概念。那时，善于思考的人不会为了研究事物而研究……研究自然是为了了解上帝注入万物之中的永恒真理。”在摆脱这种态度方面，平民与学者相比有个优势：他们没有那么多思想上自我设限的条条框框。对大自然合理的正常兴趣并非文艺复兴时期重拾古典学问的结果，而是在农民和石匠当中兴旺了几个世纪后，经由另一条路线进入了宫廷、书斋和大学。维拉尔·德奥纳古尔
的笔记是一位伟大石匠的宝贵遗产，上面画着一头熊、一只天鹅、一只蚱蜢、一只苍蝇、一只蜻蜓、一只龙虾、一头狮子和一对长尾小鹦鹉，全部是写生。自然之书再现，重新写在了原本天国的圣言之书上。
中世纪的人在思想上不重视外部世界。与基督和教会所揭示的神的秩序和神意相比，自然的事实无关紧要。人眼所见的世界仅仅是永恒世界的许诺和象征，让人深刻地预先感知永恒世界的赐福和天谴。人们吃、喝、交欢，在阳光下享受，在星空下沉思，但眼前这种状态没有意义。日常生活中的种种不过是人通往永恒朝觐之旅这场大戏的道具、服装和彩排。与3、4、7、9、12这些神秘数字有关的一切都有重大寓意；只要人的思想处于这种状态中，在科学测量和观察方面能走多远？在研究自然中的次序之前，必须规范想象力，看清事实。神秘的超视力必须转为观察事实的初视力。艺术家在这种规范中发挥的作用通常没有得到足够的承认。弗朗西斯·培根在列举自然界中没有“数学的帮助和干预”就无法研究的许多事物时，除了天文学和宇宙学之外，还恰当地包括了透视法、音乐、建筑学和工程学。
早在多数人对自然的态度发生改变之前，零星的个人已经显露出这方面的苗头。罗杰·培根的实验法则和他对光学的专门研究早已众所周知，但它们其实和伊丽莎白一世时代的弗朗西斯·培根的科学观一样，都有些被夸大了。这些观念和研究的重要性在于它们代表了一种普遍趋势。13世纪，阿尔贝图斯·马格努斯
的弟子们在一种新的好奇心的驱使下探索周边的环境。圣维克多的阿布萨隆对学生们研究“地球的构造、元素的本质、星座的分布、动物的天性、风的力量、植物和根系的生长”的愿望颇有微词。但丁和彼特拉克与中世纪的大部分人不同，他们不再把大山视为徒增旅途艰辛的可怕障碍而避之唯恐不及，而是特意攀登高山，专为享受征服顶峰、一览众山小的兴奋。后来，列奥纳多·达·芬奇探索托斯卡纳的丘陵地带，发现了化石，获得了对地质进程的正确理解。阿格里科拉
出于对采矿的兴趣，也这样做过。15世纪和16世纪的草本植物志和关于自然史的论文虽然仍把寓言和臆测与事实混为一谈，但构成了向描绘自然迈出的坚定步伐，有它们留下的精美图画为证。关于季节和日常生活常规的历书也属于此类。伟大的画家紧随其后。西斯廷教堂的壁画和伦勃朗的著名画作一样，准确地反映了解剖学知识。达·芬奇是维萨里当之无愧的前辈，他们两人的在世时间有一定重叠。据贝克曼所说，16世纪出现了许多私人的博物收藏。1659年，伊莱亚斯·阿什莫尔
买下了特雷德斯坎特家族的收藏，后来将其赠给了牛津大学。
对自然的发现是大发现时代最重要的部分。在西方世界，这个时代始于十字军东征、马可·波罗的旅行和葡萄牙人的南向探险。自然就是供人探索、入侵、征服和最终了解的。中世纪的梦在消散，自然世界逐渐显露，恰似轻雾散去，现出山坡上的岩石、树木和牛群，而雾散前仅能靠牛颈铃偶尔的叮当声或牛的哞叫声猜到牛群的存在。不幸的是，将人的灵魂与物质世界的生活隔离开来的中世纪思维习惯挥之不去，尽管支撑着这种思维习惯的神学遭到了削弱。一旦17世纪的哲学和力学确定了探索的程序，人马上被挤出局外。技术也许能暂时因此受益，但从长远来看，结果是不幸的。为了获得力量，人一般会把自己降为抽象体，或者只留下自己一心夺取力量的那部分，除掉所有其他部分。