学者自治背后的逻辑是学术自由,它是学术人员的一种特权,而学术自由的前提必须是大学自治。因此,高校治理结构的学者自治期实质上是在高校与外部关系中,高校拥有自主管理的权利。学术自由权作为一种权利而存在,其源头是古希腊智者学派对高深知识的思考和自由探索,是一种思想领域的个人活动,该阶段的学术自由尚未形成规模。伴随欧洲沿海地区手工业的繁荣和商品交换的活跃,一方面,一群热衷学术和真理的学者开始自行聚集,出现了以追求真理为宗旨的学者自治社团,这些社团成为大学组织的雏形;另一方面,大学也刚成为学术交流的载体和保护学术自由的组织架构。故大学形成标志着学术自由成为一种约定俗成的权利。
学者自治期的大学治理结构简单,初期以行会的形式存在 。在该模式下,教师和学生为了共同的利益组织起来,形成利益共同体,其实质是一种自我控制型的学会组织模式 。这一时期大学成立主要有三种途径:①自然形成型。学者、师生自发聚集研习,随着人数和规模的扩大,逐渐发展壮大形成大学。②创立型。国王或教皇颁发特许状直接创办大学。③衍生型。学者或师生离开原来的大学,在迁徙过程中基本按照原有大学模式在异国或异地创立大学。
中世纪的欧洲深受教会控制,任何超越教会界限的思想都会被视为异端,持异端思想的学者会被绑在火刑柱上烧死。尽管如此,还是有一批学者冒着生命危险传播自己对于神学的批判性思考。以巴黎大学(University of Paris)为例,最初仅仅是一批学生和教师聚集在巴黎圣母院大教堂附近开展讲学活动的非正式组织,没有明确的内部组织架构,国家层面也未制定相关的法律法规对该类非正式组织进行规范。这也就意味着教师和学者的权利没有得到法律保障,同时也没有法律对其行为进行约束和限定。该阶段只有教师领导整个学术群体与教会进行斗争,斗争的方式主要表现为迁移、联合抵抗以及暴力。随着更多迁移行为的发生,迁校逐渐演变为大学成立的一种路径,由于该进程由教师主导,最终巴黎大学确立了教师自主管理的治理体系,该体系下由教师投票决定日常事务,组织行政管理队伍、自主设置课程与教学计划、拥有聘请新教师等权利,故此时的巴黎大学是一种学者自治性的治理结构。
由于中世纪大学大多数是师生通过行会及其他各类组织,按照一定专业或职业建立起来的知识传授机构,学生和教师拥有较大的自主权,主要表现为:招生和聘请学者的权力,制定教学内容和独立授课,颁发学位证书及其他教学、行政事务管理权。在组织形式上,大学已经具有学部、民族团和学院等重要组成部分。其中,学部和民族团主要出现在巴黎大学和博洛尼亚大学(University of Bologna)等学校中,学院在剑桥大学和牛津大学更为常见。
由于大学内部组织架构和权力配置的不同,中世纪大学初步形成三种类型:一是教师型大学,以巴黎大学为代表,它最初是巴黎圣母院附属讨论哲学和神学问题的教师行会,教师是行会的主体,有权颁发教学证书和学位,且大学内部管理机构的负责人均由教师选举并担任,学校最高管理者是由教会任命的校长担任;二是学生型大学,以博洛尼亚大学为代表,它产生的根本原因是在工商业迅速发展的背景下,外地求学者对平等公民权的追求,学生自发形成行会保护自身权益,由学生雇佣本地人担任教师,而教师的势力远不及学生民族团,各民族团推举1—2名首领担任大学最高管理者,轮流管理大学的行政、司法及教学等事务;三是混合型大学,法国南部、伊比利亚半岛和东欧一带的部分大学中,有的效仿教师型模式,有的效仿学生型模式,还有的大学由教师和学生共同管理。