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“本草”作为药物书的专名，最早见于《汉书·游侠传》，说楼护“少随父为医长安，出入贵戚家。护诵医经、本草、方术数十万言”。楼护活动于西汉末年，在此之前，《史记·仓公列传》提到汉初公乘阳庆以医学著作传授淳于意，其中有《药论》一书，应该也是本草之类。
可令人费解的是，在《汉书·艺文志》中，被视为“生生之具”的方伎，下辖有医经、经方、房中、神仙四类，共计三十六家，八百六十八卷著作，竟然没有一部与药物学稍微沾边。但经方类解题说：“本草石之寒温，量疾病之浅深，假药味之滋，因气感之宜，辩五苦六辛，致水火之齐，以通闭解结，反之于平。”这几句话则切中药物治疗的本质，与《黄帝内经·素问》“治寒以热，治热以寒”的意见一脉相承，直到今天也被中医奉为圭臬。所谓“本草石之寒温”，即利用草木金石药物寒热药性的意思，“本草”一词或许即由此而来。