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通过讨论伯内特的卷首插图，我大致介绍了伯内特的剧本内容。但他究竟引用了什么物理学，造就如此惊人的一系列事件呢？
伯内特认为，大洪水是其方法论的核心。因此，神圣理论并不是按时间顺序进行的，而是先讲大洪水，再讲更早以前的乐园。因为伯内特认为，如果他能为这个最具灾难性和最困难的事件找到合理的解释，他的方法定会适用于所有历史。他试图计算海洋的水量（图2.2），但严重低估了海洋的平均深度（100英寻，约合183米）和范围（地球表面的一半）。
他得出结论，认为海洋无法完全淹没大陆。根据他的计算，即使40个昼夜的降雨也不会增加多少水量（只是循环利用海水）。他也拒绝所谓“神造新水”的理论，因为此类说法在方法论上破坏了他的理性框架。结果，伯内特只好另谋出路。他将目光锁定在世界范围的水层上。该水层位于地表原始地壳之下并与之同一中心。他宣称，大洪水发生时，原始地壳破裂，使得下面的厚厚一层水从深渊中涌出（图2.3）。
这种对大洪水的诠释，使伯内特能够详细说明之前和之后的情况。自大洪水以来，没有发生任何显著的事件，只是大洪水之后时期的地形发生了一些无关紧要的侵蚀。（伯内特的地质理论缺少修复的概念，其中通常的变迁过程只遵循《以赛亚书》第40章的叙述，侵蚀山体，填满山谷，从而使地表平整、平滑。）地球当前的表面是由大洪水塑造的（图2.4）。简言之，它是由原始地壳的破裂碎片构成的巨大废墟。洋盆是空洞，山峰则是地壳碎片翻转过来的边缘。“它们是一片废墟。这一个词就足以诠释它们。”（Burnet,1965,p.101）伯内特的描述和比喻都记录了他对我们当前地球的观点，即毁灭后的残余——“可怕的废墟”“破碎而混乱的尸体堆”“肮脏的小行星”。
图2.2 伯内特试图通过经典的探深方法评估海洋中的水量。（来自第一版）
图2.3 伯内特的大洪水物理成因。地壳出现裂缝（图1）。水从其深渊中的圈层升起，淹没地球（图2）。然后水再次退去，留下现代的大陆（山脉作为裂缝地壳的边缘）和海洋（图3）。（来自英文版第一版）
接下来，在第二卷中，伯内特以假想的方式重塑了大洪水之前的完美地球。《圣经》详细说明了原始的微粒混沌（图2.5）。物理学将它们分成一系列的同心层，越接近中心越密集（图2.6）。（由于伯内特认为固体地壳是一种薄而轻的泡沫，更稠密的水在下面形成了水层，即大洪水的源头。）
这个完美的地球上存在最初的伊甸园。地球表面平淡无奇，十分光滑。河流从高纬度地区流出，并在干燥的热带地区消散（图2.7）。（按照伯内特关于地球形状的颠倒概念，河流流动的原因在于地球两极比赤道海拔略高。）具有如此完美径向对称的行星，地球所在轴是不可能倾斜的。因此，地球以直立状态旋转，位于中纬度地区的伊甸园四季如春。作为人间天堂，伊甸园有益健康的条件孕育出早期父系社会里900多岁的人类寿命。但大洪水的到来使得伊甸园一去不复返。地球从此变得不对称，地轴倾斜到了现在的20度角左右。从此，反常的季节变化开始了，人类寿命下降到目前的70岁。
如果这种世界重构对现代读者来说不过是幻想或《圣经》中的教义（我不否认，只是希望引用不同的判断标准），那么我们可以回想一下伯内特对基于自然规律的理性解释。和伯内特对地球轴倾斜变化的描述不同，一位近代名人认为这是天使的杰作：
图2.4 地球目前的表面，是大洪水时期地壳塌陷的产物。（来自第一版）
图2.5 《创世记》中讲到的原始地球混乱情况。（来自第一版）
图2.6 作为原始伊甸园天堂的完美地球，在微粒从原始混沌中沉降后，按密度排列成同心圈层。（来自第一版）
图2.7 处于天堂状态的地球表面。河流在高纬度地区起源，在热带地区消散。四棵树标志着伊甸园位于南半球一个合适的中纬度。（来自英文版第一版）
图2.8 在未来的大火之后，微粒按密度下降到同心圈层，地球第二次变得完美。（来自第一版）
有的说，他命令天把地极扭转，
比太阳的轴心倾斜二十多度，
他们尽力把中心的球推歪斜了。
有的说，太阳受命从黄道向右转，
往上升到双子宫、伴同七曜姊妹星的
金牛宫和夏至线上的巨蟹宫，
然后急转直下，经过狮子宫、
处女宫、天秤宫，深入山羊宫，
这是要给各国土地的季节带来变化。
否则春天永远常在地球上开花微笑，
除了极圈以外的人们只见昼夜相等；
在两极的人看来，昼夜长明，
为了补偿他的距离，太阳低垂，
看来总是在地平线上回转，使人不辨
东和西，因此从寒冷的艾斯托替兰到
南方马格兰的低地，都不得降雪。
太阳为了要照耀那禁果，好像有意
避开席斯特斯的宴席而改变了轨道；
否则，住着人的世界，虽然无罪，
也怎能逃避得了比今天更加
刺骨的严寒和灼肤的酷暑呢？
在第三卷中，伯内特提出了一系列更倾向以《圣经》为指导的论点，因为就物理学而言，观察过去的记录势必比预测未来更可靠。他认为，即将到来的全球大火，将彻底吞噬地球的表层，并将由此产生的所有微粒重新调和成新的混沌状态。自此，伯内特继续追寻一个理性的物理解释。在随后的章节中，他探讨了一系列细节问题，如潮湿的、岩石结构的团块如何燃烧（水首先将在严重干旱中蒸发），被毁坏的地球杂乱的表面如何滋生火焰（利用来自其内部空间的大量滋生的空气），以及火灾将从哪里开始。维苏威火山和埃特纳火山将火的源头指向意大利。上帝也知道这里是反基督者罗马主教的故乡（伯内特毕竟是一个坚定的英国圣公会教徒）。尽管如此，伯内特本着普世精神告诉我们，煤炭储量丰富的英国接着也会步其后尘，熊熊燃烧。
如果大火以不同的方式重演大洪水的灾难，那么火灾之后的地球也会再现曾经出现过的人间乐园。重构的物理原因也和过去相同：燃烧过的微粒沉降到按密度排序的同心圈层（前页图2.8）。在这个被完美再造的地球上，基督将会统治1000年，撒旦也会被捆绑在锁链中1000年。千年之后，歌革和玛各（Gog and Magog）将昭示善与恶的终局之战，宣布末日审判的号角将吹响，圣徒终将飞升（罪人则去别处）。最终，被取代的地球将成为恒星。
伯内特对遵循自然法则的解释的献身，及其对历史文献的忠诚，和他的朋友艾萨克·牛顿在1681年1月于伦敦和剑桥之间引人入胜的长信交流中提出的替代理论形成鲜明对比，从而更容易被我们理解（幸好当时他们没有电话，甚至火车）。
牛顿提出了两个让伯内特感到困扰的观点：第一，地球现在的地形是在原始混沌初期形成的，而不是挪亚大洪水塑造的；第二，所谓“六日创世”的悖论，也可以用“地球过去自转比现在慢得多，因此一‘天’的时间极长”来解释。面对牛顿冗长而激昂的答复，伯内特辩解道（用现代正字法）：
看到您的长信，深深被您的诚意打动。我理解您所坚持的两个重要观点，即（如您所想）现在的地球立即从混沌中形成或不被溶解［见大洪水在伯内特理论中的作用］的可能性，以及遵循摩西创世六日作为物理学描述的必要性［伯内特在英语规范化当前属格形式之前，使用令人愉快的结构写下了“摩西他的创世六日”（Moses his Hexameron）］。若要反驳您的这两个观点，我的信件就会显得过于冗长了。（Turnbull,1960,p.327）
伯内特反对牛顿的第一个观点，因为牛顿认为，地球形成之初就具备了所有基本特征，从而消除了扩展历史的作用，这可参见上文引述大洪水作为地形变动因素的论述。伯内特随后反对了牛顿所谓“创世之初一日极长”的理论，因为他怀疑地球后来的自转加速需要超自然力量的干预（伯内特赞成对《创世记》第1章的寓意解释，认为一“日”的概念不能在太阳被创造的第四日之前定义）。“但是，如果地球的自转起初如此缓慢，那么后来怎么会变快呢？是自然原因还是超自然原因导致的呢？”（Turnbull,1960,p.325）伯内特还反对说，漫长的早期岁月会延长族群领袖的寿命，甚至超出玛士撒拉及其同胞已经成问题的969岁。虽然生物可能会享受漫长的、阳光明媚的时光，但漫长的夜晚可能会难以忍受：“有多么漫长的白天，就会有多么沉闷的夜晚。”（Turnbull,1960,p.325）
牛顿的答复证实了伯内特对他们之间差异的解读。牛顿认为，从原始混沌中分离出一部分，可能会产生不规则的地形，而不是伯内特的系统所描述的光滑的同心圈层。因此，我们也不需要后续的叙述来解释我们地球的当前面貌：“摩西将苍穹下整个球状体表面的浑水的一部分转化为清澈的水和干地，因此，水就自然从较高处流出，使得土地变干燥，并聚集到较低的地方组成海洋。并且，某些部分可能会比其他部分更高。”（Turnbull,1960,p.333）
至于自转的早期加速，牛顿直接采用超自然加速证实了伯内特的担忧：“上帝使用近在咫尺的自然力量作为工具进行创世，但我认为仅凭自然力量不足以创造万物。因此可以假设，是上帝令地球以如此角度和节奏运转，使其时间规律最符合生物的生存。”（Turnbull,1960,p.334）牛顿也无视地球上第一批居民的“沉闷之夜”的问题，辩称：“为什么鸟类和鱼类不能像格陵兰岛的其他动物一样，忍受极其漫长的夜晚？”（Turnbull,1960,p.334）
因此，在这次与最伟大的科学英雄的通信中，伯内特的形象脱颖而出，成为专注于自然法则统治且更愿意接受历史解释的代表人物。他在写给牛顿的信的结尾，描述了一个奇异的时间之箭事件，即1680年，一颗大彗星划过伦敦的上空。“先生，我们都忙于观察彗星，而您在剑桥所发表的言论，可能是造成如此惊人彗发的原因。”（Turnbull,1960,p.327）牛顿和伯内特的共同好友哈雷先生也在敬畏地观察着这颗彗星。两年后，仍是在这一壮观景象的启发下，他观察到一颗较小的彗星，并最终预测它会以76年的周期定期返回。这个较小天体就是哈雷彗星，在我撰写本章时也曾驻留在天空中——这是时间之环的一个基本信号。