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硅藻有各种各样的形状和大小，从微小的小盘藻（直径约为3μm）到一些肉眼几乎可见的硅藻。扫描电镜可以对硅藻壳、瓣膜和环带进行三维观察。许多硅藻瓣膜简单但有针状的结构［见图3.3（a）］。其他的则在不同的平面上起伏［见图3.3（b）和（c）］，例如，斜纹藻属和布纹藻属等是轻微的沙漏形［见图3.3（d）］。一种特别不寻常的硅藻化石，来自新西兰奥马鲁的 Kittonia elaborata ，其管状刺类似于所谓的火星天线［见图3.3（e）］。另一种带刺的硅藻是布氏双尾藻，它也有一条玻璃条纹状的裙子［见图3.3（f）］。华壮双菱藻的形状类似于正在建造的带有肋骨和龙骨的船［见图3.3（g）］。双生双楔藻具有不寻常的石棺形状或经典的可口可乐瓶状［见图3.3（h）］。膨突角状藻的重瓣具有扭曲的外观，带有大的单眼和刺［见图3.3（i）］。硅藻瓣的几何形状通常是圆形或足球形，但有些物种是具有三边或更多边的多边形［见图3.3（j）～（l）］。Adolph Schmidt认为来自莫尔斯的直链藻属是最美丽的硅藻，但Klaus Kemp更喜欢胸隔藻属，因为它复杂的内部结构是该属独有的。
图3.3 各种形状的硅藻SEM图
（a）菱形海线藻；（b）黏质哑铃藻；（c） Glyphodiscus stellatus ；（d）斜纹藻属；（e） Kittonia elaborate ；（f）布氏双尾藻；（g）华壮双菱藻；（h）双生双楔藻；（i）膨突角状藻；（j） Trigonium arcticum ；（k）五角星型三角藻；（l）四角变型三角藻