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开宗明义，熊师首先厘清的是哲学与科学的分野。熊师明确指出：只有“本体论”是哲学的范围，是科学所夺不走的，除此之外皆是科学的领域。科学研究所凭借的工具是“量智”，量智亦称理智，相当于佛家的习心或识，也相当于康德哲学的“知性”（understanding）。量智的特点是，设定外在对象，而向外追求不已。
哲学所凭借的工具是“性智”，性智就是自性的明解，就宇宙论的本原来说，是为本体；就吾人的精神生命而言，是为本性（或本心）；是吾与天地万物所同具的真性。性智为吾人本来固有，犹如王阳明所谓“良知”，相当于康德哲学的“实践理性”（Practical reason）。性智的特点是：虚灵无碍、圆满无缺，自本自根、自明自觉、自己认识自己、自己觉悟自己，熊师称之为“实证相应”，牟师称之为“智的直觉”。
性智与量智的关系：性智具备众理，而为一切知识的根源。量智原是性智的发用，是后起的，量智却能自成一体，夺据本心的地位，孜孜外求。需要说明的是：量智应用于哲学的范围内是无效的，所以不可用科学研究的方法去推求本体。本体唯在反求自得，由性智（本心）的自明自识来发现。
今造此论，为欲悟诸究玄学者，令知宇宙本体非是离自心外在境界及非知识所行境界，唯是反求实证相应故。
译者按：本体非是离我的心而外在者，因为大全 （大全谓本体，此中大字不与小对） 不碍显现为一切分，而每一分又各各都是大全。
一一微尘都是横遍虚空、竖穷永劫、圆满无亏之实体炽然生动发现，不可说大全是超脱于万有之上而独在，譬如大海水 （喻本体） 现作众沤 （众沤喻一切人或一切物） ，即每一沤都是大海水炽然腾跃著现。试就甲沤来说罢，甲沤是以圆满的大海水为体，又就乙沤来说罢，乙沤也是以圆满的大海水为体，丙沤丁沤乃至无量沤均可类推。据此说来，吾人若站在大海水的观点上，大海水是全现为一个一个的沤，不是超脱于无量的沤之上而独在；又若站在沤的观点上，即每一沤都是揽大海水为体，吾人不要以为每一沤是各个微细的沤，实际上每一沤都是大海水腾跃著现。奇哉奇哉！由这个譬喻可以悟到大全不碍显为一切分，而每一分又各各都是大全，此老氏所谓“玄之又玄”。
又按：本体非是理智所行的境界者，熊先生本欲于《量论》广明此义，但《量论》尚未能作，恐读者不察其旨，兹本熊先生之意而略明之。学问当分二途：曰科学，曰哲学。科学根本从实用出发，易言之，即从日常生活的经验里出发，科学所凭借以发展的工具便是理智，这个理智只从日常经验里历练出来，总要将一切物事看作是离吾心而独立存在，常向外追求不已，科学此种态度决不容改易。哲学自从科学发展以后，则其范围日益缩小，究极言之，只有本体论属诸哲学范围，除此以外几乎皆是科学的领域。虽云哲学家之遐思与明见不止于高谈本体，而其知周万物，尝有改造宇宙之先识，并变更人类许多谬误思想，以猛趋于日新与高明之境，哲学思想本不可以有限界言，然而本体论究是阐明万化根源，是一切智智， （一切智中最上之智，元为一切智之所从出，故云一切智智。） 与科学但为各部门的知识者自不可同日语，则谓哲学建本立极只在本体论，是说极成。然从来哲学家谈本体，未免戏论纷然，其根本谬误即在其恃理智以向外推求而不曾反诸自心，这个道理要待本论全部讲完才会明白。熊先生说，吾人之理智作用总认为有离吾心而独在的物质宇宙，因此，推求宇宙本体不外两种结果：其一只是把本体当做外在的东西来胡乱猜拟，其次便走入否认本体一路。先生以为科学、哲学原自分途，科学所凭借的工具即理智，拿在哲学的范围内便不可亲证本体，此是先生坚决主张。然先生说本体不可以理智推求而得，并非陷于不可知论，其说在性智与证量，先生欲于《量论》详之，兹不及谈。
是实证相应者，名为性智 （性智亦省称智） ，这个智确与量智不同。云何分别性智和量智？性智者即是自性的明解。此中自性即目本体，在宇宙论上通万有而言其本原，则云本体；即此本体，以其为吾人所以生之理而言则亦曰自性。即此自性本来贞明，在《量论》中说名明解所谓性智。此中明解义深，本无惑乱故云明，本非倒妄故云解，吾人反己识得固有明解之根便见自性，若离明解亦无自性可得。自性贞明，其行于物也未尝不待感官经验，却未尝滞于感官经验而恒自在离系，是乃自本自根、自明自觉、虚灵无碍、圆满无缺，虽寂寞无形而秩然众理已毕具，能为一切知识的根源，《易》所谓始万物之知即此性智是也。
量智是思维和推度与简择等作用，能明辨事物之理则及于所行所历简择得失故，名为量智，亦名理智。此智元是性智的发用，而卒别于性智者，因为性智作用依官能而发现，即官能得假之以自用。 （此中得者，言其可得，而非定然。若官能恒假性智以自用，即性智恒不得显，无此理也。） 人生在实际生活中，恒以官能为向外追求之工具，故所谓五官，实皆向外攻取之利器。此五种利器，乘乎性智之流行，而即假借其灵明以逐取乎物、分别乎物、运用乎物，由此积习日深日精而成功后起之一种明锐势用，所谓量智是已。性智为本来固有，犹阳明所谓良知，而量智却是习之所染，故云后起。性智贞明， （贞明见《易系辞传》，明者炤明，贞者无迷妄故。） 无虚妄分别；量智恒驰逐于物，即常以物为外界独存，而不悟天地万物皆自心之所流通无间、元非异体， （而不至此为句。） 此由其杂于迷妄之习也。量智亦能明辨事物之理则及于所行所历简择得失而不谬者，此乃量智之悬解。 （悬解，借用《庄子》语。） 悬解者，量智离妄习缠缚而神解昭著之谓，悬者形容其无所系也，解者明睿义，暂离系故，亦云明睿，然以为真解则未也。以其非真离系，则非真解。必妄习断尽，性智全显，量智乃纯为性智之发用而不失其大明之本然，始名真解。此岂易言哉！上云悬解者，特妄习潜伏而未甚现起耳。且习有粗细，粗者可暂伏，细者恒潜运而不易察也。量智唯不易得真解故，恒妄计有外在世界，攀援构画，以此常违异其本 （本，谓性智）， 而有曩哲所谓抛却自家无尽藏之患 （无尽藏亦谓性智） ，故量智毕竟不即是性智。此二之辨当详诸《量论》，今在此论唯欲略显体故。 （本体亦省言体，他处准知。）
哲学家谈本体者，大抵把本体当做是离吾心而外在底物事，只凭理智作用向外界去寻求。哲学家都不外此作法，遂致各以思考去构画一种本体，纷纷不一其说，如彼一元、二元、多元种种之论，犹如群盲摸象，各自以为得象之真，而实都无是处。更有否认本体专讲知识论者，此种主张可谓脱离哲学之立场，哲学所以脚根稳定者，因有本体论是科学所夺不去。哲学家为本分事未识得，才研究知识论， （本分事系禅家语，即谓本体。） 今乃立意不承认有本体，而只在知识论上钻来钻去，终无结果，如何不是脱离哲学立场？世学迷谬丛生，正如前哲所谓道在迩而求诸远、事在易而求诸难，根本不悟万有本原与吾人真性元非有二， （此中真性谓本心，以其为吾人所以生之理则云真性，以其主乎吾身则曰本心。） 遂至妄臆宇宙本体为离自心而外在，故乃凭量智以向外求索，及其求索不可得，犹复不已于求索，则且以意想而有所建立。学者各凭意想，聚讼不休，则又相戒勿谈本体，于是盘旋知识窠臼，而正智之途塞。人类自迷其所以生之理，古德有骑驴觅驴之喻，盖言其不悟自所本有而妄向外求也。慨斯人之颠倒可奈何哉！
前面已说，哲学家将本体当做外界独存的物事来推度者是极大错误。设有问言：“本体非外在，当于何求？”应答彼言：求诸己而已矣。求诸己者，反之于心而即是，岂远乎哉？不过提到一心字应知有本心与习心之分，本心才是吾人与天地万物所同禀之真性，习心则非本有。此二区别至后当详 （下卷《明心》章） 。今略说本心义相：一、此心是虚寂的，无形无象故说为虚，性离扰乱故说为寂。寂：故其化也神，不寂则乱，恶乎神？恶乎化？虚：故其生也不测，不虚则碍，奚其生？奚其不测？二、此心是明觉的，离暗之谓明，无惑之谓觉。明觉者无知无不知，无虚妄分别，故云无知；照体独立，为一切知之源，故云无不知。 （照体独立借用宗门语，谓本心乃明照之体，独立无待也。） 唯寂唯觉， （明觉省云觉，虚寂省云寂。） 备万理而无妄，具众德而恒如，是故万化以之行、百物以之成，群有不起于惑，反求诸己不亦默然深喻哉？哲学家谈宇宙缘起，有以为由盲目追求的意志者，此与《数论》言万法之生亦由于暗，伏曼容说万事起于惑，同一谬误。盖皆以习心测化理而不曾识得本心，故铸此大错。《易》曰“乾知大始”，此言乾元有虚灵之德，故能大始万物也。知者虚灵无垢义，非知识之知，乾以其虚灵无垢而为万物所资始，孰谓物以惑始耶？万物同资始于乾元而各正性命，以其本无惑性故，证真之言莫如《易》，斯其至矣！是故于此心识得吾人真性，亦即于此心识得天地万物本体。黄檗有言“深信含生同一真性，心性不异，即性即心”云云，此与孟子所言“尽心则知性知天”遥相契应。宋明理学家有以为心未即是性者，此未了本心义。本心即是性，但随义异名耳。以其主乎身曰心，以其为吾人所以生之理曰性，以其为万有之大原曰天，故尽心则知性知天，以三名所表实是一事，但取义不一而名有三耳。尽心之尽，谓吾人修养工夫当对治习染或私欲，而使本心得显发其德用无有一毫亏欠，故尽心即是性天全显，故曰知性知天。知者证知，本心之炯然内证也，非知识之知。由孟子之言，则哲学家谈本体者不可徒任量智寻求，要必待修养之功笃实深纯，乃至克尽其心，始获证见。黄檗言“即性即心”，是有当于孟子。然世人颇疑在我之心云何即是天地万物本体，今答之曰：汝所不喻者，徒以习心虚妄分别，迷执小己而不见性故也。夫执小己，则歧物我、判内外， （内我而外物，两相隔截。） 故疑我心云何体物 （体物犹云与天地万物同体） 。若乃廓然忘己，而澈悟寂然非空、生而不有、至诚无息之实理，是为吾与天地万物所共禀之以有生，即是吾与天地万物所同具之真性，此真性之存乎吾身，恒不为形骸所锢，而发为视之明、听之聪乃至思之通等等妙用者，则亦谓之本心。故此言心，实非吾身之所得私也，乃吾与天地万物浑然同禀之真性也。然则反之吾心，而天地万物之本体当下即是，不劳穷索，吾人与天地万物语形则宛尔分殊，语真性则无二无别。孟子云：“夫道，一而已矣，岂有二本哉！”何以疑为？
本体唯是实证相应，非量智可证得者，因为量智起时总是要当做外在的物事去推度，如此便已离异本体，无可言实证矣。然则如何去实证耶？记得从前有一西人曾问实证当用什么方法，余语之曰：此难作简单的答复，只合不谈。夫言实证，首须识得本心，不可认习心作本心也，西人正未了此，如何向他谈实证？次当辨者，人心缘虑之用有二方面：一曰内缘，亦云返缘， （缘者，攀援与思虑义。） 二曰外缘。缘虑外境曰外缘。外境者，不独官能所取物名外，即在思维义理时，心中变似所思之相，此相亦名外境。内缘者，俗或妄计吾心外缘白瓶时，既知道外面白瓶，同时亦复自知正在知道白瓶，此自知其知白瓶的这个自知即是内缘云云，为此说者却是误解内缘。吾心自知其正知白瓶时，即已向外逐物，便非吾所谓内缘，吾所谓内缘者，乃专就证量言。 （孔子言默识，与佛氏证量义相当。） 证量者，即吾本心自知自识，易言之，只是本心自己知道自己 （用宗门语） 。这里所谓知或识，绝没有想象与推求等作用参入，绝没有能所和内外及同异等分别，却是照体独立、炯然自识，不是浑沌无知，吾侪只有在这样的境界中才叫做实证。而所谓性智，正是在这样的境界中全体显现，如此方是得到本体。前面说是实证相应者名为性智，义趣在斯。据此说来，实证本无所谓方法，然如何获得实证却不可无方法，因为获得实证，必须本心或性智不为杂染所障蔽， （杂染系佛家名辞，所谓习心或妄识即杂染也。） 若无修养方法何由到此境地？这种方法只有求之于儒、佛、道诸家。儒言散见，而俗学每不悟；佛说详密，其究趣寂，当以儒术折衷之；道家有造微之功，而反知不可为训。抉择诸家以归至当，当别为《量论》。
夫哲学以上达天德为究竟， （达者犹云证会，天德犹云本体，非谓天帝。此用《中庸》语。） 其工夫要在思修交尽。专尚思辨者，可以睿理智， （理智以思辨之功而益深锐博通也，故云睿。） 而以缺乏修为故， （修为亦云修养，孔门求仁、思诚与存养、笃行等工夫是。） 则理智终离其本， （本谓性智。理智是性智之发用，然既发，则交于物、杂于习而易于丧失性智炯然无系之真，故唯修养淳笃，性智无亏蔽，而后其发为理智者可以格物而不为物蔽，可以治习而不为习所缚也。然缺乏修养者，却不足语此。） 无可语上达也。 （理智离其本，即唯逐物而不可上达天德也。） 专重修为者，可以养性智，而以不务思辨故，则性智将遗其用， （理智是性智之用，思辨废即理智绝，则是孤守性智而遗弃其周通万物之大用也。） 无可成全德也。 （全体大用俱彰，方是全德，今遗用故，全德不成。） 是故思修交尽，二智圆融，而后为至人之学。 （此意待《量论》方详。） 现在要阐明吾人生命与宇宙大生命元来不二的道理，所以接着说唯识。