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硅藻瓣的对称性是在形态发生的最早阶段确定的，瓣膜的发展始于中心硅藻和羽状硅藻的不同结构 ［9-11］ 。中心硅藻中的瓣膜形态发生始于环的形成（见图5.1），肋骨从该环离心辐射，稍后，环状开口被二氧化硅填充 ［9-10,12-14］ ，在肋骨之间形成孔隙和各种过程。
图5.1 中心瓣膜形成的顺序阶段的TEM图
（a）中箭头表示环空，当肋骨之间形成开口时，环被二氧化硅填充（b、c），当地幔形成时（d），棱孔体（箭头）呈成熟的形状
一些硅藻具有特定的环状结构，如图5.2所示。例如，在浮游生物直链藻属的中心硅藻中，环状结构是一个巨大的环，占据了所有瓣膜的表面部分并环绕着刺 ［15］ 。在形态发生的最早阶段，刺开始在环上发育。类似羽状的 Toxarium Bailey属具有细长的瓣膜，但没有表现出羽状硅藻的其他形态特征。研究者认为它可能有扩大和变形的环 ［16］ 。根据核小亚基rDNA系统发育，该属位于双极和多极中心。
图5.2 浮生直链藻属的中心硅藻瓣膜形成早期的TEM图
主要形成刺（Si），在SDV中间的面部部分看起来并不奇怪，黑色箭头表示质膜，白色箭头表示硅质膜；Chl—叶绿体、Li—脂滴、Si—形成瓣膜
羽状硅藻的对称性由称为胸骨的纵向骨架决定 ［17-23］ ，一阶分支的基础命名为附属肋骨 ［9］ 或杆状连锁沟 ［20,24］ ，反过来，那些会产生二级分支，即维米奈分支 ［20,24］ 。在这样布置好瓣膜的大体形状之后，孔隙和其他瓣膜元件开始形成。无壳缝和真晶体羽状硅藻的胸骨结构不同：前者是简单的线状细丝 ［21-22］ ，后者的胸骨呈π形。在单缝物种中，这种结构在两个瓣膜上都形成，但其中一个瓣膜后来填充了二氧化硅 ［17］ ，如图5.3所示。
图5.3 Achnanthidium sibiricum 瓣膜形成的顺序的TEM图
（a）～（d）为中缝瓣的形态发生变化（箭头指示为生长中的肋骨呈π状结构之间的间隙）；（e）二氧化硅填充的瓣膜
也有证据表明形态发生是从唇形突形成位置开始的 ［25-26］ ，这种以海链藻为中心的对称性似乎是一个例外而不是规则，并且与这些物种中海链藻的中心位置有关。更多的情况下，环和海链藻是独立产生的，有时在形态发生的后期阶段从椭圆形开口形成海链藻 ［14-15,21］ 。