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亚里士多德学派的自然主义者是一类物理主义者，他们将意识看作由生物-认知过程 构成 的 系统整体性活动。就像肝细胞是肝脏及其活性的组成基石，神经细胞及其生物-认知过程也是意识活动的组成基石。系统的动态 组织 至关重要。他们认为，只有具有某一类组织结构的物质实体才可能具有意识。依照这种自然主义观点，任何一种单一组成部分（例如大脑），即使其功能再必要，都不是意识产生的充分条件，只有作为整体的有机体才拥有意识。
亚里士多德重视生物体的目标导向天性，他被视为第一位以系统性自然主义观点去阐释知觉能力的哲学家。他将目标导向的生物活体组织称为“灵魂”，并将其分为三个层级。
最基础的第一层级描述最简单的生物体。这类生物体的固有目的是自我维持与繁殖后代。亚里士多德以植物为例，认为它们只具有这种基础层级的灵魂，称之为“营养灵魂”或“繁殖灵魂”。在第一层级的基础上，第二层级描述有感知与感受能力的动物。具备这种能力的生物体拥有“感觉灵魂”，它们的目标是满足所感受的渴望、热情与欲求。第三层级“理性灵魂”基于前面两个层级。人类价值，例如真善美，是理性灵魂的目标，也是人类力争实现的目标。
亚里士多德写道：
植物仅有第一层级的营养灵魂，而其他种类的生物体除此之外还拥有感官。如果某种生物拥有感官，则它必须同时具备食欲，因为渴望、热情和愿望均源于食欲……最后，某些生物体——生物体中的一小类——拥有计算和思考的能力，（在终有一死的生物中）那些拥有计算能力的生物也同时拥有上述所有能力。
亚里士多德派的自然主义者为生物学家和哲学家提出了新的问题。如果意识是动物的一种特征，那么哪些动物拥有意识？既然感觉灵魂依赖营养灵魂，意识能否不依赖生命而存在？例如，非活体机器人能否拥有意识？最后，在亚里士多德提出的灵魂层级中，是否能找到某种普遍原则，这种原则适用于所有灵魂，即生物体的三种目标导向模型——活的、有感觉的和理性的有机体？
亚里士多德提出的灵魂的三个层级