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一九一二年元旦十时，上海火车站欢声震天，礼炮齐鸣。一辆专用花车徐徐启行，车上坐着孙中山一行数十人。当日下午五时，车抵南京下关，从长江江面的军舰上传来了二十一发隆隆的礼炮声。当晚十一时，孙中山举行了大总统受命典礼，宣布颠覆清朝专制政府，定国号为“中华民国”，同时改用阳历。南京临时政府原拟推荐鲁迅的老师章炳麟（太炎）为教育总长，但章炳麟反对黄兴，称之为“败军之将”，因而遭到各省代表抵制。黄兴提议改由蔡元培出任，得到一致同意票。
在南京临时政府的各个机构中，教育部最不受重视。初创时期，公职人员供给食宿，月薪仅三十元。部里除总长之外，只有一个叫景耀月的次长和一名会计。最尴尬的是连个办公地点都没有，只好“暂寓旅馆”。一筹莫展的蔡元培找孙中山诉苦。这位新上任的临时大总统说：“那又有什么办法呢？本来倒是有几处地方，可是军队都占去了，所以现在只好由你自己去想办法。”蔡元培便跳上人力车东奔西跑，四处拉关系托人情，最后终于找到了原江苏都督府内务司长马相伯，在南京碑亭巷借到了几间房子，于一九一二年一月十九日挂出了教育部的招牌。同年三月底四月初，孙中山辞去临时大总统之职，由袁世凯接替。教育部遂从南京迁到北京，承袭了清朝学部的全部基业，把位处北京西单教育部街路北原“学部”的两字招牌撤下，悬挂上“教育部”的三字匾额。因教育部初创时期，人手不够，蔡元培请了他的同乡友人许寿裳前来共襄盛举。其时鲁迅恰巧请许寿裳代为谋职，许寿裳便又郑重推荐了鲁迅。蔡元培说：“我久慕其名，正拟驰函延请，现在就托先生代函敦劝，早日来京。”于是鲁迅先到南京，而后随部迁往北京。就这样，一九一二年二月或三月，直至一九二六年，鲁迅在民国初年的教育部整整待了十四年。
在教育部的人事安排方面，鲁迅对蔡元培的某些做法持有异议（如通过私人关系让蒋维乔当秘书长），但对这位新总长的教育主张——如注重美育却深表赞同，积极辅佐。“美育”这个专有名词是民国元年蔡元培从德文的Asthetische Erziehung 译出，为中文前所未有，但如今已跟智育、德育、体育等同样引起了教育家的重视。
蔡元培推行的美育包括了以下七个方面的内容：一、造型美术。二、音乐。三、文学。四、演剧。五、影戏。六、留声机与无线电播音机。七、公园。为了实施蔡元培的上述主张，鲁迅做了以下具体工作。一、参与了教育部美术调查处的领导工作，派员前往沈阳考察清宫的美术物品，参与筹备了全国儿童艺术展览会。二、参与国歌审定。当时教育部废去袁世凯称帝时的国歌，恢复《卿云歌》为国歌。陪同蔡元培审听时，他谦虚地说：“我完全不懂音乐”。三、担任通俗教育研究会小说部主任，制定《审核小说之标准》，提倡“上等小说”，包容“中等小说”，限制或查禁“下等小说”。所谓“下等小说”，系指那些“立意偏激”“语涉猥亵”“意涉荒谬”“迷信太过”或“有害道德及风化”的作品。四、到天津考察新剧。“新剧”即文明戏，是早期现代话剧。五、考察天坛和先农坛，为把这两处古迹开辟为公园做准备。
为了贯彻蔡元培提倡美育的主张，鲁迅还在教育部主办的“夏期美术讲习会”上作系列讲演，总题为《美术略论》。这次讲演在教育部大礼堂进行，听众多时约三十人，少时竟无一人，但鲁迅不考虑听众多少，坚持认真讲授。一九一二年七月十七日讲演，开始会场只有一人，鲁迅照讲不误，最后陆续来了十人，结束了这场系列讲座。
令人遗憾的是，《美术略论》讲稿已佚。但从一九一三年二月鲁迅在《教育部编纂处月刊》第一卷第一册发表的《儗播布美术意见书》中可以了解讲演的一些内容。
当今所说的美术，主要指造型艺术，包括绘画、雕塑、工艺美术、建筑艺术等。但鲁迅当时所说的“美术”范畴较宽，相当于当今所说的文艺。鲁迅认为人有两种天性：一是感受，二是创作。比如在海边观看日出，在公园欣赏奇花异草，情绪都会受到感染。人群中那些艺术感受能力强的人，就会因此产生一种创作的冲动。文艺有三要素：一是客观世界（即“天物”），二是构思（即“思理”），三是典型化（即“美化”）。所以单纯形似的作品，罕见的作品，陆离斑驳、刺激性强的作品，都不能等同于真正的文艺。
鲁迅还介绍了柏拉图、黑格尔等西方学者的文艺观，并指出文艺的目的和功能，一是可以成为文化的表征，二是可以作为教育的辅翼，三是可以作为经济发展的动力。鲁迅建议，推动中国文艺发展，应该从建设、保存和研究这三个方面着手：在“建设”方面，如兴建美术馆、剧场、音乐堂，举办美展，开展文艺评奖，译介外国文艺经典；在“保存”方面，除保护文物古建之外，还要保护自然生态，修建动物园、植物园；在“研究”方面，可以组建中国古乐研究会，以及组建“国民文术研究会”，广泛收集各地歌谣、俚谚、传说、童话。
袁世凯继任中华民国大总统之后，各派军阀在帝国主义和买办豪绅阶级的支持下，穷兵黩武，相互间进行着连绵不断的战争。在鲁迅任职期间，北京政府就更换过三十八次教育总长，二十四次教育次长。人事的频繁更迭，是各派军阀之间倾轧排挤、矛盾重重的具体表现。在蔡元培辞去教育总长职务之后，教育部大多数部员群居终日，言不及义。经常不上班、杳如黄鹤者往往受重用，而真正办事的职员反而受到打击、排挤。鲁迅极端厌恶那些在教育部的破脚躺椅上摆出一副螃蟹姿态而又不学无术的名公巨卿，极端鄙视那些上班之后专门喝清茶、唱京戏，甚至无聊到用拂尘不断掸土借以消磨时光的尸位素餐的同僚们。在这种腐败不堪的环境中，鲁迅仍然尽力做一些于社会有益的工作，像一株亭亭净植、高标挺秀的莲蓬，屹立在污浊不堪的泥塘之中。
鲁迅在教育部，被任命为社会教育司第一科科长兼教育部佥事。“佥事”是一种职位，相当于四等或五等文官。“科长”是一种具体职务，社会教育司第一科的管辖范围包括博物馆、图书馆、美术馆、动植物园以及文艺、音乐、演剧等事项，实际上就是当时关于文化艺术方面的最高管理机构。
鲁迅在教育部的主要贡献之一是筹建历史博物馆。该馆创始于一九一二年，筹备处原设在国子监的彝伦堂内；一九一八年迁移新址，以天安门内的午门城楼为陈列室。在北洋军阀统治时期，帝国主义的“考古家”联翩而至，恣意劫掠我国的珍贵历史文物；腐朽透顶的军阀官僚对于古物的态度，也是不偷盗则糟蹋。比如原清政府存放于内阁大库中的一批古籍和文物（即所谓“大内档案”），就被装进八千只麻袋塞进国子监的敬一亭中，长期无人过问，任其烂掉、霉掉、蛀掉、偷掉，到后来又被当作废纸，卖给纸店做再生纸的原料。鲁迅对当局侵吞和糟蹋文物的行径深感愤慨。在筹备历史博物馆期间，鲁迅多次将自己辛勤搜集的文物捐赠给该馆，对该馆的藏品更是倍加珍视，一九一三年十一月二十日，历史博物馆将十三种藏品送至教育部，准备交德人米伯和带至莱比锡参加翌年举行的国际雕刻博览会。深谙官场黑幕的鲁迅懂得：军阀时代，官盗不分。为了保证这批文物的安全，鲁迅特意回家取来两条毛毡，宿于部中，不眠至晓。一九二五年，杨柳吐绿抽芽的时候，鲁迅还亲自带领女师大国文系的学生登上午门，参观历史博物馆的各种陈列。这里的展品告诉人们，我们的祖先勤劳而又聪颖。他们创造了指南针、火药、印刷术和纸张，织出了举世惊叹的丝绸绢帛。那地震仪中含珠的龙头，能听到大地的脉搏；那指南车上旋转的人形，能辨认征战的路线……这里的展品又清晰地昭示：我们的祖先五千年来走过的是一段坎坷艰辛的历程。那远古的瓦缶，曾经盛满他们苦涩的眼泪；那出土的箭矢，仍遗留着民族杀戮和阶级压迫的血痕。参观之后，原来仅仅感到快意的学生也不禁陷入了沉思：何时才能使我们古老的文明重新放射出旭日般的光泽？怎样才能不使我们祖先的才智荣耀沉积在历史的河底？
图书是人类精神的食粮，进步的阶梯，智慧的明灯。一个国家图书事业的状况，往往能成为判断这个国家整体文化水平的重要标志。鲁迅在教育部供职期间，为改组、发展当时的国家图书馆——京师图书馆也付出了很大的精力。京师图书馆创建于一九〇九年（宣统元年）七月，一九一二年八月二十七日正式开馆。开馆之初，藏书不多，善本书和阅览书的总数仅有五千四百二十五部。鲁迅为了充实馆藏，于一九一二年秋就以教育部的名义调各省官办书局所刻书籍入藏该馆。次年，又以教育部名义将一部铜活字印的中国大型图书——《古今图书集成》调拨给京师图书馆。一九一六年四月，鲁迅还通过政事堂取得内务部的同意，明文规定凡经内务部立案的出版物均应分送京师图书馆一份庋藏。同年，他还以教育部名义为京师图书馆征取各省区最新修刊的志书和征求各种著名的碑碣石刻拓本。在《鲁迅日记》中，还有他多次将中外书刊捐赠京师图书馆的记载。特别需要提及的是，《永乐大典》（残本）与文津阁《四库全书》这两部举世闻名的重要典籍，也是经过鲁迅的据理力争才移藏京师图书馆，免遭散失的厄运的。此外，鲁迅还四处奔走，为京师图书馆及其分馆择定馆址。为了拟定京师图书馆的年度预算和改组方案，鲁迅甚至累得“头脑岑岑然”。鲁迅苦心孤诣地保护我国重要典籍与历史文献资料，奠定了今天北京图书馆丰富馆藏的基础。
鲁迅在教育部供职期间参加的学术活动，主要是在读音统一会提议采用注音字母。读音统一会的职责是审定国音，标定音素，采定字母。会员资格须具备下列四个条件中的一条：一、精通音韵；二、深通文字学；三、通一种或两种以上外国文字；四、熟悉多处方言。这些条件，鲁迅几乎全部具备，因此被教育部延聘为该会会员。一九一三年二月，读音统一会在教育部礼堂召开。莅会者除教育部延聘的会员，还有各地代表及蒙、藏、华侨代表共四十四人。会议经过一个多月工作，审定了六千五百余字的国音；但在核定音素、采定字母时，却产生了激烈的争议。由于在学术辩论背后又隐藏着政治纷争，所以会场变成了角斗场。会员们互相破口大骂，乃至抡起板凳动武。会议正、副主席吴稚晖与王照也参加了这场混战。鲁迅回忆说，王照为了入声存废问题，曾和吴稚晖大战，“战得吴先生肚子一凹，棉裤也落了下来”。当各种意见争持不下时，鲁迅等五人根据章太炎在民元前四年拟定的一套标音符号加以斟酌损益，拟定了三十九个注音字母。这些字母采用的是笔画最简而音读与声母韵母最相近的古字，适于借用来做注音符号，因此表决时以多数票通过。鲁迅等人提议并于一九一八年底由教育部正式颁布的这套注音字母，在新中国建立后新的拼音文字公布之前，对帮助人们记音识字产生过重要的辅助作用。
业余时间，鲁迅还抄录、校辑了《谢承后汉书》《嵇康集》《云谷杂记》《唐宋传奇集》等十余种古籍，搜集了五千多种汉魏六朝和唐代的碑铭、墓志、石刻画像的拓本，购置了不少辅助其考证工作的古物（如古砖、瓦当、土偶、铜镜、钱币、弩机等），比较系统地阅读了佛学经典……鲁迅进行这些工作，不仅是为了研究中国的思想史、文学史、美术史、字体变迁史，而且是想通过解剖中国的历史和民族文化遗产来研究中国数千年封建社会的本质，发掘我们民族的精神特质，进一步探寻中国社会的出路。在这种默默的工作背后，跃动着鲁迅的一颗炽热的心。
鲁迅在教育部供职期间，尊孔复古的乌云笼罩着中国的天空。尤其是袁世凯时代，不但恢复了尊孔祭典，而且还新做了古怪的祭服，妄图用儒家学说做“敲门砖”替袁世凯敲开“龙庭宝座”的大门。对于教育部尊孔复古的举措，鲁迅多次进行了抵制和揭露。一九一二年九月二十八日，教育部在孔庙演出了一出“祭孔”大典。参加祭典的仅三四十人，或跪或立，或旁立而笑，还有人在旁边破口大骂，致使典礼顷刻间便草率结束。鲁迅在当天日记中寥寥数笔，就活画出这次祭孔活动荒诞可笑的情景。一九一四年，鲁迅又跟其他五位同事一起签名写信给当时的教育总长，反对“读经祭孔”，并将信另抄一份摊在办公桌上，部里的职员都竞相来阅。这封信有如一枚炸弹，冲破了教育部令人窒息的空气。一九一六年秋，教育部对袁世凯任总统时制定的《教育纲要》进行讨论。鉴于这一纲要以“尊孔尚孟”为宗旨，鲁迅在征询意见的“说帖”上签注意见，旗帜鲜明地主张对这一纲要“根本取消”、“明文废止”。对于各地呈请表彰节烈和实行尊孔措施的公文，鲁迅只要看到，也无不主张驳回。例如有一次，山西大学堂“崇圣会社”递交了一份尊孔崇圣的呈文，要求在山西大开文庙，提倡崇圣，昌明孔教。鲁迅指出，“崇圣会社”这个名称就可笑，更不要谈内容了。但是对于这种现象不能仅止于嘲笑，而应该认真剖析产生的社会根源。后来，由于鲁迅等人的抵制，社会教育司以“民国祀典尚未制定”为理由，巧妙地驳回了这份经袁世凯批转的呈文。
在北洋军阀统治时期，经费支绌是国家机构中普遍的现象。而在政府各部中，教育部又被称为“第一穷部”，不仅领薪金要领签、排班、等候、受气，而且经常积欠，需昼夜奔走，向国务院呼号，向财政部坐讨，才能索取到一小部分，真所谓“盼薪不至泪斑斑，薪在虚无缥缈间”。据鲁迅一九二六年统计，教育部欠他薪金已达两年半以上，共计九千二百四十多元。因此鲁迅幽默地把自己称为“精神上的财主”、“物资上的穷人”。当时，教育部部员曾组织索薪团，冒着被反动军警打得头破血流的危险，包围财政部，要求补发欠资。鲁迅也曾参加过这种索薪斗争。
在教育部供职，是鲁迅前期主要的社会职业。鲁迅利用他的职务，一方面为中国的文化教育事业作出了力所能及的贡献，另一方面又从政府机构内部洞察到北洋军阀的黑幕，这对他的创作活动和思想发展都产生了一定的影响。五四运动之后，鲁迅勇猛地投入了新文化运动，他在教育部就基本上没有再做什么实际工作了。