一九〇四年四月,鲁迅从弘文学院毕业。当时,原矿路学堂选派的留日学生理应进入东京帝国大学工科所属的采矿冶金科,而鲁迅却偏偏申请进入位于日本东北部的仙台医学专门学校。这所学校前身是一八七二年设立的县立医学所,几经变迁,于一九〇一年从仙台第二高等学校医学部分离独立。鲁迅通过阅读史书,知道了日本维新是大半发端于西方医学的事实,于是决定不学开矿而改学医学,以便卒业归国救治像他父亲似的被庸医所误的病人的疾苦,战争时候便去当军医,同时又可以促进国人对于维新的信仰。他曾对一位日本学者说:“中国的医术几千年前由巫术发展而来,可至今与巫术的想法没有拉开距离。中国的医术不过是以阴阳和五行之愚昧透顶的迷信为基础,随意掺合了贫乏的经验混合而成的东西。而现实中我的父亲等正成了这种野蛮医术的牺牲品。家父的病不过是牙根里生了菌而导致大病的,可中国的医生不了解其病源。他们说是我父亲有什么不道德的行为,作为报应而受到了神罚。那时,我还是个孩子,听了却极生气。”
鲁迅的入学申请三天后即获批准,不仅学校免收他的学费和入学金,而且清政府每月还发给三十六日元的生活费——当时日本政府给日本学生提供的生活费每月只有十三至二十二日元,学校教授的月薪也只有五十日元左右,所以鲁迅除开租房、吃饭之外,有余款买书、抽烟、吃零食,假日还可以外出旅游,完全无需勤工俭学。鲁迅虽然衣食无忧,但在学习上却需要克服重重困难。鲁迅进入仙台医专时已经二十四岁,而同班同学一般只有十七至十九岁,更何况鲁迅是免试入学,基础知识相对薄弱,听课时还存在语言障碍。所以,鲁迅要避免留级就必须付出超出常人的努力。有幸的是,在仙台医专,他得到了解剖学教授藤野严九郎的关爱。
藤野严九郎(1874-1945)是一位不修边幅的老师,面容黑瘦,八字须,戴眼镜,讲课时操着读古文似的抑扬顿挫的音调——“解剖学者乃初学医者片刻不能离之物也”,惹得有些同学笑出声来。但是,这位老师毫无民族偏见,真心希望通过鲁迅把新的医学知识传播到中国。他发现鲁迅刚入学时日语不够熟练,影响了听课效果,便在课余耐心进行辅导。那时仙台医专没有正式的教科书,因此,记好笔记是学习中很重要的一环。藤野先生每周都详细批改鲁迅的笔记,连一条血管移动了一点位置也给改正过来。有一次测验骨骼系统时,他拿出一些人骨,问这是左手骨还是右手骨,其实那是脚胫骨。可见跟其他老师比较起来,他还很注意培养学生独立思考的能力。在藤野先生的帮助下,第一学年结束时,鲁迅在一百四十二名同学中考了第六十八名,而全班留级的却有三十人。有同学怀疑鲁迅取得中等成绩是由于藤野先生泄露了试题,便找借口检查鲁迅的讲义。学生会干事向藤野先生了解情况。藤野先生回答说:“是吗,谢谢,没有那样的事情。”
鲁迅在仙台求学期间,正值日俄战争爆发。这是两个封建军事帝国为争夺势力范围而进行的战争,中国领土成为它们角逐的主要战场。当时,放演幻灯片是日本战时宣传的一种手段。常用幻灯进行细菌教学的仙台医专,也插空在课堂上放演一些日俄战争的幻灯片。有一次,鲁迅在幻灯片上看到了他久违的同胞,其中一人因替俄军做侦探而被日军砍头示众,而围着赏鉴这“示众”盛举的同胞却流露出麻木的神情。讲堂里的日本学生拍掌欢呼起来,那刺耳的“万岁”声像利刃似的绞割着鲁迅的心,使他感到强烈的震动和巨大的痛楚。已经具有民族民主革命思想的鲁迅,由于“幻灯事件”的刺激,毅然决定中断学医,改用文艺为武器进行革命的启蒙宣传。他当时认为,治疗人民的精神麻木症是比治疗他们的身体疾病更为紧要的事情,因此他毫不犹豫地从振兴中华的需要出发,重新选择了自己的志愿和人生道路。他要拿起文艺的听诊器,去诊察时代的脉搏、社会的病变;他要操起文艺的解剖刀,去戳穿敌人的痈疽,治愈人民的病瘼。对此,藤野先生为鲁迅不能成为医生而感到惋惜,他把自己的照片送给鲁迅作为留念,并深情地在后面写道:“惜别。藤野谨呈周君。”
一九〇六年三月十五日,鲁迅正式从仙台医专退学。他告别了峰峦重叠的青叶山和流水清清的广濑川,从枫叶如丹的仙台回到樱花烂漫的东京,开始了他的文艺活动。